More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4065 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4065  transcriptional regulator LuxR family  100 
 
 		 251 aa  509  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0339  transcriptional regulator, LuxR family  60.08 
 
 		 248 aa  289  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.872821  normal  0.0558568 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0307  transcriptional regulator, LuxR family  58.87 
 
 		 248 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0244  response regulator receiver protein  53.91 
 
 		 247 aa  247  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.50277 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  58.46 
 
 		 244 aa  78.6  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  56.92 
 
 		 230 aa  78.2  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  58.46 
 
 		 244 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  28.21 
 
 		 246 aa  75.9  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  58.06 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  57.14 
 
 		 247 aa  71.2  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2818  transcriptional regulator, LuxR family  34.97 
 
 		 241 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3087  transcriptional regulator, LuxR family  34.36 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3273  transcriptional regulator LuxR family  50 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  47.69 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4224  regulatory protein LuxR  35.29 
 
 		 260 aa  57.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525332  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  48.48 
 
 		 253 aa  57  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0318  transcriptional regulator, LuxR family  36.56 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  27.36 
 
 		 244 aa  56.6  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0287  transcriptional regulator, LuxR family  36.56 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3549  regulatory protein, LuxR  40.28 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3118  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 391 aa  55.5  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.88 
 
 		 241 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.88 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.88 
 
 		 241 aa  54.7  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 240 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.88 
 
 		 241 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.88 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.88 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.88 
 
 		 241 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.88 
 
 		 241 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0119  LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 259 aa  54.3  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.608376  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  23.85 
 
 		 247 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0110  LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 268 aa  54.3  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.514691  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 248 aa  54.3  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1716  LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 118 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1997  regulatory protein, LuxR  26.62 
 
 		 278 aa  53.9  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0258  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.88 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3348  transcriptional regulator, LuxR family  26.52 
 
 		 238 aa  53.5  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1264  two component LuxR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 200 aa  53.1  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.86401 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0164  response regulator receiver protein  42.42 
 
 		 128 aa  52.8  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0475  transcriptional regulator, LuxR family  42.42 
 
 		 123 aa  52.4  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.282737  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 228 aa  52.8  0.000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  42.03 
 
 		 243 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  42.03 
 
 		 243 aa  52  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  42.03 
 
 		 243 aa  52  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  28.33 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 245 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.23 
 
 		 911 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  43.28 
 
 		 914 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  49.09 
 
 		 243 aa  51.6  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.88 
 
 		 905 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0749  transcriptional regulator, LuxR family  43.28 
 
 		 500 aa  51.2  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5200  DNA-binding response regulator  47.54 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5050  DNA-binding response regulator  47.54 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2317  hypothetical protein  41.27 
 
 		 267 aa  50.4  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0797  transcriptional regulator, LuxR family  34.92 
 
 		 240 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5597  DNA-binding response regulator  47.54 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1815  putative transcriptional regulator  29.59 
 
 		 265 aa  50.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319475  normal  0.33301 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5477  DNA-binding response regulator  47.54 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00156963  hitchhiker  0.00000000000102018 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  28.35 
 
 		 248 aa  50.8  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5531  DNA-binding response regulator  47.54 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2014  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.99 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.172206  hitchhiker  0.00394331 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5482  DNA-binding response regulator  47.54 
 
 		 200 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5034  DNA-binding response regulator  47.54 
 
 		 200 aa  50.4  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.617082  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  42.86 
 
 		 917 aa  50.4  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  41.27 
 
 		 901 aa  50.4  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  42.42 
 
 		 914 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5475  DNA-binding response regulator  47.54 
 
 		 200 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.132453  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1362  LuxR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 257 aa  50.1  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5444  DNA-binding response regulator  47.54 
 
 		 200 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2120  LuxR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 244 aa  50.4  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0535979  normal  0.194929 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2693  regulatory protein, LuxR  40.28 
 
 		 891 aa  50.4  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0694  transcriptional regulator, LuxR family  28.37 
 
 		 242 aa  50.4  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2179  LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 239 aa  50.1  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  45.16 
 
 		 307 aa  50.1  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1390  two component LuxR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 225 aa  49.7  0.00004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4163  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 208 aa  49.7  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296115  normal  0.698078 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2811  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 217 aa  49.7  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.206772  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3573  transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 		 189 aa  50.1  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2258  two component LuxR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 254 aa  49.3  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0338  transcriptional regulator, LuxR family  42.19 
 
 		 248 aa  49.7  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.137643 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3004  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.03 
 
 		 223 aa  49.7  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0522265  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  38.57 
 
 		 236 aa  49.3  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 233 aa  49.3  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5150  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 200 aa  49.3  0.00006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  43.08 
 
 		 246 aa  49.3  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  39.71 
 
 		 1021 aa  49.3  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  34.88 
 
 		 233 aa  49.3  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  34.43 
 
 		 248 aa  48.9  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3072  two component LuxR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 209 aa  48.9  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.875677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4045  LuxR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 208 aa  48.9  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.370155 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1300  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.88 
 
 		 215 aa  48.9  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.145336  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4356  response regulator receiver protein  26.72 
 
 		 195 aa  48.9  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.228643 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0306  transcriptional regulator, LuxR family  43.86 
 
 		 248 aa  48.9  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.6306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1032  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 201 aa  48.9  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>