More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5761 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5761  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 		 378 aa  774    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11929  lignin peroxidase lipJ  42.51 
 
 		 462 aa  257  3e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.831009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0790  putative adenylate/guanylate cyclase  39.78 
 
 		 449 aa  242  6e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0795  putative adenylate/guanylate cyclase  39.78 
 
 		 449 aa  242  6e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0810  putative adenylate/guanylate cyclase  39.78 
 
 		 449 aa  242  6e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.190298  normal  0.0999072 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7386  SARP family transcriptional regulator(alpha/beta hydrolase superfamily)  45.26 
 
 		 514 aa  222  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.18914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5093  transcriptional regulator, SARP family  44.28 
 
 		 516 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.093357  normal  0.464925 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3177  transcriptional regulator, SARP family  42.2 
 
 		 526 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0715298  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  41.73 
 
 		 396 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  39.49 
 
 		 396 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  40.71 
 
 		 396 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5343  LuxR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 361 aa  126  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0342945 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0600  SARP family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 540 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2396  transcriptional regulator, LuxR family  30.85 
 
 		 363 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000296074  decreased coverage  0.0001884 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  33.21 
 
 		 409 aa  104  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6247  transcriptional regulator, LuxR family  30.56 
 
 		 352 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.670073 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.26 
 
 		 413 aa  100  5e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  31.05 
 
 		 436 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2369  transcriptional regulator, LuxR family  31.5 
 
 		 352 aa  91.3  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000342435  decreased coverage  0.000116263 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  32.43 
 
 		 413 aa  90.1  6e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.43 
 
 		 413 aa  90.1  6e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  32.43 
 
 		 413 aa  90.1  6e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0843  Alpha/beta hydrolase fold  28.78 
 
 		 272 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1080  alpha/beta hydrolase fold  26.71 
 
 		 296 aa  72  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0908  alpha/beta hydrolase fold protein  23.94 
 
 		 253 aa  70.1  0.00000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000766289  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1652  adenylate/guanylate cyclase  40.59 
 
 		 275 aa  69.7  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.225182  normal  0.0809005 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0291  hypothetical protein  26 
 
 		 264 aa  68.9  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2846  alpha/beta hydrolase  26.41 
 
 		 263 aa  68.9  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455911  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3429  alpha/beta hydrolase fold protein  24.91 
 
 		 270 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.210707 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2523  alpha/beta hydrolase fold protein  26.81 
 
 		 267 aa  68.9  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.737323 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0832  alpha/beta hydrolase fold  25.74 
 
 		 266 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4321  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 		 280 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0798376 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  30 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2918  alpha/beta hydrolase fold  27.78 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1071  adenylate/guanylate cyclase  40.45 
 
 		 680 aa  67.8  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212449  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3943  3-oxoadipate enol-lactonase  30.73 
 
 		 265 aa  67  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0394549  normal  0.0878902 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0307  hypothetical protein  26 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6440  alpha/beta hydrolase fold  25.78 
 
 		 268 aa  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.200854 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2122  alpha/beta hydrolase fold  29.17 
 
 		 263 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5680  alpha/beta hydrolase fold protein  27.42 
 
 		 324 aa  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0648  alpha/beta hydrolase fold protein  27.56 
 
 		 226 aa  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0281045 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3084  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 		 235 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4082  alpha/beta hydrolase fold  27.56 
 
 		 272 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1674  alpha/beta hydrolase fold  25.89 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0685799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1258  putative hydrolase  27.35 
 
 		 312 aa  65.1  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0337  alpha/beta hydrolase fold  32.37 
 
 		 261 aa  65.1  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2091  putative adenylate/guanylate cyclase  39.51 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.832203  normal  0.176351 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  32.04 
 
 		 392 aa  64.3  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2526  alpha/beta hydrolase fold  28.03 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5984  alpha/beta hydrolase fold  27.24 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0152397 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3219  alpha/beta hydrolase fold protein  23.55 
 
 		 270 aa  64.3  0.000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.910977  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2732  alpha/beta hydrolase fold  26.43 
 
 		 271 aa  63.5  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1543  adenylate/guanylate cyclase  38.89 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424876  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3404  alpha/beta hydrolase fold protein  28.57 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1566  putative adenylate/guanylate cyclase  38.89 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3813  alpha/beta hydrolase fold protein  28.89 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.580817  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9212  alpha/beta hydrolase fold protein  29.79 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4401  alpha/beta hydrolase fold  26.91 
 
 		 275 aa  63.5  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2294  alpha/beta hydrolase fold  26.6 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.610151 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7597  non-heme chloroperoxidase  25.99 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1514  putative adenylate/guanylate cyclase  37.5 
 
 		 279 aa  62.8  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0879  alpha/beta hydrolase fold  27.46 
 
 		 278 aa  62  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.101145 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1303  alpha/beta hydrolase fold protein  33.33 
 
 		 299 aa  62.8  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.427571  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5507  alpha/beta hydrolase fold  28.93 
 
 		 269 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124996 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5097  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  27.64 
 
 		 308 aa  62  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.175437 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3005  Alpha/beta hydrolase fold  30.19 
 
 		 263 aa  62  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1491  alpha/beta hydrolase fold  24.03 
 
 		 297 aa  62  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00412587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0534  putative peroxidase  24.8 
 
 		 281 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.476086  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1042  alpha/beta hydrolase fold  31.66 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0148  alpha/beta hydrolase fold  27.44 
 
 		 266 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.443703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1039  alpha/beta hydrolase fold protein  25.62 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4433  alpha/beta hydrolase fold protein  28.37 
 
 		 285 aa  61.2  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6565  alpha/beta hydrolase fold  29.33 
 
 		 270 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250077 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5284  alpha/beta hydrolase fold  26.87 
 
 		 273 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3458  hydrolase protein  27.82 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326966  hitchhiker  0.00447624 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3856  alpha/beta hydrolase fold  27.39 
 
 		 266 aa  60.5  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.76945  normal  0.0647678 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3587  alpha/beta hydrolase fold protein  24.83 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848755 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0937  prolyl aminopeptidase  23.99 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.163263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3881  alpha/beta hydrolase fold protein  26.67 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.909678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0159  alpha/beta hydrolase fold protein  26.52 
 
 		 277 aa  60.8  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4484  alpha/beta hydrolase fold protein  24.8 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4613  putative adenylate/guanylate cyclase  38.03 
 
 		 261 aa  60.8  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.863604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3860  prolyl aminopeptidase  26.23 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.4706  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3289  alpha/beta hydrolase fold  29.07 
 
 		 250 aa  59.7  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.931458  normal  0.0266601 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5168  alpha/beta hydrolase fold protein  26.09 
 
 		 281 aa  59.7  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.464131 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6475  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  44.12 
 
 		 1175 aa  59.7  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.928071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4021  alpha/beta hydrolase fold protein  25.36 
 
 		 269 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  0.000000197083  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1295  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  36.84 
 
 		 584 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1020  3-oxoadipate enol-lactonase  31.22 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.062909 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0115  alpha/beta hydrolase fold protein  24.19 
 
 		 267 aa  59.3  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5437  alpha/beta hydrolase fold  26.29 
 
 		 280 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.204018  hitchhiker  0.00818802 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2134  alpha/beta hydrolase fold  29.3 
 
 		 250 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.470034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0152  alpha/beta hydrolase fold  24.34 
 
 		 279 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2609  3-oxoadipate enol-lactonase  28.22 
 
 		 271 aa  58.9  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2222  alpha/beta hydrolase fold  28.16 
 
 		 301 aa  59.3  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.801481  normal  0.877247 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4092  adenylate/guanylate cyclase  35.21 
 
 		 271 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1578  3-oxoadipate enol-lactonase  28.35 
 
 		 261 aa  59.3  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000336054  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3907  alpha/beta hydrolase fold  25.36 
 
 		 269 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000000804884  normal  0.943348 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1264  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  36.84 
 
 		 584 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4168  putative adenylate/guanylate cyclase  35.21 
 
 		 271 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.697513  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>