More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3585 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3585  ABC transporter inner-membrane translocator  100 
 
 		 376 aa  752    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1299  ABC transporter inner-membrane translocator  83.02 
 
 		 377 aa  649    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0727  inner-membrane translocator  85.64 
 
 		 376 aa  639    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.1031  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0634  inner-membrane translocator  60 
 
 		 365 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000284112 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3338  inner-membrane translocator  51.89 
 
 		 377 aa  379  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.945315  normal  0.666399 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2844  integral inner-membrane protein  52.94 
 
 		 372 aa  377  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.746022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4172  inner-membrane translocator  53.06 
 
 		 367 aa  371  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0859  inner-membrane translocator  55.37 
 
 		 362 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0259  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  54.37 
 
 		 376 aa  366  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3653  inner-membrane translocator  55.9 
 
 		 379 aa  366  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.483101  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3096  inner-membrane translocator  52.33 
 
 		 364 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4460  inner-membrane translocator  51.39 
 
 		 367 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.628382  normal  0.531923 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2284  inner-membrane translocator  52.73 
 
 		 364 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332581  normal  0.870366 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0526  inner-membrane translocator  53.57 
 
 		 392 aa  331  2e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2209  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  52.19 
 
 		 364 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0884  inner-membrane translocator  53.01 
 
 		 364 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758855  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0563  inner-membrane translocator  52.92 
 
 		 367 aa  285  5.999999999999999e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0808252 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1154  inner-membrane translocator  41.21 
 
 		 367 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.426445  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 391 aa  225  1e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 365 aa  209  7e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 362 aa  204  2e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  35.16 
 
 		 344 aa  189  7e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 344 aa  186  4e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 344 aa  186  4e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 373 aa  185  1.0000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 371 aa  182  6e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0157  inner-membrane translocator  42.04 
 
 		 370 aa  181  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.700557  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1447  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.375364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 357 aa  171  3e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  33.14 
 
 		 365 aa  170  4e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  33.53 
 
 		 352 aa  170  4e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  32.55 
 
 		 365 aa  169  6e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1948  ABC transporter, permease protein  32.88 
 
 		 365 aa  169  9e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.476576  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1139  inner-membrane translocator  38.32 
 
 		 417 aa  163  5.0000000000000005e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 364 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0505  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 363 aa  163  5.0000000000000005e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6737  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 340 aa  162  9e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.520538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  33.52 
 
 		 371 aa  161  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1212  inner-membrane translocator  38.05 
 
 		 462 aa  160  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000448619 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 442 aa  159  6e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 338 aa  159  7e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  31.38 
 
 		 368 aa  159  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.33 
 
 		 360 aa  159  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3656  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 365 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.106074 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  31.35 
 
 		 368 aa  158  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0992  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 342 aa  158  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05410  nucleoside ABC transporter membrane protein  35.31 
 
 		 364 aa  157  4e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  31.49 
 
 		 350 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  36.18 
 
 		 471 aa  155  9e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  31.61 
 
 		 355 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2602  inner-membrane translocator  35.8 
 
 		 350 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.815607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1530  inner-membrane translocator  34.55 
 
 		 345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1499  membrane protein  34.82 
 
 		 345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.700858  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1148  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 354 aa  153  4e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1787  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 354 aa  153  4e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2070  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 348 aa  153  5e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1077  inner-membrane translocator  30.35 
 
 		 360 aa  153  5.9999999999999996e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  30.98 
 
 		 357 aa  152  8e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1580  inner-membrane translocator  32.73 
 
 		 372 aa  152  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0212662  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  37.66 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3177  inner-membrane translocator  32.68 
 
 		 358 aa  150  3e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.290387  normal  0.329303 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4193  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 426 aa  150  4e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1678  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 365 aa  149  8e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3237  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 528 aa  149  9e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.941278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1183  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.555245 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  31.18 
 
 		 349 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1178  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 356 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  29.01 
 
 		 366 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  34 
 
 		 347 aa  145  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1453  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  33.63 
 
 		 364 aa  145  1e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1022  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 454 aa  145  1e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1271  sugar ABC transporter, permease protein  33.06 
 
 		 383 aa  142  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.745875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0809  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 437 aa  142  7e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  29.01 
 
 		 366 aa  142  9e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0996  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 451 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  28.73 
 
 		 368 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  30 
 
 		 360 aa  140  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6452  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07940  nucleoside ABC transporter membrane protein  34.88 
 
 		 427 aa  140  3.9999999999999997e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  33.23 
 
 		 349 aa  140  4.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  33.33 
 
 		 361 aa  139  8.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  30 
 
 		 360 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1690  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 665 aa  138  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  30 
 
 		 360 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  30.3 
 
 		 359 aa  138  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0858  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  31.02 
 
 		 355 aa  135  9e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  30.61 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0637  inner-membrane translocator  29.14 
 
 		 377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3539  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 371 aa  134  3e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0678  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 380 aa  133  5e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.606458  normal  0.506985 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3560  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 352 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.317487  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.07 
 
 		 347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0074  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  31.62 
 
 		 373 aa  132  1.0000000000000001e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  29.95 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25740  nucleoside ABC transporter membrane protein  33.11 
 
 		 419 aa  130  3e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.718562  normal  0.424748 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1415  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 448 aa  130  5.0000000000000004e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0217944  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>