More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0768 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  100 
 
 		 366 aa  717    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  98.63 
 
 		 366 aa  708    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  87.12 
 
 		 368 aa  631  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  78.71 
 
 		 365 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  78.15 
 
 		 365 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2991  inner-membrane translocator  78.14 
 
 		 366 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183315 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  53.47 
 
 		 355 aa  374  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  55.3 
 
 		 364 aa  354  2e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  50.42 
 
 		 351 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  52.22 
 
 		 363 aa  333  4e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2377  inner-membrane translocator  51.27 
 
 		 369 aa  331  1e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  50.28 
 
 		 369 aa  331  1e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0796  inner-membrane translocator  49.3 
 
 		 364 aa  326  4.0000000000000003e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511311  normal  0.608951 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  50.7 
 
 		 369 aa  323  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  50.14 
 
 		 369 aa  323  3e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2499  inner-membrane translocator  49.86 
 
 		 369 aa  322  5e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.958191  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  47.27 
 
 		 367 aa  321  9.999999999999999e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  46.29 
 
 		 364 aa  321  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3902  inner-membrane translocator  49.14 
 
 		 383 aa  317  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1133  inner-membrane translocator  51.15 
 
 		 359 aa  317  2e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458901 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  47.01 
 
 		 361 aa  316  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  49.86 
 
 		 363 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  47.29 
 
 		 361 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  49 
 
 		 355 aa  309  5.9999999999999995e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2136  inner-membrane translocator  48.88 
 
 		 368 aa  307  2.0000000000000002e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334815  normal  0.348757 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1037  inner-membrane translocator  49.71 
 
 		 360 aa  305  6e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  49.29 
 
 		 387 aa  305  6e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  47.46 
 
 		 360 aa  305  7e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1356  inner-membrane translocator  52 
 
 		 354 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  51.23 
 
 		 363 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  47.04 
 
 		 368 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  47.46 
 
 		 358 aa  302  7.000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  47.04 
 
 		 368 aa  301  9e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2446  inner-membrane translocator  49.71 
 
 		 357 aa  301  1e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  48.43 
 
 		 361 aa  299  5e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1484  inner-membrane translocator  48.46 
 
 		 370 aa  297  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0529848 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3456  inner-membrane translocator  49.45 
 
 		 361 aa  293  4e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0696875 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  46.76 
 
 		 350 aa  291  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5004  inner-membrane translocator  50.57 
 
 		 357 aa  287  2e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  49 
 
 		 367 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  47.11 
 
 		 363 aa  286  5e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  46.83 
 
 		 363 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  48.01 
 
 		 364 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2146  inner-membrane translocator  48.45 
 
 		 362 aa  272  6e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.387266  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  44.48 
 
 		 362 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  45.04 
 
 		 360 aa  269  5e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  45.04 
 
 		 360 aa  269  5e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  44.82 
 
 		 360 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  44.23 
 
 		 361 aa  256  4e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1004  ABC transporter, inner membrane subunit  44.17 
 
 		 362 aa  256  5e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  40.73 
 
 		 373 aa  254  2.0000000000000002e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6463  inner-membrane translocator  42.78 
 
 		 366 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.665184  normal  0.388851 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1065  inner-membrane translocator  44.44 
 
 		 362 aa  249  6e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1062  inner-membrane translocator  44.17 
 
 		 362 aa  249  6e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1764  inner-membrane translocator  46.22 
 
 		 356 aa  249  7e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.382109  normal  0.473467 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  43.66 
 
 		 361 aa  247  2e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4467  inner-membrane translocator  43.96 
 
 		 366 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.187489 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  44.6 
 
 		 360 aa  241  2e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 364 aa  233  3e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 365 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 358 aa  190  2.9999999999999997e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.33 
 
 		 355 aa  189  8e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  34.49 
 
 		 347 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 352 aa  185  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 355 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  29.26 
 
 		 359 aa  182  9.000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  33.91 
 
 		 347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 347 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 354 aa  176  4e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 344 aa  176  6e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  35.28 
 
 		 349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 357 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 347 aa  172  7.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.46 
 
 		 360 aa  171  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  30.14 
 
 		 347 aa  170  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  29.65 
 
 		 352 aa  169  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 349 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 349 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  30.92 
 
 		 371 aa  168  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2844  integral inner-membrane protein  31.45 
 
 		 372 aa  166  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.746022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  31.41 
 
 		 357 aa  166  5.9999999999999996e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2602  inner-membrane translocator  35.24 
 
 		 350 aa  165  9e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.815607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  31.21 
 
 		 349 aa  165  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  28.61 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2036  inner-membrane translocator  32.49 
 
 		 403 aa  164  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3577  inner-membrane translocator  34.73 
 
 		 360 aa  164  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  28.94 
 
 		 344 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  28.94 
 
 		 344 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  31.76 
 
 		 338 aa  162  6e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 371 aa  162  7e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 344 aa  162  8.000000000000001e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  30.41 
 
 		 365 aa  162  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  29.74 
 
 		 365 aa  161  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4143  inner-membrane translocator  31.79 
 
 		 382 aa  160  5e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1003  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 369 aa  159  8e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  30.41 
 
 		 365 aa  159  8e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 354 aa  158  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>