More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0653 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0653  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  422  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.203226 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0757  LuxR family transcriptional regulator  49.27 
 
 		 210 aa  204  7e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0602  transcriptional regulator, LuxR family protein  37.85 
 
 		 210 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.126322  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0699  response regulator receiver protein  36.15 
 
 		 200 aa  90.1  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  29.71 
 
 		 335 aa  64.7  0.0000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.43 
 
 		 889 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0788  two component LuxR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.3296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.72 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.502704  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3704  LuxR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0339608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4476  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.84 
 
 		 215 aa  62  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  36.26 
 
 		 222 aa  62  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  27.64 
 
 		 159 aa  61.2  0.000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4577  response regulator receiver protein  26.67 
 
 		 223 aa  61.2  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.172592 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03364  hypothetical protein  31.25 
 
 		 221 aa  61.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  29 
 
 		 491 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3419  LuxR response regulator receiver  29.13 
 
 		 231 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393456  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  36.26 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2087  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.52 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.73112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38490  Response regulator, LuxR family  26.92 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1740  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.02 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01320  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  28.95 
 
 		 261 aa  58.2  0.00000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0972  two component LuxR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 227 aa  58.2  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299836  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  36.92 
 
 		 924 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5619  response regulator receiver protein  23.13 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0556461  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2601  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.16 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.1212  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.11 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1319  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0542522  decreased coverage  0.000972679 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3355  two component LuxR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 232 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 496 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41810  putative transcriptional regulator  36.92 
 
 		 901 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1746  response regulator receiver protein  25.19 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.59096  normal  0.157721 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6044  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.78 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0409  two component LuxR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135269  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.48 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1285  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000337392  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1120  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.26 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  0.118956 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0272  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.353555  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1509  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.57 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.198395  normal  0.0597777 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2335  LuxR family DNA-binding response regulator  27.93 
 
 		 215 aa  57  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6717  transcriptional regulator, LuxR family  28.42 
 
 		 509 aa  57  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.440846  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000161342  hitchhiker  0.00000159266 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  30.7 
 
 		 896 aa  56.6  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_374  DNA-binding response regulator, LuxR family  28.45 
 
 		 232 aa  57  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000120759  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 496 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7160  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.82 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8793  response regulator receiver protein  29.46 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5522  two component LuxR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 219 aa  57  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4528  response regulator receiver  27.01 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1241  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000399601  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3231  two component LuxR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.229823  normal  0.0283688 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 214 aa  57  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.10411 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0670  two component LuxR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.998369  normal  0.706802 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1846  LuxR family two component transcriptional regulator  29.57 
 
 		 226 aa  56.2  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.699471  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1410  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.62 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.46664  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36930  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  32.26 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.811978 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1028  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.26 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.260968 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6085  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.95 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0584  two component response regulator  28.89 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566414  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0102  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.62 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0637251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0432  LuxR family DNA-binding response regulator  27.59 
 
 		 232 aa  55.8  0.0000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00543066  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3070  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.29 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000689776  unclonable  0.00000000000283062 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1056  two component LuxR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1230  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.07 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1072  two component LuxR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.562029  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1523  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.51 
 
 		 873 aa  55.8  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1083  two component LuxR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.605869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4735  two component LuxR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.545478  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1185  transcription regulator protein  27.54 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124825  normal  0.600184 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0679  two component LuxR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2402  LuxR family DNA-binding response regulator  33.03 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137953  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2071  LuxR family DNA-binding response regulator  27.03 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1463  LuxR family DNA-binding response regulator  27.03 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1616  response regulator receiver  28.07 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.869432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3468  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 248 aa  55.5  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0530935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1688  LuxR family DNA-binding response regulator  33.03 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000202542  normal  0.0533619 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3579  regulatory protein LuxR  27.78 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0227422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2499  two component LuxR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449467  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1100  LuxR family DNA-binding response regulator  27.03 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1379  LuxR family DNA-binding response regulator  27.03 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3248  LuxR family DNA-binding response regulator  27.03 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.780539  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3133  LuxR family DNA-binding response regulator  27.03 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2364  LuxR family DNA-binding response regulator  27.03 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  35.62 
 
 		 904 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00236991  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3373  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4334  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 160 aa  55.1  0.0000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1237  two component LuxR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317123 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3366  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.857101 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2693  regulatory protein, LuxR  41.94 
 
 		 891 aa  55.5  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3294  LysR-family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 248 aa  55.5  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.42203  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4132  response regulator receiver  26.45 
 
 		 235 aa  55.1  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.232221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4946  two component LuxR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0203352 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 510 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5672  two component LuxR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685344 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5498  two component LuxR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509748 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 510 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4563  two component LuxR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0560765 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>