More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1684 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1684  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 
329 aa  650    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.571932 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17910  alpha/beta family hydrolase  78.19 
 
 
328 aa  508  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1557  putative hydrolase  77.88 
 
 
328 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3915  Alpha/beta hydrolase fold  74.69 
 
 
330 aa  487  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.226333 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4178  hydrolase, alpha/beta fold family  73.37 
 
 
330 aa  482  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4543  Alpha/beta hydrolase fold  73.7 
 
 
343 aa  461  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13990  Alpha/beta hydrolase fold protein  70.62 
 
 
319 aa  450  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4348  alpha/beta hydrolase fold  71.08 
 
 
331 aa  447  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1064  alpha/beta fold family hydrolase  71.52 
 
 
378 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33764  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1105  alpha/beta hydrolase fold  71.66 
 
 
331 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272273  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1094  alpha/beta hydrolase fold  69.66 
 
 
331 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.817765  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3711  alpha/beta hydrolase fold  48.53 
 
 
297 aa  232  8.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0466568  normal  0.241762 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1303  alpha/beta hydrolase fold protein  46.42 
 
 
299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.427571  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2222  alpha/beta hydrolase fold  41.44 
 
 
301 aa  220  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.801481  normal  0.877247 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3165  alpha/beta hydrolase fold  45.36 
 
 
302 aa  209  4e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.358272  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2371  alpha/beta hydrolase  46.03 
 
 
307 aa  203  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1674  alpha/beta hydrolase fold  40.8 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0685799  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1064  alpha/beta hydrolase fold  43.26 
 
 
297 aa  197  3e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.763397  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1656  alpha/beta hydrolase fold  40.36 
 
 
304 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3532  alpha/beta hydrolase fold  40.91 
 
 
298 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.961307  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2861  hypothetical protein  37.5 
 
 
306 aa  189  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7714  alpha/beta hydrolase fold protein  41.7 
 
 
286 aa  188  9e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3355  alpha/beta hydrolase fold  38.14 
 
 
313 aa  183  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000102808  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1677  alpha/beta hydrolase fold  38.38 
 
 
356 aa  183  4.0000000000000006e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.2178 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2007  alpha/beta hydrolase fold protein  38.98 
 
 
314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.417102 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3170  alpha/beta hydrolase fold  40.22 
 
 
298 aa  182  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5546  alpha/beta hydrolase fold protein  38.21 
 
 
288 aa  180  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.532072 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3587  alpha/beta hydrolase fold protein  42.65 
 
 
296 aa  178  9e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00848755 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0953  alpha/beta hydrolase fold  38.44 
 
 
301 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.147862  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0971  alpha/beta hydrolase fold  38.44 
 
 
301 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0419324 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1191  alpha/beta fold family hydrolase  37.05 
 
 
345 aa  172  5e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.556136 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6846  Alpha/beta hydrolase  39.73 
 
 
318 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.525505 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1254  alpha/beta hydrolase fold  35.99 
 
 
319 aa  172  5e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000251211  normal  0.0110016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2804  alpha/beta fold family hydrolase  38.43 
 
 
291 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39146  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1255  alpha/beta hydrolase fold  38.93 
 
 
334 aa  171  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000653812  decreased coverage  0.00236014 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1240  alpha/beta hydrolase fold  38.7 
 
 
300 aa  170  3e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.17737 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1199  alpha/beta hydrolase fold  37.38 
 
 
345 aa  170  3e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.43894  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2714  alpha/beta hydrolase fold protein  38.13 
 
 
284 aa  168  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.216364  normal  0.0171077 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2821  alpha/beta hydrolase fold  38.6 
 
 
298 aa  168  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.229775  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1675  alpha/beta hydrolase fold  40.4 
 
 
301 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0263497  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5112  alpha/beta hydrolase fold  39.35 
 
 
300 aa  166  5e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4461  alpha/beta hydrolase fold protein  40 
 
 
318 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.598088  hitchhiker  0.00401352 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1674  alpha/beta hydrolase fold protein  37.41 
 
 
300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0555007  normal  0.342209 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2370  alpha/beta hydrolase fold protein  38.81 
 
 
302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0974  alpha/beta hydrolase fold  37.72 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0413085  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0819  alpha/beta hydrolase fold  39.42 
 
 
312 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0113  alpha/beta hydrolase fold  38.78 
 
 
310 aa  160  3e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0354  alpha/beta hydrolase fold protein  39.92 
 
 
355 aa  156  5.0000000000000005e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0338222  normal  0.0930183 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10659  lipase/esterase lipG  42.01 
 
 
301 aa  155  1e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0519143 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0748  alpha/beta hydrolase fold  38.6 
 
 
309 aa  153  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.725868  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0034  alpha/beta hydrolase fold  34.56 
 
 
302 aa  150  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0686733  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3910  alpha/beta hydrolase fold  42.75 
 
 
300 aa  151  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.838844  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0317  carboxylesterase  34.88 
 
 
292 aa  149  9e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4056  alpha/beta hydrolase fold  39.58 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143768  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2357  alpha/beta hydrolase fold protein  36.84 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0142155  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2771  alpha/beta fold family hydrolase  31.05 
 
 
356 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000257271  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2473  carboxylesterase  31.77 
 
 
287 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.283047  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2544  alpha/beta hydrolase fold  31.58 
 
 
285 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0151545  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1377  alpha/beta hydrolase fold protein  32.66 
 
 
279 aa  129  6e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2507  carboxylesterase  31.77 
 
 
287 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00322402  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5437  alpha/beta hydrolase fold  31.58 
 
 
280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.204018  hitchhiker  0.00818802 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2551  alpha/beta fold family hydrolase  31.77 
 
 
287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.27575  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2738  alpha/beta fold family hydrolase  31.77 
 
 
287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.754882  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2746  hydrolase, alpha/beta fold family  31.44 
 
 
287 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000102872 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2542  hydrolase, alpha/beta fold family  30.3 
 
 
284 aa  123  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000110325 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3444  alpha/beta hydrolase fold protein  34.09 
 
 
311 aa  122  7e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0648786  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2792  hydrolase, alpha/beta fold family  30.3 
 
 
287 aa  122  9e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00232409  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2750  hydrolase, alpha/beta fold family  30.3 
 
 
284 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.831392  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2514  alpha/beta hydrolase fold protein  33.87 
 
 
296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1045  alpha/beta hydrolase fold protein  31.35 
 
 
304 aa  120  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.146547  normal  0.0502685 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2195  alpha/beta hydrolase fold  31.05 
 
 
288 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5047  alpha/beta hydrolase fold protein  33.22 
 
 
285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3458  hydrolase protein  32.03 
 
 
306 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326966  hitchhiker  0.00447624 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0068  streptothricin acetyltransferase Sat-1  28.83 
 
 
336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.470432  normal  0.337184 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0133  streptothricin acetyltransferase Sat-1  28.83 
 
 
359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0707  alpha/beta hydrolase fold protein  33.45 
 
 
291 aa  114  3e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2890  alpha/beta hydrolase fold protein  32.87 
 
 
308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5168  alpha/beta hydrolase fold protein  30.2 
 
 
281 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.464131 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2375  alpha/beta hydrolase fold protein  36.86 
 
 
274 aa  112  9e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.153241  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1315  alpha/beta hydrolase fold protein  31 
 
 
290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2896  Alpha/beta hydrolase fold  30.1 
 
 
304 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.144018 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5059  alpha/beta hydrolase fold  27.78 
 
 
284 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1534  alpha/beta hydrolase  32.71 
 
 
294 aa  108  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3605  alpha/beta hydrolase fold  31.99 
 
 
284 aa  107  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0429  alpha/beta hydrolase fold protein  32.78 
 
 
282 aa  106  7e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0115  alpha/beta hydrolase fold protein  32 
 
 
267 aa  104  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0203  alpha/beta hydrolase fold protein  31.75 
 
 
304 aa  103  4e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.281288 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0511  alpha/beta hydrolase fold protein  33.69 
 
 
265 aa  99  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327319  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5568  alpha/beta hydrolase fold protein  32.28 
 
 
288 aa  96.7  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0686596  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2114  alpha/beta hydrolase fold  32.99 
 
 
321 aa  96.7  5e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.502717  normal  0.171566 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2383  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  31.87 
 
 
294 aa  94.4  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.38703  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3826  3-oxoadipate enol-lactonase  33.33 
 
 
265 aa  92  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1042  alpha/beta hydrolase fold  32.21 
 
 
265 aa  88.2  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4013  alpha/beta hydrolase fold protein  32.06 
 
 
266 aa  87.4  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0148  alpha/beta hydrolase fold  30.1 
 
 
266 aa  87.4  3e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.443703  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0251  alpha/beta hydrolase fold protein  28.52 
 
 
307 aa  86.7  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3171  alpha/beta hydrolase fold protein  30.34 
 
 
270 aa  85.1  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2870  3-oxoadipate enol-lactonase  31.25 
 
 
266 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4434  3-oxoadipate enol-lactonase  29.79 
 
 
263 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.600688  normal  0.0168889 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1595  alpha/beta hydrolase fold  26.46 
 
 
275 aa  83.2  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.649162  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>