225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2210 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  49.58 
 
 		 242 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 242 aa  204  7e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  40.68 
 
 		 243 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  35.22 
 
 		 236 aa  151  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  33.8 
 
 		 244 aa  133  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  31.65 
 
 		 241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  31.65 
 
 		 241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 239 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 241 aa  109  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1709  transcriptional regulator, LuxR family  28.4 
 
 		 251 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 233 aa  95.1  8e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  29.51 
 
 		 233 aa  95.1  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  29.51 
 
 		 233 aa  94.7  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  31.95 
 
 		 246 aa  92  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0694  transcriptional regulator, LuxR family  30.1 
 
 		 242 aa  91.3  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3348  transcriptional regulator, LuxR family  28.43 
 
 		 238 aa  90.5  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  28.33 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  27.92 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  28.33 
 
 		 243 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 260 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  30.65 
 
 		 253 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  28.57 
 
 		 213 aa  81.6  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.84 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.84 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.84 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.84 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 242 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 241 aa  74.7  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 229 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 244 aa  73.2  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  28.37 
 
 		 235 aa  73.2  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  25.12 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  27.89 
 
 		 242 aa  72  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  27.03 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  27.98 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  26.67 
 
 		 237 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  27.98 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 245 aa  68.9  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0119  LuxR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 259 aa  67.8  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.608376  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0110  LuxR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 268 aa  67.4  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.514691  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.06 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  30.53 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1890  transcriptional regulator LuxR family  26.32 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.53 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.53 
 
 		 236 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  24.68 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6196  transcriptional regulator, LuxR family  26.34 
 
 		 275 aa  65.9  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6376  transcriptional regulator, LuxR family  25.56 
 
 		 258 aa  65.9  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.888984 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  22.61 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  24.68 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  29.08 
 
 		 245 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  23.36 
 
 		 237 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  23.14 
 
 		 247 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  24.48 
 
 		 244 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 242 aa  62  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  23.65 
 
 		 240 aa  62  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  26.77 
 
 		 224 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  26.77 
 
 		 241 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  27.02 
 
 		 254 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  30.85 
 
 		 254 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02209  transcriptional regulator AhyR/AsaR family  30.85 
 
 		 254 aa  60.8  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0933251  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  28.35 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  28.35 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 248 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 248 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 276 aa  60.1  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  26.06 
 
 		 254 aa  60.1  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  21.93 
 
 		 247 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3193  LuxR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 243 aa  57.8  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.800778  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.72 
 
 		 241 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  25.25 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.72 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2247  LuxR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 239 aa  57  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.788747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  24.58 
 
 		 242 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.72 
 
 		 241 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4224  regulatory protein LuxR  24.05 
 
 		 260 aa  57.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525332  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.72 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.72 
 
 		 241 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.72 
 
 		 241 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.72 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  22.66 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 242 aa  55.1  0.0000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.02 
 
 		 238 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>