More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3096 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3096  inner-membrane translocator  100 
 
 		 364 aa  717    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2844  integral inner-membrane protein  75.89 
 
 		 372 aa  565  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.746022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2284  inner-membrane translocator  73.13 
 
 		 364 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332581  normal  0.870366 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0884  inner-membrane translocator  72.85 
 
 		 364 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758855  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2209  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  72.85 
 
 		 364 aa  498  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0526  inner-membrane translocator  73.08 
 
 		 392 aa  492  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0859  inner-membrane translocator  66.39 
 
 		 362 aa  466  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0634  inner-membrane translocator  56.11 
 
 		 365 aa  376  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000284112 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4172  inner-membrane translocator  54.55 
 
 		 367 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3585  ABC transporter inner-membrane translocator  52.33 
 
 		 376 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0727  inner-membrane translocator  51.64 
 
 		 376 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.1031  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1299  ABC transporter inner-membrane translocator  51.77 
 
 		 377 aa  352  7e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0259  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  55.19 
 
 		 376 aa  345  8e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3653  inner-membrane translocator  55 
 
 		 379 aa  342  4e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.483101  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3338  inner-membrane translocator  52.47 
 
 		 377 aa  340  2e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.945315  normal  0.666399 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4460  inner-membrane translocator  53.72 
 
 		 367 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.628382  normal  0.531923 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1154  inner-membrane translocator  46.73 
 
 		 367 aa  281  2e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.426445  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0563  inner-membrane translocator  48.18 
 
 		 367 aa  249  6e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0808252 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  36.78 
 
 		 391 aa  207  2e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 365 aa  204  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 362 aa  196  6e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 344 aa  191  2e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 373 aa  176  4e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  34.18 
 
 		 344 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  34.18 
 
 		 344 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  34.28 
 
 		 365 aa  174  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  33.99 
 
 		 365 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1447  inner-membrane translocator  36.15 
 
 		 338 aa  172  5.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.375364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6737  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 340 aa  169  6e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.520538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 371 aa  168  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1787  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 354 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1148  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 354 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  37.9 
 
 		 442 aa  166  8e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 344 aa  165  1.0000000000000001e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  34.71 
 
 		 371 aa  163  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 357 aa  162  7e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0157  inner-membrane translocator  39.62 
 
 		 370 aa  162  9e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.700557  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3177  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 358 aa  162  1e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.290387  normal  0.329303 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 352 aa  161  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2070  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 348 aa  159  7e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2602  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 350 aa  159  9e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.815607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  31.53 
 
 		 355 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1948  ABC transporter, permease protein  35.93 
 
 		 365 aa  155  1e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.476576  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05410  nucleoside ABC transporter membrane protein  34.72 
 
 		 364 aa  154  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3560  inner-membrane translocator  34.43 
 
 		 352 aa  151  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.317487  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1178  inner-membrane translocator  34.49 
 
 		 356 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  29.43 
 
 		 366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  29.71 
 
 		 366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1411  sugar ABC transporter, permease protein  35.03 
 
 		 352 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.222594  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3888  sugar ABC transporter, permease protein  35.03 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.253623  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1580  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 372 aa  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0212662  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0809  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 437 aa  146  7.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0992  inner-membrane translocator  35.01 
 
 		 342 aa  145  9e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  30.09 
 
 		 368 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1678  inner-membrane translocator  35.8 
 
 		 365 aa  144  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3656  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 365 aa  144  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.106074 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1499  membrane protein  34.19 
 
 		 345 aa  144  3e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.700858  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0505  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 363 aa  144  3e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  29.79 
 
 		 357 aa  142  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0858  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  31.78 
 
 		 355 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1077  inner-membrane translocator  29.67 
 
 		 360 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4193  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 426 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0074  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  33.53 
 
 		 373 aa  139  4.999999999999999e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1271  sugar ABC transporter, permease protein  31.16 
 
 		 383 aa  139  6e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.745875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0996  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 451 aa  139  7e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  32.79 
 
 		 471 aa  139  7e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1608  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  31.51 
 
 		 381 aa  139  7e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.430201  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1183  inner-membrane translocator  33.72 
 
 		 340 aa  139  8.999999999999999e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.555245 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1022  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 454 aa  139  8.999999999999999e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  29.33 
 
 		 361 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 364 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1530  inner-membrane translocator  32.94 
 
 		 345 aa  138  2e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  32.14 
 
 		 365 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1139  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 417 aa  136  7.000000000000001e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1212  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 462 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000448619 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0297  inner-membrane translocator  33.05 
 
 		 388 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000082551  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  28.53 
 
 		 359 aa  133  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  29.51 
 
 		 368 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  29.92 
 
 		 361 aa  133  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4401  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 400 aa  132  7.999999999999999e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  30.26 
 
 		 350 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.49 
 
 		 360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3628  inner-membrane translocator  31.08 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  29.51 
 
 		 368 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  28.84 
 
 		 364 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07940  nucleoside ABC transporter membrane protein  33.56 
 
 		 427 aa  130  4.0000000000000003e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1415  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 448 aa  129  9.000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0217944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  29.09 
 
 		 360 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2441  inner-membrane translocator  33.53 
 
 		 352 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0141444  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1453  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  33.93 
 
 		 364 aa  129  1.0000000000000001e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  28.46 
 
 		 360 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3237  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 528 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.941278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25740  nucleoside ABC transporter membrane protein  32.46 
 
 		 419 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.718562  normal  0.424748 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  33.03 
 
 		 347 aa  128  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  31.12 
 
 		 349 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3539  inner-membrane translocator  30.09 
 
 		 371 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0474  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  unclonable  0.000000132511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  30.79 
 
 		 365 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0956  sugar ABC transporter, permease protein, putative  32.65 
 
 		 353 aa  126  5e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.281596  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>