More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2327 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2327  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 210 aa  433  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1517  transcriptional regulator, LuxR family protein  73.33 
 
 		 210 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.776537  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1446  response regulator receiver protein  68.27 
 
 		 210 aa  300  8.000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2509  LuxR family transcriptional regulator  62.38 
 
 		 211 aa  278  4e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592216  hitchhiker  0.00000482381 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2759  response regulator receiver protein  65.88 
 
 		 211 aa  276  1e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550861  normal  0.145492 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2316  LuxR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 211 aa  276  1e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2386  LuxR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 211 aa  276  1e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2490  transcriptional regulator, LuxR family  62.38 
 
 		 211 aa  275  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.230305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1796  response regulator receiver protein  62.38 
 
 		 211 aa  275  3e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1832  LuxR family transcriptional regulator  62.38 
 
 		 211 aa  275  3e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1788  response regulator receiver protein  62.38 
 
 		 211 aa  275  3e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2725  LuxR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 211 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1880  LuxR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 210 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2332  response regulator receiver protein  62.38 
 
 		 211 aa  272  3e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1726  LuxR family transcriptional regulator  60.29 
 
 		 208 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.474249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1817  LuxR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 211 aa  247  1e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.596206  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  36.96 
 
 		 214 aa  97.4  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  36.23 
 
 		 214 aa  94.4  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1556  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  32.3 
 
 		 216 aa  93.6  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417219  normal  0.369793 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.12 
 
 		 216 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.12 
 
 		 216 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.12 
 
 		 216 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.12 
 
 		 216 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  33.12 
 
 		 216 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  29.85 
 
 		 215 aa  88.6  6e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 224 aa  87.8  9e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1419  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 216 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132272 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1159  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 216 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2093  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 190 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.661259 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01037  DNA-binding transcriptional activator in two-component regulatory system  31.06 
 
 		 216 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2605  transcriptional regulator, LuxR family  31.06 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.196673  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1158  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.354651  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01044  hypothetical protein  31.06 
 
 		 216 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2559  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.06 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.980478  normal  0.382247 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  34.76 
 
 		 232 aa  85.5  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  34.5 
 
 		 217 aa  83.2  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 214 aa  82  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  28.43 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  34.07 
 
 		 218 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  33.33 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  28.37 
 
 		 222 aa  75.1  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00310  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  38.1 
 
 		 213 aa  73.2  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  31.97 
 
 		 221 aa  73.2  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 238 aa  70.9  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  26.42 
 
 		 335 aa  70.9  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.25 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.19 
 
 		 235 aa  69.7  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0807  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.91 
 
 		 228 aa  69.3  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218712 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29940  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.58 
 
 		 234 aa  67.8  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.683883 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2683  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.69 
 
 		 209 aa  67.4  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0730  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.47186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2629  two component LuxR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 232 aa  66.2  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.312922  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.52 
 
 		 218 aa  66.2  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  33.04 
 
 		 221 aa  65.9  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03493  hypothetical protein  34.95 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0254  LuxR family DNA-binding response regulator  27.95 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1387  DNA-binding response regulator  29.68 
 
 		 214 aa  64.7  0.0000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00141106  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 226 aa  64.7  0.0000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7346  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.78 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0451998 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0928  response regulator receiver protein  29.82 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0707495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3541  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.48 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  normal  0.513005 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0454  two component LuxR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.698939  hitchhiker  0.00367889 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2145  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.86 
 
 		 220 aa  63.9  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0196231  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0553  response regulator receiver protein  29.78 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.82888  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0175  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.63 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2658  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.78 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1532  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.01 
 
 		 220 aa  62.8  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0114765  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1384  LuxR family DNA-binding response regulator  50 
 
 		 207 aa  62  0.000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000639089  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  53.33 
 
 		 896 aa  62  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0365  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 199 aa  61.2  0.000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.210231  normal  0.243335 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1030  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.7 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0096  transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 78 aa  61.2  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2278  LuxR response regulator receiver  50.85 
 
 		 217 aa  61.2  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0186  response regulator receiver protein  28.47 
 
 		 213 aa  61.2  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2881  response regulator receiver  30.97 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00126066  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4115  response regulator receiver protein  28.74 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.071707  normal  0.0608108 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1210  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 198 aa  61.2  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.292938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5202  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.33 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677169  normal  0.920773 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1684  response regulator receiver protein  32.69 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.966789 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0074  response regulator receiver protein  31.85 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3040  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0154763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4745  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0637  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.565019 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18530  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  27.1 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  50 
 
 		 933 aa  60.1  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1902  two component LuxR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000041006  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1159  two component LuxR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.942847  normal  0.660482 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10861  nitrate/nitrite response transcriptional regulatory protein narL  35.24 
 
 		 216 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000061441 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1936  response regulator receiver  51.72 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2108  two component LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4260  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.12 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3380  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.59 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0642  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.17 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0322  DNA-binding response regulator  31.58 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1817  LuxR response regulator receiver  30.08 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6529  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.62 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270807  normal  0.114568 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2635  response regulator receiver  33.64 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>