More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3177 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3177  transcriptional regulator, SARP family  100 
 
 		 526 aa  1051    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0715298  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5093  transcriptional regulator, SARP family  64.98 
 
 		 516 aa  615  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.093357  normal  0.464925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7386  SARP family transcriptional regulator(alpha/beta hydrolase superfamily)  62.06 
 
 		 514 aa  570  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.18914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5761  alpha/beta hydrolase fold  42.2 
 
 		 378 aa  210  5e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  34.77 
 
 		 396 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  33.68 
 
 		 396 aa  149  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0795  putative adenylate/guanylate cyclase  34.83 
 
 		 449 aa  147  5e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0810  putative adenylate/guanylate cyclase  34.83 
 
 		 449 aa  147  5e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.190298  normal  0.0999072 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0790  putative adenylate/guanylate cyclase  34.83 
 
 		 449 aa  147  5e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  33.73 
 
 		 396 aa  144  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11929  lignin peroxidase lipJ  30.32 
 
 		 462 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.831009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0600  SARP family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 540 aa  119  9e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3701  SARP family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 1064 aa  108  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000037794 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6247  transcriptional regulator, LuxR family  31.45 
 
 		 352 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.670073 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4327  transcriptional activator domain-containing protein  35.11 
 
 		 1029 aa  99  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.425746 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2396  transcriptional regulator, LuxR family  27.92 
 
 		 363 aa  98.2  3e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000296074  decreased coverage  0.0001884 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2548  transcriptional regulator, SARP family  35.81 
 
 		 992 aa  94.4  5e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.709979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2768  SARP family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 1050 aa  90.5  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3287  transcriptional activator domain protein  34.55 
 
 		 1044 aa  89.4  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0920226  hitchhiker  0.00000903469 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5343  LuxR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 361 aa  89.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0342945 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1406  transcriptional activator domain-containing protein  33.03 
 
 		 1067 aa  87.8  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2369  transcriptional regulator, LuxR family  32.85 
 
 		 352 aa  87  7e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000342435  decreased coverage  0.000116263 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4424  transcriptional activator domain-containing protein  28.05 
 
 		 1055 aa  87  8e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.518741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2962  transcriptional activator domain protein  33.33 
 
 		 1013 aa  85.9  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000192637 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5030  transcriptional activator domain-containing protein  30.13 
 
 		 1056 aa  84  0.000000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.311949  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2154  transcriptional activator domain protein  29.78 
 
 		 1139 aa  81.3  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0522112 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4724  transcriptional activator domain-containing protein  26.52 
 
 		 713 aa  80.5  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1046  transcriptional activator domain protein  35.81 
 
 		 1143 aa  76.6  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.203225 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2428  transcriptional regulator, SARP family  32.85 
 
 		 494 aa  76.6  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3736  alpha/beta hydrolase fold  27.03 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.265867  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4928  transcriptional activator domain-containing protein  32.85 
 
 		 1075 aa  72.8  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.66885  normal  0.971064 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  28.9 
 
 		 413 aa  72.4  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  28.52 
 
 		 409 aa  72  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2653  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  26.39 
 
 		 572 aa  71.2  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1636  TPR repeat transcriptional activator domain-containing protein  29.71 
 
 		 1126 aa  70.5  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  28.52 
 
 		 436 aa  70.5  0.00000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1512  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  27.65 
 
 		 561 aa  70.1  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226395 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3683  transcriptional activator domain-containing protein  27.51 
 
 		 1034 aa  68.2  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00198659  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4892  transcriptional activator domain-containing protein  32.82 
 
 		 597 aa  67.8  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.123982 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  29.48 
 
 		 413 aa  67.4  0.0000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  29.48 
 
 		 413 aa  67.4  0.0000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  29.48 
 
 		 413 aa  67.4  0.0000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3289  SARP family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 1116 aa  66.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.16943  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1015  SARP family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 1216 aa  65.5  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0874  alpha/beta hydrolase fold protein  23.14 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3477  hypothetical protein  29.76 
 
 		 996 aa  65.1  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7597  non-heme chloroperoxidase  28.23 
 
 		 272 aa  65.5  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2691  SARP family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144834 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1735  SARP family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 636 aa  63.9  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.271583 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5284  alpha/beta hydrolase fold  28.84 
 
 		 273 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5465  SARP family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 775 aa  63.2  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1930  transcriptional activator domain-containing protein  27.55 
 
 		 991 aa  63.2  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.816243  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2832  transcriptional regulator, SARP family  28.71 
 
 		 1145 aa  62.8  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3725  3-oxoadipate enol-lactonase  25.63 
 
 		 263 aa  63.2  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02370  non-heme chloroperoxidase (abhydrolase_1 family)  28.34 
 
 		 274 aa  63.5  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.165493  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1647  transcriptional regulator, SARP family  31.46 
 
 		 549 aa  62.4  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3170  alpha/beta hydrolase fold  26.45 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0912  alpha/beta hydrolase fold  25.27 
 
 		 264 aa  62.4  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1953  transcriptional activator domain protein  29.47 
 
 		 1083 aa  61.6  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247822 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  31.67 
 
 		 999 aa  62  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3265  Alpha/beta hydrolase fold  25.56 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.279729  normal  0.0341286 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4478  Alpha/beta hydrolase fold  26.2 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.785695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2363  alpha/beta hydrolase fold  25.86 
 
 		 328 aa  60.1  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329927 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2388  3-oxoadipate enol-lactonase  27.64 
 
 		 386 aa  60.1  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0063  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 1190 aa  59.7  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82825  normal  0.766346 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6036  transcriptional regulator, SARP family  28.85 
 
 		 650 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0951775  normal  0.443759 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23660  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  26.15 
 
 		 273 aa  58.9  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0523777 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3421  response regulator receiver and SARP domain protein  29.84 
 
 		 300 aa  58.9  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.402524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3408  transcriptional activator domain protein  31.36 
 
 		 1118 aa  59.3  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5816  alpha/beta hydrolase fold  26.15 
 
 		 324 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.953252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0284  transcriptional regulator, SARP family  33.15 
 
 		 689 aa  58.9  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3364  transcriptional activator domain  31.01 
 
 		 1118 aa  58.5  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4670  alpha/beta fold family hydrolase  24.26 
 
 		 269 aa  57.8  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5030  alpha/beta fold family hydrolase  24.26 
 
 		 269 aa  57.8  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4896  hydrolase, alpha/beta fold family  24.26 
 
 		 269 aa  57.8  0.0000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0215  transcriptional activator domain protein  26.69 
 
 		 1163 aa  57.8  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.6802 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2004  alpha/beta hydrolase fold  24.47 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.914633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7193  transcriptional regulator, SARP family  26.37 
 
 		 641 aa  57.4  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0854307  normal  0.06484 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3404  alpha/beta hydrolase fold protein  25.48 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5984  alpha/beta hydrolase fold  25.78 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0152397 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0777  alpha/beta hydrolase fold  27.54 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.547366 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5253  arylesterase, putative  27.94 
 
 		 272 aa  57  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5825  alpha/beta hydrolase fold  25.12 
 
 		 276 aa  57  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0224159  normal  0.292705 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5163  alpha/beta hydrolase fold  27.94 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.365318  normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2088  transcriptional regulator, SARP family  30.62 
 
 		 244 aa  57  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.37571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1684  alpha/beta hydrolase fold  28.9 
 
 		 329 aa  57  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.571932 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0256  alpha/beta hydrolase fold protein  22.32 
 
 		 292 aa  56.2  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.022774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2896  response regulator receiver and SARP domain-containing protein  26.03 
 
 		 268 aa  56.2  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.264133 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4971  transcriptional regulator, SARP family  30.71 
 
 		 261 aa  56.6  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.602293  normal  0.15867 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2055  ATPase-like protein  30.67 
 
 		 1289 aa  56.2  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.125092  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0220  alpha/beta hydrolase fold  27.57 
 
 		 272 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.723702 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2507  transcriptional activator domain-containing protein  29.78 
 
 		 275 aa  56.6  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0440426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4821  alpha/beta hydrolase fold  25.09 
 
 		 277 aa  55.5  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2211  alpha/beta hydrolase fold  25.76 
 
 		 278 aa  55.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2461  Alpha/beta hydrolase fold  27.14 
 
 		 272 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4969  Alpha/beta hydrolase  25.96 
 
 		 273 aa  55.5  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0107972 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0843  Alpha/beta hydrolase fold  26.86 
 
 		 272 aa  55.8  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3084  alpha/beta hydrolase fold  26.7 
 
 		 235 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3860  prolyl aminopeptidase  24.22 
 
 		 286 aa  55.5  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.4706  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66830  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  24.91 
 
 		 285 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>