More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2209 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2209  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  100 
 
 		 364 aa  711    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0884  inner-membrane translocator  98.9 
 
 		 364 aa  703    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758855  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2284  inner-membrane translocator  93.41 
 
 		 364 aa  631  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332581  normal  0.870366 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2844  integral inner-membrane protein  76.5 
 
 		 372 aa  569  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.746022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3096  inner-membrane translocator  72.85 
 
 		 364 aa  538  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0526  inner-membrane translocator  78.9 
 
 		 392 aa  510  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0859  inner-membrane translocator  68.77 
 
 		 362 aa  477  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3653  inner-membrane translocator  60.39 
 
 		 379 aa  362  5.0000000000000005e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.483101  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1299  ABC transporter inner-membrane translocator  52.6 
 
 		 377 aa  358  9.999999999999999e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3585  ABC transporter inner-membrane translocator  53.28 
 
 		 376 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3338  inner-membrane translocator  56.39 
 
 		 377 aa  354  2e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.945315  normal  0.666399 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0727  inner-membrane translocator  54.5 
 
 		 376 aa  352  4e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.1031  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0634  inner-membrane translocator  53.15 
 
 		 365 aa  350  3e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000284112 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4172  inner-membrane translocator  53.3 
 
 		 367 aa  338  8e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0259  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  56.53 
 
 		 376 aa  337  9.999999999999999e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4460  inner-membrane translocator  53.15 
 
 		 367 aa  326  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.628382  normal  0.531923 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1154  inner-membrane translocator  43.85 
 
 		 367 aa  268  8e-71  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.426445  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0563  inner-membrane translocator  54.57 
 
 		 367 aa  258  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0808252 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 391 aa  192  8e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  37.9 
 
 		 365 aa  191  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  37.57 
 
 		 371 aa  184  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1447  inner-membrane translocator  36.34 
 
 		 338 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.375364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0157  inner-membrane translocator  43.17 
 
 		 370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.700557  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  37.06 
 
 		 371 aa  172  7.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 344 aa  172  1e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  34.24 
 
 		 362 aa  169  7e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05410  nucleoside ABC transporter membrane protein  37.68 
 
 		 364 aa  168  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6737  inner-membrane translocator  37.39 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.520538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  34.72 
 
 		 373 aa  166  4e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  31.66 
 
 		 355 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  36.15 
 
 		 365 aa  164  3e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  33.89 
 
 		 365 aa  164  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  32.54 
 
 		 366 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3177  inner-membrane translocator  34.22 
 
 		 358 aa  159  6e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.290387  normal  0.329303 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1499  membrane protein  36.99 
 
 		 345 aa  158  1e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.700858  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2070  inner-membrane translocator  36.91 
 
 		 348 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1183  inner-membrane translocator  36.44 
 
 		 340 aa  156  7e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.555245 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0992  inner-membrane translocator  37.92 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1148  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 354 aa  153  5e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1787  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 354 aa  153  5e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  31.43 
 
 		 368 aa  152  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 338 aa  152  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 442 aa  150  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  34.44 
 
 		 357 aa  151  2e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3539  inner-membrane translocator  35.01 
 
 		 371 aa  150  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1530  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 345 aa  150  3e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4193  inner-membrane translocator  38.7 
 
 		 426 aa  149  7e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0809  inner-membrane translocator  41.16 
 
 		 437 aa  149  7e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  32.84 
 
 		 365 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1077  inner-membrane translocator  31.18 
 
 		 360 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 352 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1608  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  32 
 
 		 381 aa  142  7e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.430201  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1022  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 454 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  37.79 
 
 		 471 aa  141  1.9999999999999998e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1212  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 462 aa  141  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000448619 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0074  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  34.41 
 
 		 373 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0505  inner-membrane translocator  31.22 
 
 		 363 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1139  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 417 aa  140  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1178  inner-membrane translocator  32.96 
 
 		 356 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2602  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 350 aa  139  6e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.815607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1271  sugar ABC transporter, permease protein  35.1 
 
 		 383 aa  139  7.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.745875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3656  inner-membrane translocator  33.14 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.106074 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  34.01 
 
 		 365 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0996  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 451 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1678  inner-membrane translocator  36.15 
 
 		 365 aa  136  5e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1580  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 372 aa  135  9e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0212662  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3947  inner-membrane translocator  39.31 
 
 		 408 aa  135  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0070874 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0753  inner-membrane translocator  40.38 
 
 		 441 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0178702 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1948  ABC transporter, permease protein  33.43 
 
 		 365 aa  134  3e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.476576  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3560  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 352 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.317487  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  34.36 
 
 		 349 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0474  inner-membrane translocator  34.12 
 
 		 334 aa  133  5e-30  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  unclonable  0.000000132511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  31.3 
 
 		 368 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07940  nucleoside ABC transporter membrane protein  37.24 
 
 		 427 aa  132  6.999999999999999e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0678  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.606458  normal  0.506985 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3237  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 528 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.941278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 347 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0858  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  31.61 
 
 		 355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  31.9 
 
 		 350 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1690  inner-membrane translocator  31.54 
 
 		 665 aa  130  3e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 347 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  32.26 
 
 		 361 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  30.29 
 
 		 367 aa  130  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 361 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  29.33 
 
 		 357 aa  129  6e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  32 
 
 		 364 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  33.52 
 
 		 352 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2991  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 366 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183315 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  29.55 
 
 		 361 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6452  inner-membrane translocator  35.01 
 
 		 357 aa  127  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  29.67 
 
 		 360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  29.91 
 
 		 364 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.44 
 
 		 360 aa  127  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  30.09 
 
 		 351 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>