More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3348 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3348  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
238 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0694  transcriptional regulator, LuxR family  60.76 
 
 
242 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  47.83 
 
 
244 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  43.23 
 
 
268 aa  210  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
239 aa  95.1  8e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
242 aa  94.7  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
242 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
240 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  32.74 
 
 
236 aa  88.2  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  28.9 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  29 
 
 
242 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
233 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  29.05 
 
 
233 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  30.17 
 
 
233 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  29.89 
 
 
254 aa  73.2  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  26.45 
 
 
248 aa  73.6  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  31.11 
 
 
251 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
242 aa  70.1  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
244 aa  66.2  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
260 aa  66.2  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  25.51 
 
 
241 aa  65.9  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  33.33 
 
 
301 aa  65.9  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  26.75 
 
 
244 aa  65.5  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1709  transcriptional regulator, LuxR family  29.12 
 
 
251 aa  65.1  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
230 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.78 
 
 
230 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.78 
 
 
230 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
230 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
240 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.78 
 
 
230 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  25.51 
 
 
241 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.78 
 
 
230 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
230 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  29.41 
 
 
242 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  24.49 
 
 
240 aa  63.5  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  26.83 
 
 
244 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  27.12 
 
 
237 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1935  LuxR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
254 aa  62.4  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0226826  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  26.92 
 
 
246 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
242 aa  61.6  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  26.04 
 
 
246 aa  61.2  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  26.64 
 
 
230 aa  60.5  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
247 aa  60.8  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  27.2 
 
 
237 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 
253 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
246 aa  59.7  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  27.8 
 
 
243 aa  59.7  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  26.6 
 
 
235 aa  58.9  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  28.96 
 
 
243 aa  58.9  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  26.6 
 
 
235 aa  58.5  0.00000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1858  regulatory protein, LuxR  28.29 
 
 
240 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.968511  normal  0.429654 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  27.07 
 
 
240 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  25.13 
 
 
235 aa  57.8  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  27.07 
 
 
240 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  37.89 
 
 
250 aa  57.8  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  47.62 
 
 
246 aa  56.2  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0318  transcriptional regulator, LuxR family  45.16 
 
 
234 aa  55.8  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0339  transcriptional regulator, LuxR family  31.07 
 
 
248 aa  56.2  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.872821  normal  0.0558568 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2409  LuxR family transcriptional regulator  48.65 
 
 
272 aa  55.8  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2048  transcriptional regulator, LuxR family  26.67 
 
 
240 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0912162  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  46.03 
 
 
206 aa  55.1  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  25.79 
 
 
251 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
228 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  44.94 
 
 
237 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0307  transcriptional regulator, LuxR family  31.46 
 
 
248 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  44.94 
 
 
237 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
228 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  44.94 
 
 
237 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0287  transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 
234 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3324  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.62 
 
 
219 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0107044  normal  0.345616 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  26.34 
 
 
213 aa  53.9  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  26.37 
 
 
234 aa  53.9  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5070  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.76 
 
 
210 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.744929 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  27.55 
 
 
241 aa  53.9  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  26.37 
 
 
234 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1890  transcriptional regulator LuxR family  30.41 
 
 
246 aa  54.3  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  25.13 
 
 
239 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4065  transcriptional regulator LuxR family  26.52 
 
 
251 aa  53.5  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
239 aa  53.1  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 
201 aa  53.5  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  30.46 
 
 
243 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  24.69 
 
 
241 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 
201 aa  53.5  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
239 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  26.23 
 
 
241 aa  53.1  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3480  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 
210 aa  52.8  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.147525 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2623  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 
210 aa  52.8  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  23.76 
 
 
231 aa  53.1  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  25.41 
 
 
224 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
239 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  24.61 
 
 
239 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
239 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 
201 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2084  LuxR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
269 aa  52.8  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730902  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
239 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 
201 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  30.07 
 
 
254 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  30.46 
 
 
243 aa  52.4  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1134  two component LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
213 aa  52  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  24.18 
 
 
265 aa  52  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>