More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1517 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1517  transcriptional regulator, LuxR family protein  100 
 
 		 210 aa  434  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.776537  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2327  regulatory protein, LuxR  73.33 
 
 		 210 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1446  response regulator receiver protein  69.05 
 
 		 210 aa  302  3.0000000000000004e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2759  response regulator receiver protein  66.19 
 
 		 211 aa  284  5.999999999999999e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550861  normal  0.145492 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2316  LuxR family transcriptional regulator  62.62 
 
 		 211 aa  272  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2386  LuxR family transcriptional regulator  62.62 
 
 		 211 aa  272  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2509  LuxR family transcriptional regulator  62.62 
 
 		 211 aa  272  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592216  hitchhiker  0.00000482381 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1880  LuxR family transcriptional regulator  63.33 
 
 		 210 aa  272  3e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2332  response regulator receiver protein  62.62 
 
 		 211 aa  271  5.000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2490  transcriptional regulator, LuxR family  62.15 
 
 		 211 aa  269  2e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.230305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1832  LuxR family transcriptional regulator  62.15 
 
 		 211 aa  269  2e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1796  response regulator receiver protein  62.15 
 
 		 211 aa  269  2e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1788  response regulator receiver protein  62.15 
 
 		 211 aa  269  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2725  LuxR family transcriptional regulator  61.21 
 
 		 211 aa  266  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1726  LuxR family transcriptional regulator  62.68 
 
 		 208 aa  266  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.474249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1817  LuxR family transcriptional regulator  58.29 
 
 		 211 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.596206  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1556  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  36.02 
 
 		 216 aa  99.4  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417219  normal  0.369793 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  35.51 
 
 		 214 aa  96.3  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.62 
 
 		 216 aa  94.7  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.62 
 
 		 216 aa  94.7  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.62 
 
 		 216 aa  94.7  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.62 
 
 		 216 aa  94.7  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  35.62 
 
 		 216 aa  94.7  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01037  DNA-binding transcriptional activator in two-component regulatory system  33.13 
 
 		 216 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2605  transcriptional regulator, LuxR family  33.13 
 
 		 216 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.196673  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1158  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.13 
 
 		 216 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.354651  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01044  hypothetical protein  33.13 
 
 		 216 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2559  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.13 
 
 		 216 aa  92.8  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.980478  normal  0.382247 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1419  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.13 
 
 		 216 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132272 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1159  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.13 
 
 		 216 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2093  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.13 
 
 		 190 aa  92.8  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  34.78 
 
 		 214 aa  92.4  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  33.15 
 
 		 232 aa  92  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  29.35 
 
 		 215 aa  90.9  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  38.97 
 
 		 217 aa  86.3  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 224 aa  85.9  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  34.07 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 214 aa  83.2  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  33.33 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  31.11 
 
 		 222 aa  75.1  0.0000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  29.81 
 
 		 221 aa  74.7  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  24.76 
 
 		 335 aa  73.9  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  30.37 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2683  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.26 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7346  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.58 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0451998 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2635  response regulator receiver  31.58 
 
 		 207 aa  69.7  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29940  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.64 
 
 		 234 aa  68.2  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.683883 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00310  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  34.29 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3541  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.58 
 
 		 211 aa  67.8  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  normal  0.513005 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.64 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18530  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  27.74 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03493  hypothetical protein  30.58 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1030  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.66 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 230 aa  65.5  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2629  two component LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 232 aa  65.5  0.0000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.312922  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1684  response regulator receiver protein  36 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.966789 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1820  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.64 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.677493  normal  0.0923177 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0175  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.55 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.45 
 
 		 213 aa  64.7  0.0000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0615  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.02 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0367  transcriptional regulator, LuxR family  44.87 
 
 		 556 aa  63.5  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0730  two component LuxR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.47186  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  31.53 
 
 		 221 aa  63.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.09 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4115  response regulator receiver protein  32.23 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.071707  normal  0.0608108 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.19 
 
 		 227 aa  62  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4922  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.83 
 
 		 206 aa  62  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0302523  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1384  LuxR family DNA-binding response regulator  26.67 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000639089  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1496  LuxR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 197 aa  61.6  0.000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1243  transcriptional regulator, LuxR family  49.21 
 
 		 550 aa  61.6  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2717  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.83 
 
 		 223 aa  61.2  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0365  two component LuxR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 199 aa  61.2  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.210231  normal  0.243335 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1473  transcriptional regulator, LuxR family  49.15 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.569189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2926  two component LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 223 aa  61.2  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.380263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02200  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.86 
 
 		 208 aa  61.2  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0637  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.565019 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1109  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.66 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5428  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358603 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 208 aa  60.5  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0186  response regulator receiver protein  28.47 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16860  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  37.5 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.85724  normal  0.036031 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01100  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  27.94 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0973  two component LuxR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.255067  normal  0.404517 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  50.85 
 
 		 933 aa  60.1  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2108  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5202  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.28 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677169  normal  0.920773 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1936  regulatory protein LuxR  45 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.548655  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.98 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1902  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000041006  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1936  response regulator receiver  40 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1253  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.02 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4244  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.73 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0412084 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0454  two component LuxR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.698939  hitchhiker  0.00367889 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3333  response regulator receiver protein  28.36 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>