More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2369 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_2369  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
352 aa  687    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000342435  decreased coverage  0.000116263 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5343  LuxR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
361 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0342945 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6247  transcriptional regulator, LuxR family  33.24 
 
 
352 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.670073 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2396  transcriptional regulator, LuxR family  31.64 
 
 
363 aa  137  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000296074  decreased coverage  0.0001884 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0600  SARP family transcriptional regulator  38.82 
 
 
540 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  38.87 
 
 
413 aa  130  3e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  38.87 
 
 
413 aa  130  3e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  38.87 
 
 
413 aa  130  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  39.27 
 
 
409 aa  130  3e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  37.08 
 
 
436 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.1 
 
 
413 aa  119  9e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5761  alpha/beta hydrolase fold  31.5 
 
 
378 aa  105  9e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7386  SARP family transcriptional regulator(alpha/beta hydrolase superfamily)  34.38 
 
 
514 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.18914  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5093  transcriptional regulator, SARP family  33.95 
 
 
516 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.093357  normal  0.464925 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3177  transcriptional regulator, SARP family  32.85 
 
 
526 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0715298  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  35.71 
 
 
396 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  35.32 
 
 
396 aa  82.8  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  36.44 
 
 
396 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5939  3-oxoadipate enol-lactonase  30.12 
 
 
275 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.178478 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  34.05 
 
 
393 aa  79.3  0.00000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3689  alpha/beta hydrolase fold protein  27.37 
 
 
302 aa  77  0.0000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0935  alpha/beta hydrolase fold  28.36 
 
 
288 aa  76.6  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423109  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4433  alpha/beta hydrolase fold protein  31.84 
 
 
285 aa  75.1  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3711  alpha/beta hydrolase fold  32.36 
 
 
297 aa  74.3  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0466568  normal  0.241762 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0795  putative adenylate/guanylate cyclase  32.48 
 
 
449 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0810  putative adenylate/guanylate cyclase  32.48 
 
 
449 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.190298  normal  0.0999072 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0790  putative adenylate/guanylate cyclase  32.48 
 
 
449 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0380  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  27.73 
 
 
288 aa  73.6  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.615144  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3276  alpha/beta hydrolase fold  27.73 
 
 
288 aa  73.6  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.15708  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00303  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  27.73 
 
 
293 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0373  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  27.73 
 
 
293 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.170384  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00307  hypothetical protein  27.73 
 
 
293 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0424  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  27.73 
 
 
288 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0413  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  27.73 
 
 
293 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3257  alpha/beta hydrolase fold protein  27.73 
 
 
288 aa  72.8  0.000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3084  3-oxoadipate enol-lactonase  24.28 
 
 
300 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0473381  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1929  3-Oxoadipate enol-lactonase  24.64 
 
 
300 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.878211  normal  0.500669 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3303  3-Oxoadipate enol-lactonase  25.18 
 
 
300 aa  69.3  0.00000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.664184  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4206  3-oxoadipate enol-lactonase  27.63 
 
 
268 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2882  alpha/beta hydrolase fold  29.91 
 
 
276 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.035123 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3313  3-Oxoadipate enol-lactonase  23.91 
 
 
300 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0274  Alpha/beta hydrolase fold  28.08 
 
 
289 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.642233  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4541  alpha/beta hydrolase fold protein  27.93 
 
 
288 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.707016  normal  0.231702 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4262  esterase/lipase/thioesterase  31.72 
 
 
262 aa  67.8  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4136  alpha/beta hydrolase fold  31.72 
 
 
262 aa  67.8  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1981  alpha/beta hydrolase fold  26.29 
 
 
287 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.578343 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3320  hydrolase, alpha/beta fold family  23.91 
 
 
300 aa  67  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2995  3-oxoadipate enol-lactonase  23.91 
 
 
300 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000386793  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7077  3-oxoadipate enol-lactonase  26.64 
 
 
269 aa  66.6  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.335255  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0323  alpha/beta hydrolase fold  27.4 
 
 
285 aa  66.6  0.0000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.619665  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0333  alpha/beta hydrolase fold  27.4 
 
 
285 aa  66.6  0.0000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.240836 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6049  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.86 
 
 
224 aa  66.6  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.764436  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3235  alpha/beta hydrolase fold  24.32 
 
 
316 aa  66.6  0.0000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.423188  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4731  alpha/beta hydrolase fold  28.79 
 
 
287 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3098  alpha/beta fold family hydrolase  23.55 
 
 
300 aa  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.833481  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3343  alpha/beta fold family hydrolase  23.55 
 
 
300 aa  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1011  alpha/beta hydrolase fold  29.96 
 
 
322 aa  65.5  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.99925 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0033  alpha/beta hydrolase fold  27.69 
 
 
290 aa  65.5  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3011  alpha/beta hydrolase fold  24.28 
 
 
300 aa  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.245192  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2452  response regulator receiver protein  47.19 
 
 
151 aa  65.1  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.843497  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3307  alpha/beta fold family hydrolase  23.91 
 
 
300 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3347  3-oxoadipate enol-lactonase  33.93 
 
 
391 aa  65.1  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000820278  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4528  response regulator receiver  50 
 
 
213 aa  64.7  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4878  alpha/beta hydrolase fold  29.77 
 
 
279 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0658691 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3429  alpha/beta hydrolase fold protein  30.08 
 
 
270 aa  64.3  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.210707 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15080  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  27.16 
 
 
288 aa  63.9  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625795  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4926  regulatory protein, LuxR  41.03 
 
 
574 aa  63.9  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.28198  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11929  lignin peroxidase lipJ  29.39 
 
 
462 aa  63.9  0.000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.831009  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0911  Alpha/beta hydrolase fold  27.6 
 
 
289 aa  63.5  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0219257  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0707  alpha/beta hydrolase fold protein  30.04 
 
 
291 aa  63.5  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2609  transcriptional regulator, LuxR family  56.52 
 
 
562 aa  63.5  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000030036  hitchhiker  0.00837555 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5168  alpha/beta hydrolase fold protein  28.46 
 
 
281 aa  63.5  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.464131 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1863  hydrolase, alpha/beta fold family  29.6 
 
 
286 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.67904  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4920  LuxR family transcriptional regulator  45.83 
 
 
545 aa  63.2  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0312  alpha/beta hydrolase fold  25.62 
 
 
285 aa  63.2  0.000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3458  hydrolase protein  29 
 
 
306 aa  62.8  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326966  hitchhiker  0.00447624 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1460  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
224 aa  62.8  0.000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.659068  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4091  LuxR family transcriptional regulator  47.89 
 
 
191 aa  62.8  0.000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0720604  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3377  alpha/beta hydrolase fold  27.84 
 
 
273 aa  62.8  0.000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37050  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  28.23 
 
 
285 aa  62  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.557179 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0316  alpha/beta hydrolase fold  30.05 
 
 
316 aa  62.4  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  hitchhiker  0.00660595 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0148  alpha/beta hydrolase fold  30.83 
 
 
266 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.443703  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3014  alpha/beta hydrolase fold protein  27.93 
 
 
340 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2194  transcriptional regulator, LuxR family  48.28 
 
 
937 aa  61.6  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7160  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.23 
 
 
224 aa  61.6  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0993  alpha/beta hydrolase fold  22.94 
 
 
345 aa  61.6  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.87511  unclonable  0.000000000579867 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1361  Alpha/beta hydrolase fold  25.62 
 
 
298 aa  61.2  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00841082  hitchhiker  0.00000857461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3786  Alpha/beta hydrolase fold  29.03 
 
 
274 aa  61.2  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00563208  hitchhiker  0.00293132 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1532  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.14 
 
 
220 aa  60.8  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0114765  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1972  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.86 
 
 
217 aa  60.8  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000794288  unclonable  0.0000000332591 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0111  alpha/beta hydrolase fold  28.81 
 
 
287 aa  61.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1734  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.02 
 
 
188 aa  61.2  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.34281  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2375  alpha/beta hydrolase fold protein  28.34 
 
 
274 aa  61.2  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.153241  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2610  transcriptional regulator, LuxR family  51.35 
 
 
981 aa  60.8  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.701031  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3387  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.72 
 
 
223 aa  60.8  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000386408  hitchhiker  0.000570848 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2371  alpha/beta hydrolase  31.02 
 
 
307 aa  60.5  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6084  alpha/beta hydrolase fold protein  28.57 
 
 
278 aa  60.5  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3110  alpha/beta hydrolase fold protein  29.09 
 
 
304 aa  60.5  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.228638  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3546  3-oxoadipate enol-lactonase  32.85 
 
 
251 aa  60.5  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0975813  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0433  alpha/beta hydrolase fold protein  30 
 
 
282 aa  60.8  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0369165 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>