More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4026 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4026  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 200 aa  408  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.105506  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1000  two component LuxR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 177 aa  218  3.9999999999999997e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00026015 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 209 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2824  transcriptional regulator, LuxR response regulator receiver  35.18 
 
 		 209 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00157  transcriptional regulator LuxR  34.52 
 
 		 211 aa  111  8.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  33 
 
 		 221 aa  110  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 221 aa  109  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3954  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 229 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2570  two component LuxR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 224 aa  108  7.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282998  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002211  transcriptional regulator LuxR family  34.52 
 
 		 209 aa  108  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 220 aa  107  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1543  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.16 
 
 		 221 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4027  DNA-binding response regulator, LuxR family  33.67 
 
 		 215 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1384  LuxR response regulator receiver  33.67 
 
 		 215 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 221 aa  103  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2305  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  32.34 
 
 		 220 aa  103  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0564  two component LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 		 197 aa  104  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 227 aa  102  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38490  Response regulator, LuxR family  33 
 
 		 215 aa  102  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 220 aa  102  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 220 aa  101  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 220 aa  101  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3975  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.15 
 
 		 221 aa  101  7e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0482097  normal  0.237128 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.83 
 
 		 220 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1291  two component LuxR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 215 aa  101  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2354  two component LuxR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 236 aa  101  9e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.38 
 
 		 209 aa  100  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03258  two-component system regulatory protein  31.19 
 
 		 222 aa  100  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  99.8  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  99.8  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 212 aa  100  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  99  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0408  two component LuxR family transcriptional regulator  34 
 
 		 214 aa  99  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0465  two component transcriptional regulator  30.73 
 
 		 239 aa  99  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1182  two component LuxR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 216 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192356 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02404  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  30.1 
 
 		 218 aa  97.4  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2648  LuxR family DNA-binding response regulator  32.84 
 
 		 220 aa  97.1  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1537  putative two-component response regulator  32.32 
 
 		 217 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17670  LuxR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 217 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1237  two component LuxR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 216 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000317123 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 219 aa  95.5  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1574  two component LuxR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 219 aa  95.5  5e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2689  two component LuxR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 224 aa  95.1  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.270095  normal  0.632538 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 210 aa  95.1  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0354  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.31 
 
 		 222 aa  95.1  7e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2921  two component LuxR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 229 aa  94.7  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190475 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2232  two component LuxR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 212 aa  94.7  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2496  two component LuxR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 212 aa  94  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.996792 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0331  LuxR family DNA-binding response regulator  34.33 
 
 		 213 aa  94.4  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.338839  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4024  two component LuxR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 216 aa  94  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136895 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2941  two component LuxR family transcriptional regulator  29 
 
 		 251 aa  94  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.80826  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1093  response regulator  30.77 
 
 		 217 aa  94.4  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.120555  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1545  two component LuxR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 219 aa  94.4  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.505974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0986  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 217 aa  94.4  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  28.86 
 
 		 238 aa  94  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2326  two component LuxR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 210 aa  93.2  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000518478 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1635  LuxR family two component transcriptional regulator  30.85 
 
 		 216 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0011  two component LuxR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 214 aa  93.2  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0315  LuxR family DNA-binding response regulator  34.33 
 
 		 213 aa  93.6  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0978  two component signal transduction response regulator  28.57 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0402933  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4192  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.5 
 
 		 251 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.270399  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1867  two component LuxR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 219 aa  93.6  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00198288  hitchhiker  0.000309651 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 224 aa  93.2  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0029  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.18 
 
 		 214 aa  93.2  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4082  two component LuxR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 216 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3355  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.31 
 
 		 208 aa  93.6  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.687232  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2247  two component LuxR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 220 aa  92.8  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.998494  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0621  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 212 aa  92.8  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.881689 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 219 aa  92.8  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02155  putative regulator in two-component regulatory system ; LuxR family protein  28.64 
 
 		 211 aa  92.4  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1450  two component LuxR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 224 aa  92.4  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4565  two component LuxR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 224 aa  92.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0836  LuxR family two component transcriptional regulator  30.81 
 
 		 224 aa  92.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0588074 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1071  two component LuxR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 209 aa  92  4e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3005  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 217 aa  92  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00815247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0290  response regulator receiver protein  31.34 
 
 		 210 aa  92  5e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2591  two component LuxR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 235 aa  91.7  6e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.211381  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0261  two component LuxR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 210 aa  91.7  6e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.574059  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1249  two component LuxR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 235 aa  91.7  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0164  two component LuxR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 215 aa  91.7  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2674  two component transcriptional regulator  32.69 
 
 		 228 aa  91.3  8e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00219271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0091  two component LuxR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 218 aa  91.3  8e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2340  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.4 
 
 		 217 aa  91.3  8e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.273151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1932  two component LuxR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 236 aa  90.5  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 209 aa  90.9  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3356  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.28 
 
 		 216 aa  90.9  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.334369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5188  two component response regulator  32.2 
 
 		 220 aa  90.9  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1929  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.05 
 
 		 209 aa  90.1  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.142226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0190  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.5 
 
 		 215 aa  90.1  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3170  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  27.36 
 
 		 227 aa  89.7  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0920  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.81 
 
 		 225 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491034  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4349  two component LuxR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 206 aa  90.1  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20794  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2885  putative transcriptional regulator  32.64 
 
 		 213 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3511  two component LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 221 aa  89.4  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0444635 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0447  two component LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 244 aa  89.7  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.013193  normal  0.6128 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3279  response regulator receiver  32.68 
 
 		 221 aa  89.4  4e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.13 
 
 		 213 aa  89  4e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3606  two component LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 208 aa  89  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5114  two component LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 230 aa  88.6  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554548 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 228 aa  88.6  5e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>