More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3656 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3656  inner-membrane translocator  100 
 
 		 365 aa  716    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.106074 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3628  inner-membrane translocator  40.87 
 
 		 343 aa  240  2e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 352 aa  218  2e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  36.55 
 
 		 391 aa  218  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1077  inner-membrane translocator  36.2 
 
 		 360 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  36.26 
 
 		 371 aa  213  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  35.46 
 
 		 365 aa  212  9e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0562  inner-membrane translocator  37.66 
 
 		 340 aa  211  2e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 344 aa  211  2e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 357 aa  209  8e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1154  inner-membrane translocator  35.8 
 
 		 367 aa  208  1e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.426445  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  34.76 
 
 		 362 aa  206  6e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  36.81 
 
 		 365 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 		 365 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  36.44 
 
 		 371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  39.14 
 
 		 344 aa  197  2.0000000000000003e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 344 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 344 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  33.15 
 
 		 373 aa  196  7e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2070  inner-membrane translocator  39.02 
 
 		 348 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2115  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 353 aa  192  6e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0438817  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 347 aa  191  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  37.7 
 
 		 365 aa  189  5.999999999999999e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1948  ABC transporter, permease protein  34.23 
 
 		 365 aa  187  3e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.476576  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3560  inner-membrane translocator  35.1 
 
 		 352 aa  186  7e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.317487  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1178  inner-membrane translocator  38.11 
 
 		 356 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  31.75 
 
 		 364 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  34.23 
 
 		 365 aa  182  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  33.04 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1580  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 372 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0212662  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2602  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 350 aa  179  8e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.815607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3888  sugar ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 352 aa  179  8e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.253623  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1411  sugar ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 352 aa  178  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.222594  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1299  ABC transporter inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 377 aa  178  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 442 aa  177  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0637  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0634  inner-membrane translocator  34.72 
 
 		 365 aa  172  9e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000284112 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3585  ABC transporter inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 376 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4193  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 426 aa  171  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1212  inner-membrane translocator  34.58 
 
 		 462 aa  170  3e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000448619 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1022  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 454 aa  170  3e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0157  inner-membrane translocator  40.59 
 
 		 370 aa  170  4e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.700557  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2441  inner-membrane translocator  34.82 
 
 		 352 aa  169  6e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0141444  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0996  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 451 aa  169  6e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3175  inner-membrane translocator  35.39 
 
 		 379 aa  169  7e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.390246  normal  0.626931 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  37.55 
 
 		 347 aa  168  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1148  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 354 aa  168  1e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1787  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 354 aa  168  1e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  38.23 
 
 		 349 aa  168  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1139  inner-membrane translocator  34.92 
 
 		 417 aa  168  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.97 
 
 		 360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3802  sugar ABC transporter, permease protein  34.82 
 
 		 352 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000174596 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3531  ABC transporter, permease  34.82 
 
 		 352 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3549  ABC transporter permease  34.82 
 
 		 352 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.224274  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07940  nucleoside ABC transporter membrane protein  33.87 
 
 		 427 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  38.02 
 
 		 349 aa  164  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6737  inner-membrane translocator  38.25 
 
 		 340 aa  163  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.520538  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3824  sugar ABC transporter, permease protein  34.52 
 
 		 352 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3837  sugar ABC transporter, permease protein  34.52 
 
 		 352 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000164763  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 349 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0826  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 414 aa  163  5.0000000000000005e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.632593 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 349 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1678  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 365 aa  160  4e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0727  inner-membrane translocator  33.04 
 
 		 376 aa  159  6e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.1031  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  30.38 
 
 		 354 aa  159  7e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  29.41 
 
 		 359 aa  159  7e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0074  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  31.1 
 
 		 373 aa  159  9e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4172  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 352 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  32.24 
 
 		 349 aa  157  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3947  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 408 aa  157  3e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0070874 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0858  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  32.36 
 
 		 355 aa  157  3e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3096  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 364 aa  155  7e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 347 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0474  inner-membrane translocator  30.93 
 
 		 334 aa  152  7e-36  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  unclonable  0.000000132511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  35.11 
 
 		 471 aa  152  7e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3177  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 358 aa  152  8e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.290387  normal  0.329303 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5335  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 349 aa  151  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0859  inner-membrane translocator  32.95 
 
 		 362 aa  150  3e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6252  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 339 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.7968 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  32.72 
 
 		 349 aa  149  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25740  nucleoside ABC transporter membrane protein  36.17 
 
 		 419 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.718562  normal  0.424748 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2844  integral inner-membrane protein  32.1 
 
 		 372 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.746022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1499  membrane protein  35.1 
 
 		 345 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.700858  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0917  inner-membrane translocator  30.5 
 
 		 351 aa  147  4.0000000000000006e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  29.97 
 
 		 366 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  30.27 
 
 		 366 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4460  inner-membrane translocator  32.94 
 
 		 367 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.628382  normal  0.531923 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2036  inner-membrane translocator  30.23 
 
 		 403 aa  145  9e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0505  inner-membrane translocator  29.58 
 
 		 363 aa  145  9e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3267  inner-membrane translocator  32.36 
 
 		 463 aa  145  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.169557  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3338  inner-membrane translocator  32.35 
 
 		 377 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.945315  normal  0.666399 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0144  inner-membrane translocator  28.49 
 
 		 400 aa  144  3e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0297  inner-membrane translocator  31.8 
 
 		 388 aa  144  3e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000082551  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05410  nucleoside ABC transporter membrane protein  33.43 
 
 		 364 aa  143  4e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2284  inner-membrane translocator  34.96 
 
 		 364 aa  144  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332581  normal  0.870366 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4443  inner-membrane translocator  31.9 
 
 		 363 aa  143  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  28.87 
 
 		 368 aa  143  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1530  inner-membrane translocator  31.64 
 
 		 345 aa  142  6e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>