More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6084 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6084  alpha/beta hydrolase fold protein  100 
 
 
278 aa  561  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0307  alpha/beta hydrolase  76.17 
 
 
322 aa  457  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.268135  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1000  alpha/beta hydrolase fold  66.67 
 
 
285 aa  394  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000731693  hitchhiker  0.000000950161 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13198  peroxidase  58.97 
 
 
286 aa  330  1e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.285642 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37050  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  54.95 
 
 
285 aa  318  5e-86  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.557179 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4731  alpha/beta hydrolase fold  56.73 
 
 
287 aa  315  5e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0111  alpha/beta hydrolase fold  56.78 
 
 
287 aa  315  6e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3679  alpha/beta hydrolase fold protein  53.11 
 
 
282 aa  306  2.0000000000000002e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.155441  normal  0.561455 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5269  alpha/beta hydrolase fold  55.27 
 
 
287 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1863  hydrolase, alpha/beta fold family  47.64 
 
 
286 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.67904  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2477  Alpha/beta hydrolase fold  51.65 
 
 
289 aa  257  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37070  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  50.18 
 
 
295 aa  254  8e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4538  alpha/beta hydrolase fold protein  41.49 
 
 
284 aa  212  3.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  hitchhiker  0.00753494 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1826  alpha/beta hydrolase fold  43.12 
 
 
285 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363916  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5177  alpha/beta hydrolase fold  41.88 
 
 
284 aa  208  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.299682  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5218  alpha/beta hydrolase fold protein  39.42 
 
 
314 aa  206  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.506576  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0550  alpha/beta family hydrolase  41.94 
 
 
298 aa  203  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.628358 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1168  alpha/beta hydrolase fold  40.21 
 
 
286 aa  203  3e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2213  alpha/beta hydrolase fold protein  37.5 
 
 
280 aa  199  5e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302063 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4123  alpha/beta hydrolase fold  40.14 
 
 
298 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0267  alpha/beta family hydrolase  40.43 
 
 
277 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6652  alpha/beta hydrolase fold  39.71 
 
 
278 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2018  alpha/beta hydrolase fold  40.85 
 
 
279 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800394 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4734  alpha/beta hydrolase fold  37.86 
 
 
285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0311  alpha/beta hydrolase  36.79 
 
 
281 aa  172  5e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3161  alpha/beta hydrolase fold  35.32 
 
 
271 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5070  alpha/beta hydrolase fold  35.32 
 
 
271 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5207  alpha/beta hydrolase fold  35.32 
 
 
271 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0231345 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0148  alpha/beta hydrolase fold  28.98 
 
 
266 aa  112  7.000000000000001e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.443703  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4759  alpha/beta hydrolase fold  29.53 
 
 
331 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00472864  normal  0.0179653 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0889  lipolytic enzyme  27.8 
 
 
277 aa  108  8.000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.70416 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2375  alpha/beta hydrolase fold protein  30.57 
 
 
274 aa  103  4e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.153241  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1595  alpha/beta hydrolase fold  27.17 
 
 
275 aa  101  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.649162  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2383  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  30.71 
 
 
294 aa  96.7  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.38703  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0337  alpha/beta hydrolase fold  32.65 
 
 
261 aa  96.3  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245494  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0115  alpha/beta hydrolase fold protein  30.18 
 
 
267 aa  95.1  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0750  alpha/beta hydrolase fold  29.14 
 
 
281 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0913521  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0744  alpha/beta hydrolase fold  29.14 
 
 
281 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.477105  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0764  alpha/beta hydrolase fold  29.14 
 
 
281 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.116226  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5181  alpha/beta hydrolase fold  29.68 
 
 
284 aa  94  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.941772  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10564  peroxidase bpoC (non-haem peroxidase)  27.27 
 
 
262 aa  92.8  5e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0807819 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0511  alpha/beta hydrolase fold protein  29.02 
 
 
265 aa  92.8  6e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327319  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2382  alpha/beta hydrolase fold  30.04 
 
 
264 aa  89.4  6e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4013  alpha/beta hydrolase fold protein  29.41 
 
 
266 aa  88.2  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1053  alpha/beta hydrolase fold protein  25 
 
 
286 aa  88.2  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.73231  normal  0.291985 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0777  alpha/beta hydrolase fold  24.46 
 
 
284 aa  87.4  2e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.547366 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7714  alpha/beta hydrolase fold protein  28.79 
 
 
286 aa  86.3  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1265  alpha/beta hydrolase fold protein  26.02 
 
 
267 aa  86.3  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.463266  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1192  alpha/beta superfamily hydrolase  28.31 
 
 
287 aa  85.5  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2732  alpha/beta hydrolase fold  28.24 
 
 
271 aa  85.9  8e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37110  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  29.17 
 
 
268 aa  85.5  9e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20960  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  29.26 
 
 
269 aa  84  0.000000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3605  alpha/beta hydrolase fold  25.54 
 
 
284 aa  84  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2974  3-oxoadipate enol-lactonase  28.08 
 
 
260 aa  84  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108542  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3016  3-oxoadipate enol-lactonase  28.08 
 
 
260 aa  84  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.352868  normal  0.357434 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2482  alpha/beta hydrolase fold protein  27.54 
 
 
264 aa  84  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0351  alpha/beta hydrolase fold  24.72 
 
 
283 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.825015  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3377  alpha/beta hydrolase fold  29.55 
 
 
273 aa  83.2  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4461  alpha/beta hydrolase fold protein  27.34 
 
 
318 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.598088  hitchhiker  0.00401352 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0471  alpha/beta hydrolase fold protein  28.15 
 
 
316 aa  81.6  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.349645  normal  0.0642672 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0298  B-ketoadipate enol-lactone hydrolase protein  30.63 
 
 
279 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0585  alpha/beta hydrolase fold  31.85 
 
 
285 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.474837  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2404  alpha/beta hydrolase fold  28.8 
 
 
277 aa  81.3  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1581  alpha/beta hydrolase fold  28.46 
 
 
259 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.226985 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3143  alpha/beta hydrolase fold  29.54 
 
 
309 aa  80.9  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.03403  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0974  alpha/beta hydrolase fold  29.28 
 
 
260 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4433  alpha/beta hydrolase fold protein  28.36 
 
 
285 aa  80.1  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3798  alpha/beta hydrolase fold protein  25.19 
 
 
258 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1429  Alpha/beta hydrolase fold  26.74 
 
 
267 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.495278  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1295  3-oxoadipate enol-lactonase  27.14 
 
 
265 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523958  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3055  alpha/beta hydrolase fold  26.62 
 
 
277 aa  79.7  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0115287 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4089  hydrolase, alpha/beta fold family  27.34 
 
 
262 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.05653  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3602  alpha/beta hydrolase fold  28.18 
 
 
264 aa  79  0.00000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2443  alpha/beta hydrolase fold  29.23 
 
 
275 aa  79  0.00000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.752916  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1464  alpha/beta hydrolase fold protein  29.24 
 
 
279 aa  78.6  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1303  alpha/beta hydrolase fold protein  28.46 
 
 
299 aa  78.2  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.427571  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2714  alpha/beta hydrolase fold protein  28.47 
 
 
284 aa  78.6  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.216364  normal  0.0171077 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4425  esterase V  27.68 
 
 
278 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3242  alpha/beta hydrolase fold protein  33.78 
 
 
268 aa  77.4  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.988138  normal  0.0849253 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2251  Alpha/beta hydrolase fold-1  27.06 
 
 
284 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.154511  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0307  hypothetical protein  25.93 
 
 
264 aa  77  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0431  alpha/beta hydrolase fold  26.74 
 
 
325 aa  77  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0538885  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2861  hypothetical protein  28.07 
 
 
306 aa  77  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1674  alpha/beta hydrolase fold  27.21 
 
 
302 aa  76.6  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0685799  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1622  alpha/beta hydrolase fold  27.45 
 
 
284 aa  77  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1900  putative hydrolase  28.82 
 
 
275 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.118605  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4543  Alpha/beta hydrolase fold  27.68 
 
 
343 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1695  alpha/beta hydrolase fold protein  27.44 
 
 
284 aa  76.3  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.194275  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0764  alpha/beta hydrolase  26.18 
 
 
277 aa  75.9  0.0000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3711  alpha/beta hydrolase fold  30.35 
 
 
297 aa  75.5  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0466568  normal  0.241762 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1675  alpha/beta hydrolase fold  25.42 
 
 
301 aa  75.5  0.0000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0263497  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5320  3-oxoadipate enol-lactonase  27.84 
 
 
260 aa  75.1  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2283  3-oxoadipate enol-lactonase  28.28 
 
 
263 aa  74.7  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.256005  normal  0.256435 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4179  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
271 aa  75.5  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4719  alpha/beta hydrolase fold protein  26.03 
 
 
282 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2505  alpha/beta family hydrolase  26.04 
 
 
279 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2446  alpha/beta hydrolase fold protein  30.19 
 
 
309 aa  75.1  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.969901  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2308  alpha/beta fold family hydrolase  27.31 
 
 
283 aa  75.5  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.628895 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1677  alpha/beta hydrolase fold  27.08 
 
 
356 aa  75.1  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.2178 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5264  alpha/beta hydrolase fold  27.76 
 
 
258 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.764514 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>