More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1817 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1817  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  429  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.596206  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1446  response regulator receiver protein  63.64 
 
 		 210 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1726  LuxR family transcriptional regulator  64.93 
 
 		 208 aa  281  6.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.474249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1880  LuxR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 210 aa  274  8e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2759  response regulator receiver protein  60.77 
 
 		 211 aa  271  4.0000000000000004e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550861  normal  0.145492 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1517  transcriptional regulator, LuxR family protein  58.29 
 
 		 210 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.776537  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2509  LuxR family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 211 aa  251  6e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592216  hitchhiker  0.00000482381 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2316  LuxR family transcriptional regulator  55.98 
 
 		 211 aa  249  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2386  LuxR family transcriptional regulator  55.98 
 
 		 211 aa  249  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2332  response regulator receiver protein  56.94 
 
 		 211 aa  248  7e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2327  regulatory protein, LuxR  54.55 
 
 		 210 aa  247  1e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2725  LuxR family transcriptional regulator  55.5 
 
 		 211 aa  246  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1788  response regulator receiver protein  55.98 
 
 		 211 aa  245  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1832  LuxR family transcriptional regulator  55.98 
 
 		 211 aa  245  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1796  response regulator receiver protein  55.98 
 
 		 211 aa  245  3e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2490  transcriptional regulator, LuxR family  55.98 
 
 		 211 aa  245  3e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.230305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  43.57 
 
 		 214 aa  99.8  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  42.14 
 
 		 214 aa  99.8  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 224 aa  95.9  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1556  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  34.16 
 
 		 216 aa  95.1  7e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417219  normal  0.369793 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2605  transcriptional regulator, LuxR family  30.73 
 
 		 216 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.196673  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01037  DNA-binding transcriptional activator in two-component regulatory system  32.1 
 
 		 216 aa  92  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2559  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.3 
 
 		 216 aa  92  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.980478  normal  0.382247 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1158  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.3 
 
 		 216 aa  92  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.354651  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01044  hypothetical protein  32.1 
 
 		 216 aa  92  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1419  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.68 
 
 		 216 aa  90.9  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132272 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2093  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.68 
 
 		 190 aa  90.9  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.68 
 
 		 216 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.68 
 
 		 216 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.68 
 
 		 216 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1159  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.68 
 
 		 216 aa  90.9  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.68 
 
 		 216 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.68 
 
 		 216 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  29.89 
 
 		 218 aa  87.4  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  39.25 
 
 		 215 aa  85.1  6e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  33.14 
 
 		 232 aa  84  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  33.79 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  29.67 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 238 aa  79.7  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  34.81 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.48 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  25.48 
 
 		 222 aa  74.7  0.0000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03493  hypothetical protein  29.82 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  26.28 
 
 		 221 aa  72.8  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3333  response regulator receiver protein  24.7 
 
 		 196 aa  69.3  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3541  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.57 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  normal  0.513005 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.06 
 
 		 218 aa  68.2  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00310  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  30.6 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  50 
 
 		 221 aa  65.9  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4260  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.76 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4051  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.59 
 
 		 225 aa  65.1  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00308286  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.77 
 
 		 231 aa  65.1  0.0000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  55.93 
 
 		 896 aa  64.7  0.0000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3277  transcriptional regulator, LuxR family  36.04 
 
 		 224 aa  64.7  0.0000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1384  LuxR family DNA-binding response regulator  39.25 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000639089  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0365  two component LuxR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 199 aa  64.3  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.210231  normal  0.243335 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1011  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.3 
 
 		 203 aa  64.3  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.55 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3302  LuxR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 221 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4026  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.78 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.105506  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2635  response regulator receiver  31.25 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0807  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.1 
 
 		 228 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218712 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0175  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.88 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0094  two component LuxR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 208 aa  63.2  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2046  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.51 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0606  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.1 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3116  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.39 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3096  regulatory protein, LuxR  30.43 
 
 		 222 aa  62  0.000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.735562  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 226 aa  62  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 220 aa  61.6  0.000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0925  response regulator receiver protein  38.55 
 
 		 119 aa  61.6  0.000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.592282  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0615  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.59 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4437  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.47 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.784745  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0644  LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 221 aa  61.2  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.00000001613 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7346  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.66 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0451998 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6695  two component LuxR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 398 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1738  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.51 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.949758 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  37.39 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0184  regulatory protein LuxR  45.45 
 
 		 489 aa  60.8  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0315  LuxR family DNA-binding response regulator  35.92 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21600  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  51.72 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.49613  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0367  transcriptional regulator, LuxR family  30.91 
 
 		 556 aa  60.1  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  25.12 
 
 		 335 aa  60.5  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.65 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5202  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.81 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677169  normal  0.920773 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0408  two component LuxR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0560  transcriptional regulator, LuxR family protein  30.43 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2601  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.12 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.1212  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0454  two component LuxR family transcriptional regulator  38 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.698939  hitchhiker  0.00367889 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6705  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.73 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.318103  normal  0.0731204 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>