More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3945 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3945  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  453  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00801334  normal  0.811932 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3887  LuxR family transcriptional regulator  81 
 
 		 221 aa  371  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000207134 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0720  LuxR family transcriptional regulator  80.09 
 
 		 221 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0333677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3414  LuxR family transcriptional regulator  80.09 
 
 		 221 aa  369  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.295313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0863  transcriptional regulator, LuxR family  76.92 
 
 		 221 aa  363  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3096  regulatory protein, LuxR  78.64 
 
 		 222 aa  365  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.735562  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0864  LuxR family transcriptional regulator  78.92 
 
 		 255 aa  362  2e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0875  LuxR family transcriptional regulator  77.83 
 
 		 221 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0840  response regulator receiver protein  77.38 
 
 		 221 aa  362  3e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3500  response regulator receiver protein  76.02 
 
 		 249 aa  358  3e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3194  LuxR family transcriptional regulator  77.27 
 
 		 220 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0232917  normal  0.227391 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0560  transcriptional regulator, LuxR family protein  77.73 
 
 		 222 aa  353  1e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3137  response regulator receiver protein  77.51 
 
 		 209 aa  345  4e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2948  response regulator receiver protein  74.66 
 
 		 221 aa  340  7e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126231 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3302  LuxR family transcriptional regulator  71.95 
 
 		 221 aa  330  1e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0644  LuxR family transcriptional regulator  67.87 
 
 		 221 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.00000001613 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0633  LuxR family transcriptional regulator  67.58 
 
 		 224 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 224 aa  87.8  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  40 
 
 		 159 aa  87  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  34.21 
 
 		 222 aa  78.2  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  29.29 
 
 		 217 aa  77.8  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3355  two component LuxR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  31.94 
 
 		 222 aa  77  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  33.88 
 
 		 232 aa  77  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  31.85 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  33.62 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 214 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  31.03 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3704  LuxR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 220 aa  71.6  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0339608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  27.14 
 
 		 215 aa  70.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02940  putative LuxR-family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 198 aa  68.6  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.775864  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  34.06 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  32.17 
 
 		 221 aa  68.2  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 221 aa  67  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0250  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.47 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.664516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0972  two component LuxR family transcriptional regulator  35 
 
 		 227 aa  67.4  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299836  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0956  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.54 
 
 		 221 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2518  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.89 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  28.7 
 
 		 214 aa  66.2  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 219 aa  65.9  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1419  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132272 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0757  LuxR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1300  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.17 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.145336  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1159  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5905  response regulator receiver protein  33.57 
 
 		 227 aa  65.5  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0252894  normal  0.145246 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01037  DNA-binding transcriptional activator in two-component regulatory system  32.76 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01044  hypothetical protein  32.76 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2093  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.62 
 
 		 190 aa  65.5  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  25.97 
 
 		 214 aa  65.5  0.0000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.53 
 
 		 227 aa  65.1  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2605  transcriptional regulator, LuxR family  32.76 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.196673  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.71 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4345  regulatory protein LuxR  32.8 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2717  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.78 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.289536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2559  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.76 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.980478  normal  0.382247 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6525  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.54 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1158  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.76 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.354651  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3004  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.5 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0522265  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5788  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.07 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.785726 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1940  LuxR response regulator receiver  26.35 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.95717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 219 aa  63.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  30.71 
 
 		 217 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0670  two component LuxR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 265 aa  64.3  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.998369  normal  0.706802 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0287  LuxR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 92 aa  63.9  0.000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0156  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 92 aa  63.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.749313  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.08 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1255  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.85 
 
 		 219 aa  63.5  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.490147  normal  0.40644 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1846  LuxR family two component transcriptional regulator  32.86 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.699471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04820  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  53.45 
 
 		 229 aa  63.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.465009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7105  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.05 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal  0.469545 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0280  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.93 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.417338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01821  LuxR family regulatory protein  43.21 
 
 		 92 aa  63.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01701  LuxR family regulatory protein  47.14 
 
 		 90 aa  63.9  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1932  DNA-binding response regulator  29.41 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00601791  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1520  LuxR transcriptional regulator  47.14 
 
 		 91 aa  63.2  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0236  LuxR family two component transcriptional regulator  32.14 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.2 
 
 		 221 aa  63.5  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4714  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.8 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.375128 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20460  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  31.03 
 
 		 229 aa  63.2  0.000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0212792  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4263  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.76 
 
 		 230 aa  63.2  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.455968 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0980  nitrate/nitrite response regulator transcription regulator protein  31.29 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01711  LuxR family regulatory protein  43.21 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26831  LuxR transcriptional regulator  47.14 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01731  LuxR family regulatory protein  43.21 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2449  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.21 
 
 		 220 aa  62.8  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.729355  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4688  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.58 
 
 		 252 aa  62.8  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.898869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2270  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.17 
 
 		 242 aa  62.4  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000113212 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2674  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 228 aa  62.4  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00219271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4862  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.55 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1531  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.75 
 
 		 229 aa  62.4  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>