More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0259 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0259  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  100 
 
 		 376 aa  737    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4172  inner-membrane translocator  80.6 
 
 		 367 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4460  inner-membrane translocator  79.78 
 
 		 367 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.628382  normal  0.531923 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3338  inner-membrane translocator  67.48 
 
 		 377 aa  475  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.945315  normal  0.666399 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3653  inner-membrane translocator  66.85 
 
 		 379 aa  437  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.483101  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0634  inner-membrane translocator  59 
 
 		 365 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000284112 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2844  integral inner-membrane protein  58.56 
 
 		 372 aa  395  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.746022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1299  ABC transporter inner-membrane translocator  51.98 
 
 		 377 aa  385  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0727  inner-membrane translocator  57.39 
 
 		 376 aa  386  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.1031  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3585  ABC transporter inner-membrane translocator  54.37 
 
 		 376 aa  384  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0859  inner-membrane translocator  57.34 
 
 		 362 aa  373  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3096  inner-membrane translocator  55.1 
 
 		 364 aa  363  3e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2284  inner-membrane translocator  56.03 
 
 		 364 aa  333  4e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332581  normal  0.870366 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0526  inner-membrane translocator  57.02 
 
 		 392 aa  332  7.000000000000001e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2209  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  56.03 
 
 		 364 aa  323  4e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0884  inner-membrane translocator  55.75 
 
 		 364 aa  318  9e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758855  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0563  inner-membrane translocator  53.09 
 
 		 367 aa  291  2e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0808252 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1154  inner-membrane translocator  41.18 
 
 		 367 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.426445  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  38.53 
 
 		 365 aa  206  4e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 391 aa  204  3e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  35.43 
 
 		 371 aa  188  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 344 aa  186  6e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  33.72 
 
 		 362 aa  181  2e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  33.72 
 
 		 344 aa  179  1e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  33.72 
 
 		 344 aa  179  1e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3177  inner-membrane translocator  37.08 
 
 		 358 aa  172  1e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.290387  normal  0.329303 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1447  inner-membrane translocator  34.65 
 
 		 338 aa  172  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.375364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  32.88 
 
 		 365 aa  171  2e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  33.7 
 
 		 365 aa  169  6e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0157  inner-membrane translocator  39.94 
 
 		 370 aa  168  1e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.700557  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1148  inner-membrane translocator  36.44 
 
 		 354 aa  167  2e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1787  inner-membrane translocator  36.44 
 
 		 354 aa  167  2e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 344 aa  166  6.9999999999999995e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  33.91 
 
 		 371 aa  164  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  34.12 
 
 		 373 aa  162  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 442 aa  160  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  30.62 
 
 		 357 aa  159  6e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 338 aa  159  8e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6737  inner-membrane translocator  35.48 
 
 		 340 aa  155  8e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.520538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  32.63 
 
 		 352 aa  155  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  35 
 
 		 349 aa  153  5e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3539  inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 371 aa  151  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1530  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 345 aa  150  2e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1948  ABC transporter, permease protein  33.75 
 
 		 365 aa  150  5e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.476576  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4193  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 426 aa  150  5e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0505  inner-membrane translocator  31.55 
 
 		 363 aa  149  6e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1580  inner-membrane translocator  30.55 
 
 		 372 aa  147  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0212662  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  31.12 
 
 		 366 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  32.15 
 
 		 366 aa  146  6e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0809  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 437 aa  146  7.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1499  membrane protein  32.79 
 
 		 345 aa  145  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.700858  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0992  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 349 aa  144  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  30.92 
 
 		 359 aa  144  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3560  inner-membrane translocator  31.34 
 
 		 352 aa  144  3e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.317487  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05410  nucleoside ABC transporter membrane protein  32.53 
 
 		 364 aa  144  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 347 aa  143  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1271  sugar ABC transporter, permease protein  32.12 
 
 		 383 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.745875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0996  inner-membrane translocator  37.95 
 
 		 451 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1411  sugar ABC transporter, permease protein  31.91 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.222594  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1678  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 365 aa  140  3.9999999999999997e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1077  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35 
 
 		 360 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3175  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 379 aa  140  4.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.390246  normal  0.626931 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3888  sugar ABC transporter, permease protein  31.91 
 
 		 352 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.253623  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  29.89 
 
 		 368 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3656  inner-membrane translocator  30.88 
 
 		 365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.106074 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  32.55 
 
 		 347 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  29.63 
 
 		 354 aa  137  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1690  inner-membrane translocator  29.16 
 
 		 665 aa  136  5e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  35 
 
 		 471 aa  135  9e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07940  nucleoside ABC transporter membrane protein  34.63 
 
 		 427 aa  135  9.999999999999999e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2602  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 350 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.815607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  28.87 
 
 		 355 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  32.33 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  29.56 
 
 		 357 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  31.3 
 
 		 365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  31.67 
 
 		 364 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0826  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 414 aa  133  6e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.632593 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3237  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 528 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.941278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2070  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  31.72 
 
 		 368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2441  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 352 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0141444  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0753  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 441 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0178702 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1022  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 454 aa  130  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4401  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 400 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2945  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 415 aa  130  5.0000000000000004e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000485003 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0074  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  33.03 
 
 		 373 aa  130  5.0000000000000004e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1183  inner-membrane translocator  31.93 
 
 		 340 aa  130  5.0000000000000004e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.555245 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2036  inner-membrane translocator  27.86 
 
 		 403 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 349 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1651  inner-membrane translocator  32.13 
 
 		 624 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.758453 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3824  sugar ABC transporter, permease protein  31.62 
 
 		 352 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3837  sugar ABC transporter, permease protein  31.62 
 
 		 352 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000164763  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1178  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 356 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1212  inner-membrane translocator  33.86 
 
 		 462 aa  126  7e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000448619 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  32.83 
 
 		 365 aa  126  7e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  31.44 
 
 		 349 aa  126  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>