More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2499 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_2402  LuxR family DNA-binding response regulator  100 
 
 		 209 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137953  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2499  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 209 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449467  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1688  LuxR family DNA-binding response regulator  100 
 
 		 209 aa  429  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000202542  normal  0.0533619 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1775  two component transcriptional regulator, LuxR family  75.12 
 
 		 209 aa  328  4e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.814588  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1369  two component transcriptional regulator, LuxR family  74.64 
 
 		 218 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2482  two component transcriptional regulator, LuxR family  73.79 
 
 		 211 aa  310  6.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0438  transcriptional regulatory protein UhpA  70.92 
 
 		 209 aa  283  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0836  two component LuxR family transcriptional regulator  69.39 
 
 		 210 aa  277  6e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0622  transcriptional regulator UhpA  61.17 
 
 		 208 aa  253  1.0000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000091  transcriptional regulatory protein UhpA  48.29 
 
 		 202 aa  200  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.136186  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3504  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.74 
 
 		 196 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4016  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.48 
 
 		 196 aa  182  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4000  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.48 
 
 		 196 aa  182  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.348805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4121  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.48 
 
 		 196 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4071  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.48 
 
 		 196 aa  182  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4179  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.48 
 
 		 196 aa  182  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4132  two-component system response regulator  47.24 
 
 		 196 aa  180  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.249835 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4080  transcriptional regulatory protein UhpA  47.24 
 
 		 196 aa  180  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03553  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system wtih UhpB  47.96 
 
 		 196 aa  179  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0034  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.96 
 
 		 196 aa  179  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5099  DNA-binding transcriptional activator UhpA  47.96 
 
 		 196 aa  179  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0828785 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4178  DNA-binding transcriptional activator UhpA  47.96 
 
 		 196 aa  179  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3882  DNA-binding transcriptional activator UhpA  47.96 
 
 		 196 aa  179  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0081  two component LuxR family transcriptional regulator  46.73 
 
 		 196 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03495  hypothetical protein  47.96 
 
 		 196 aa  179  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0027  DNA-binding transcriptional activator UhpA  47.74 
 
 		 197 aa  180  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4034  DNA-binding transcriptional activator UhpA  47.96 
 
 		 196 aa  179  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383338 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0030  DNA-binding transcriptional activator UhpA  47.96 
 
 		 196 aa  179  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4250  DNA-binding transcriptional activator UhpA  47.96 
 
 		 196 aa  179  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0132  two component LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 196 aa  171  7.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.401597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1785  two component LuxR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 206 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.762084  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 214 aa  149  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.65 
 
 		 211 aa  144  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0090  two component LuxR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 210 aa  143  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 210 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  39.52 
 
 		 210 aa  140  9e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3747  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 206 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 210 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0145  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.52 
 
 		 210 aa  139  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0745  putative two-component response regulator  36.36 
 
 		 210 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07840  putative two-component response regulator  35.89 
 
 		 210 aa  138  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0171986 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  35.41 
 
 		 218 aa  138  7e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17330  Two-component response regulator, LuxR family  36.97 
 
 		 211 aa  137  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  35.41 
 
 		 218 aa  137  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4296  two component LuxR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 214 aa  137  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0922  two component LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 210 aa  137  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.114328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2471  two component LuxR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 220 aa  136  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.55611 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4108  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.89 
 
 		 210 aa  136  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.755468  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  35.41 
 
 		 218 aa  135  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  34.93 
 
 		 218 aa  135  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06630  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  37.09 
 
 		 215 aa  135  4e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.252447  normal  0.303532 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0881  two component LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 210 aa  135  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464883  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5126  two component LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 209 aa  134  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.135043  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 215 aa  134  9.999999999999999e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000161342  hitchhiker  0.00000159266 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1400  two component LuxR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 216 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.973321  normal  0.0605156 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0032  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 210 aa  133  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.245451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  35.24 
 
 		 215 aa  132  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1167  two component LuxR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 213 aa  132  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3862  two component LuxR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 210 aa  132  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.734244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3042  two component LuxR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 222 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.280021 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1518  response regulator  34.6 
 
 		 220 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0896  LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 216 aa  132  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3091  two component LuxR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 212 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 215 aa  131  6e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3131  two component LuxR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 212 aa  131  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33361 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5717  two component LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 220 aa  131  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873964  hitchhiker  0.00405289 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2672  LuxR family DNA-binding response regulator  36.95 
 
 		 212 aa  131  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 215 aa  131  6.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.731747  normal  0.987016 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 224 aa  131  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 211 aa  131  7.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0320  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 221 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15389  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1103  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.28 
 
 		 216 aa  131  9e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0560  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.71 
 
 		 209 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0581  two component LuxR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 215 aa  130  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1230  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.3 
 
 		 215 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 213 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6032  response regulator receiver protein  36.32 
 
 		 218 aa  130  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0590  two component LuxR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 215 aa  130  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0603  two component LuxR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 215 aa  130  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  35.41 
 
 		 218 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.41 
 
 		 218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  35.41 
 
 		 218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4792  two component LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 209 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5205  two component LuxR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 215 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5417  DNA-binding response regulator  34.27 
 
 		 215 aa  129  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  35.41 
 
 		 218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  35.41 
 
 		 218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  34.93 
 
 		 214 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.49 
 
 		 210 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2832  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.93 
 
 		 210 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.988429  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5813  two component LuxR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 215 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118405 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  35.41 
 
 		 218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  35.41 
 
 		 218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3509  two component LuxR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.325902  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5263  DNA-binding response regulator  34.74 
 
 		 215 aa  129  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.24037  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5108  response regulator  34.74 
 
 		 215 aa  129  3e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00235048  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1873  two component LuxR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 219 aa  129  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5506  DNA-binding response regulator  34.74 
 
 		 215 aa  129  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2902  two component LuxR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 212 aa  129  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.255362  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>