More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2046 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2046  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 219 aa  446  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1738  two component transcriptional regulator, LuxR family  97.72 
 
 		 219 aa  441  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.949758 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  49.07 
 
 		 227 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  49.07 
 
 		 227 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0582  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.2 
 
 		 204 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 224 aa  106  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 219 aa  102  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2305  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  30.66 
 
 		 220 aa  99  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 210 aa  98.6  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2570  two component LuxR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 224 aa  97.8  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282998  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1545  two component LuxR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 219 aa  97.1  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.505974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 220 aa  96.7  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 220 aa  96.7  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 220 aa  96.3  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.63 
 
 		 220 aa  95.9  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 220 aa  95.5  5e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  29.02 
 
 		 238 aa  95.5  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4737  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.05 
 
 		 241 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0133592 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1151  two-component response regulator  30.6 
 
 		 248 aa  95.1  8e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2648  LuxR family DNA-binding response regulator  28.51 
 
 		 220 aa  94.4  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 220 aa  94.4  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 220 aa  93.6  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.15 
 
 		 213 aa  92.8  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  32.06 
 
 		 214 aa  92.4  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 219 aa  92.4  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0341  two component LuxR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 216 aa  92  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2247  two component LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 220 aa  91.7  9e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.998494  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 220 aa  91.3  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1543  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.91 
 
 		 221 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0331  LuxR family DNA-binding response regulator  34.46 
 
 		 213 aa  90.1  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.338839  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3800  putative transcriptional regulator  30.29 
 
 		 200 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3975  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 		 221 aa  90.5  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0482097  normal  0.237128 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3921  putative transcriptional regulator  30.29 
 
 		 200 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1867  two component LuxR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 219 aa  90.5  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00198288  hitchhiker  0.000309651 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3813  putative transcriptional regulator  30.29 
 
 		 200 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03368  predicted DNA-binding response regulator in two-component regulatory system  33.74 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000358261  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0193  transcriptional regulator, LuxR family  33.74 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000210245  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3925  transcriptional regulator, LuxR family  33.74 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.237516  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4027  DNA-binding response regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 215 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4883  transcriptional regulator, LuxR family  33.74 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 221 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4008  LuxR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3723  LuxR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3824  LuxR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.201276 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0197  two component LuxR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000437068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03321  hypothetical protein  33.74 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00023179  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0315  LuxR family DNA-binding response regulator  34.9 
 
 		 213 aa  89.4  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 227 aa  89.4  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 221 aa  89.4  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3981  putative transcriptional regulator  30.29 
 
 		 200 aa  88.6  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.347336 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0694  two component LuxR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 252 aa  88.6  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.770061  normal  0.351457 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.37 
 
 		 209 aa  88.6  7e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5114  two component LuxR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 230 aa  88.6  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554548 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1635  LuxR family two component transcriptional regulator  33.8 
 
 		 216 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4082  two component LuxR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 216 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0408  two component LuxR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 214 aa  88.2  8e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3878  putative transcriptional regulator  30.29 
 
 		 200 aa  87.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0977  two component LuxR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00800748  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 208 aa  87.4  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1384  LuxR response regulator receiver  28.57 
 
 		 215 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4024  two component LuxR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 216 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136895 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 209 aa  87.4  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0186  response regulator receiver protein  30.67 
 
 		 213 aa  87  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3231  two component LuxR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 209 aa  87  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.229823  normal  0.0283688 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2674  two component transcriptional regulator  32.52 
 
 		 228 aa  86.7  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00219271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 209 aa  86.3  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00157  transcriptional regulator LuxR  32.32 
 
 		 211 aa  86.3  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  30.58 
 
 		 206 aa  85.5  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1237  two component LuxR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 216 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317123 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.26 
 
 		 227 aa  85.5  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.83 
 
 		 216 aa  85.1  7e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2824  transcriptional regulator, LuxR response regulator receiver  33.78 
 
 		 209 aa  85.1  7e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.14 
 
 		 224 aa  85.1  7e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3140  two component LuxR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 220 aa  85.1  7e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.803361  normal  0.270175 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4344  two component LuxR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 219 aa  85.1  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.218307 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3954  two component LuxR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 229 aa  85.1  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5018  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.67 
 
 		 209 aa  85.1  8e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5633  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.35 
 
 		 203 aa  84.7  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.603295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1574  two component LuxR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 219 aa  84.3  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347453 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2039  two component LuxR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 212 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0164  two component LuxR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 215 aa  84.3  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 216 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  33.13 
 
 		 215 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0315  two component LuxR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 214 aa  83.6  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0084678 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0596  two component LuxR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4981  two component LuxR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 244 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38930  putative transcriptional regulator  29.61 
 
 		 221 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 217 aa  84  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2665  LuxR family two component transcriptional regulator  32.65 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107491  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5263  DNA-binding response regulator  33.13 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.24037  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5091  response regulator  33.13 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5108  response regulator  33.13 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00235048  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002211  transcriptional regulator LuxR family  31.1 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5661  DNA-binding response regulator  33.13 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3138  two component LuxR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.892266 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5506  DNA-binding response regulator  33.13 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2408  two component LuxR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 219 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0426941  normal  0.882432 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  32.52 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2173  two component LuxR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.548338  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>