More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0563 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0563  inner-membrane translocator  100 
 
 		 367 aa  700    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0808252 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0634  inner-membrane translocator  53.97 
 
 		 365 aa  375  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000284112 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1299  ABC transporter inner-membrane translocator  51.09 
 
 		 377 aa  368  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4172  inner-membrane translocator  53.93 
 
 		 367 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3338  inner-membrane translocator  54.72 
 
 		 377 aa  362  5.0000000000000005e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.945315  normal  0.666399 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3585  ABC transporter inner-membrane translocator  52.92 
 
 		 376 aa  361  1e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0859  inner-membrane translocator  54.52 
 
 		 362 aa  354  2e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0259  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  53.09 
 
 		 376 aa  352  4e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0727  inner-membrane translocator  50.55 
 
 		 376 aa  349  4e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.1031  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3653  inner-membrane translocator  55.43 
 
 		 379 aa  348  6e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.483101  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4460  inner-membrane translocator  53.37 
 
 		 367 aa  342  7e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.628382  normal  0.531923 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2844  integral inner-membrane protein  51.55 
 
 		 372 aa  335  9e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.746022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3096  inner-membrane translocator  48.18 
 
 		 364 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2284  inner-membrane translocator  53.71 
 
 		 364 aa  305  7e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332581  normal  0.870366 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0884  inner-membrane translocator  54.57 
 
 		 364 aa  300  3e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758855  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2209  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  54.57 
 
 		 364 aa  298  8e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0526  inner-membrane translocator  52.66 
 
 		 392 aa  295  7e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1154  inner-membrane translocator  40.35 
 
 		 367 aa  241  1e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.426445  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  39.49 
 
 		 391 aa  208  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  37.13 
 
 		 365 aa  196  8.000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  35.63 
 
 		 362 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0157  inner-membrane translocator  45.4 
 
 		 370 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.700557  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 344 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 344 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 344 aa  182  9.000000000000001e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  36.87 
 
 		 371 aa  179  4.999999999999999e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 344 aa  171  2e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 371 aa  169  5e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6737  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.520538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1447  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.375364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3656  inner-membrane translocator  33.51 
 
 		 365 aa  157  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.106074 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  32.86 
 
 		 365 aa  153  4e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2602  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 350 aa  151  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.815607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  31.71 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 357 aa  149  6e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 338 aa  149  8e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1678  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 365 aa  149  9e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  32.29 
 
 		 366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  32.57 
 
 		 366 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 360 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4193  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 426 aa  147  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  30.65 
 
 		 355 aa  147  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  32.64 
 
 		 442 aa  146  5e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 368 aa  146  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1148  inner-membrane translocator  31.69 
 
 		 354 aa  146  7.0000000000000006e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1787  inner-membrane translocator  31.69 
 
 		 354 aa  146  7.0000000000000006e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  33.62 
 
 		 361 aa  143  5e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  34.41 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0992  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3177  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 358 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.290387  normal  0.329303 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1499  membrane protein  36.45 
 
 		 345 aa  139  7e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.700858  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1183  inner-membrane translocator  33.63 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.555245 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1530  inner-membrane translocator  35.26 
 
 		 345 aa  137  4e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  34.21 
 
 		 364 aa  137  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2070  inner-membrane translocator  35.06 
 
 		 348 aa  137  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 360 aa  136  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1690  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 665 aa  136  6.0000000000000005e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1178  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 356 aa  135  8e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  30.62 
 
 		 361 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  31.53 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05410  nucleoside ABC transporter membrane protein  33.04 
 
 		 364 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0809  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 437 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3175  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.390246  normal  0.626931 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  35.8 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.23 
 
 		 355 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.22 
 
 		 360 aa  134  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  32.12 
 
 		 361 aa  132  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1580  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 372 aa  133  6e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0212662  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1022  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 454 aa  132  7.999999999999999e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  32.46 
 
 		 360 aa  132  9e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  34.64 
 
 		 349 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  30.73 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  31.15 
 
 		 367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0996  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 451 aa  130  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  33.14 
 
 		 365 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0698  ribose/galactose ABC transporter, permease protein  29.18 
 
 		 383 aa  130  5.0000000000000004e-29  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1271  sugar ABC transporter, permease protein  32.62 
 
 		 383 aa  130  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.745875  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1948  ABC transporter, permease protein  30.27 
 
 		 365 aa  129  6e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.476576  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3237  inner-membrane translocator  33.03 
 
 		 528 aa  129  6e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.941278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 351 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0505  inner-membrane translocator  30 
 
 		 363 aa  129  7.000000000000001e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  32 
 
 		 361 aa  129  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0858  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  30.88 
 
 		 355 aa  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3560  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 352 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.317487  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  28.31 
 
 		 359 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  38.64 
 
 		 471 aa  128  2.0000000000000002e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1608  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  29.78 
 
 		 381 aa  127  2.0000000000000002e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.430201  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1077  inner-membrane translocator  28.88 
 
 		 360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3947  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 408 aa  127  3e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0070874 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3539  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 371 aa  127  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  31.52 
 
 		 365 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 347 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 358 aa  126  7e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 364 aa  126  7e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 365 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07940  nucleoside ABC transporter membrane protein  35.69 
 
 		 427 aa  125  1e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>