More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2759 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2759  response regulator receiver protein  100 
 
 		 211 aa  431  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550861  normal  0.145492 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1446  response regulator receiver protein  70.95 
 
 		 210 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1880  LuxR family transcriptional regulator  69.05 
 
 		 210 aa  294  6e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1726  LuxR family transcriptional regulator  69.52 
 
 		 208 aa  293  1e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.474249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1517  transcriptional regulator, LuxR family protein  66.19 
 
 		 210 aa  284  5.999999999999999e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.776537  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2327  regulatory protein, LuxR  65.88 
 
 		 210 aa  276  1e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2316  LuxR family transcriptional regulator  64.11 
 
 		 211 aa  276  1e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2386  LuxR family transcriptional regulator  64.11 
 
 		 211 aa  276  1e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2509  LuxR family transcriptional regulator  64.11 
 
 		 211 aa  276  1e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592216  hitchhiker  0.00000482381 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2332  response regulator receiver protein  62.68 
 
 		 211 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2725  LuxR family transcriptional regulator  62.68 
 
 		 211 aa  272  3e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1817  LuxR family transcriptional regulator  60.77 
 
 		 211 aa  271  4.0000000000000004e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.596206  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1832  LuxR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 211 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2490  transcriptional regulator, LuxR family  61.24 
 
 		 211 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.230305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1796  response regulator receiver protein  61.24 
 
 		 211 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1788  response regulator receiver protein  61.24 
 
 		 211 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1556  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.33 
 
 		 216 aa  101  8e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417219  normal  0.369793 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  34.15 
 
 		 216 aa  101  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  34.15 
 
 		 216 aa  101  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2559  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.93 
 
 		 216 aa  101  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.980478  normal  0.382247 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1158  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.93 
 
 		 216 aa  101  9e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.354651  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01037  DNA-binding transcriptional activator in two-component regulatory system  32.93 
 
 		 216 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2605  transcriptional regulator, LuxR family  32.93 
 
 		 216 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.196673  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2093  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.93 
 
 		 190 aa  100  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01044  hypothetical protein  32.93 
 
 		 216 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  34.38 
 
 		 216 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1159  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.93 
 
 		 216 aa  100  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  34.38 
 
 		 216 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  34.38 
 
 		 216 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1419  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.93 
 
 		 216 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132272 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 224 aa  95.1  7e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  34.76 
 
 		 232 aa  86.7  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  29.47 
 
 		 215 aa  85.5  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  35.29 
 
 		 214 aa  85.1  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  35.29 
 
 		 214 aa  84.3  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  29.67 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  32.64 
 
 		 217 aa  77.8  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  26.96 
 
 		 222 aa  76.6  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.08 
 
 		 213 aa  72.4  0.000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  29.63 
 
 		 218 aa  70.9  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  29.09 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  27.23 
 
 		 335 aa  70.1  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0807  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.42 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218712 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.75 
 
 		 235 aa  68.6  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.65 
 
 		 218 aa  68.2  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0973  two component LuxR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.255067  normal  0.404517 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  34.58 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1738  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.38 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.949758 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1867  two component LuxR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 219 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00198288  hitchhiker  0.000309651 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0730  two component LuxR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 214 aa  65.1  0.0000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.47186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2046  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.38 
 
 		 219 aa  64.7  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2108  two component LuxR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 218 aa  64.7  0.0000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00310  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  31.21 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.75 
 
 		 231 aa  63.2  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  35.96 
 
 		 933 aa  63.5  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5202  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.33 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677169  normal  0.920773 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7346  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.94 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0451998 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6529  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.33 
 
 		 224 aa  62.8  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270807  normal  0.114568 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  45.71 
 
 		 221 aa  62.8  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2629  two component LuxR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.312922  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1684  response regulator receiver protein  53.45 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.966789 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4745  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.28 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2683  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.38 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3541  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.88 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  normal  0.513005 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03258  two-component system regulatory protein  40 
 
 		 222 aa  62  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1030  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.88 
 
 		 212 aa  62  0.000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.3 
 
 		 1648 aa  61.6  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0365  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 199 aa  61.6  0.000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.210231  normal  0.243335 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3333  response regulator receiver protein  22.16 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 220 aa  61.6  0.000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 222 aa  61.2  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 209 aa  61.2  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.93 
 
 		 216 aa  60.8  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0637  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 229 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.565019 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2278  LuxR response regulator receiver  50.85 
 
 		 217 aa  60.5  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16860  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  48.33 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.85724  normal  0.036031 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 230 aa  60.5  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29940  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.28 
 
 		 234 aa  60.1  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.683883 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8455  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.11 
 
 		 240 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0699524  hitchhiker  0.00000314192 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0175  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2045  LuxR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 547 aa  60.5  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.55454  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3975  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.01 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0482097  normal  0.237128 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  41.67 
 
 		 896 aa  60.1  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0335  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.75 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0608  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.59 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.72 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5428  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358603 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2902  LuxR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0596  two component LuxR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 227 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1356  regulatory protein, LuxR  34.86 
 
 		 217 aa  59.3  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002211  transcriptional regulator LuxR family  30.77 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0239  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.06 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>