More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_05410 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_05410  nucleoside ABC transporter membrane protein  100 
 
 
364 aa  713    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6452  inner-membrane translocator  65.8 
 
 
357 aa  437  1e-121  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1271  sugar ABC transporter, permease protein  52.6 
 
 
383 aa  323  4e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.745875  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3237  inner-membrane translocator  52.68 
 
 
528 aa  317  2e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.941278  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1314  inner-membrane translocator  53.26 
 
 
375 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.725707  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0678  inner-membrane translocator  52.2 
 
 
380 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.606458  normal  0.506985 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3539  inner-membrane translocator  46.36 
 
 
371 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4401  inner-membrane translocator  46.72 
 
 
400 aa  215  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1154  inner-membrane translocator  35.29 
 
 
367 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.426445  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2844  integral inner-membrane protein  34.59 
 
 
372 aa  182  6e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.746022  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  34.48 
 
 
391 aa  173  3.9999999999999995e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1299  ABC transporter inner-membrane translocator  35.59 
 
 
377 aa  170  3e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  36.39 
 
 
344 aa  169  9e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  36.25 
 
 
344 aa  168  1e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  36.25 
 
 
344 aa  168  1e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  33.62 
 
 
365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0634  inner-membrane translocator  35.38 
 
 
365 aa  166  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000284112 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1580  inner-membrane translocator  32.75 
 
 
372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0212662  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  34.93 
 
 
371 aa  161  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3585  ABC transporter inner-membrane translocator  35 
 
 
376 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3096  inner-membrane translocator  34.72 
 
 
364 aa  157  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4172  inner-membrane translocator  34.08 
 
 
367 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0698  ribose/galactose ABC transporter, permease protein  32.09 
 
 
383 aa  154  2.9999999999999998e-36  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1447  inner-membrane translocator  35.06 
 
 
338 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.375364  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0859  inner-membrane translocator  35.55 
 
 
362 aa  152  7e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2284  inner-membrane translocator  36.73 
 
 
364 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332581  normal  0.870366 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  32.85 
 
 
352 aa  149  8e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2209  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  37.61 
 
 
364 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0727  inner-membrane translocator  34.27 
 
 
376 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.1031  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0884  inner-membrane translocator  36.66 
 
 
364 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758855  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3338  inner-membrane translocator  33.73 
 
 
377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.945315  normal  0.666399 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0996  inner-membrane translocator  34.6 
 
 
451 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2070  inner-membrane translocator  34.78 
 
 
348 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1077  inner-membrane translocator  30.72 
 
 
360 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0784  inner-membrane translocator  39 
 
 
410 aa  145  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1530  inner-membrane translocator  35.71 
 
 
345 aa  144  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0259  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  32.53 
 
 
376 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  34.29 
 
 
371 aa  144  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4460  inner-membrane translocator  34.71 
 
 
367 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.628382  normal  0.531923 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0526  inner-membrane translocator  35.78 
 
 
392 aa  143  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1178  inner-membrane translocator  34.09 
 
 
356 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6737  inner-membrane translocator  35.67 
 
 
340 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.520538  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3560  inner-membrane translocator  32.52 
 
 
352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.317487  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  32 
 
 
373 aa  140  4.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  34.58 
 
 
362 aa  139  7e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  36.63 
 
 
347 aa  139  7e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3653  inner-membrane translocator  34.01 
 
 
379 aa  139  7.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.483101  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1499  membrane protein  36.36 
 
 
345 aa  138  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.700858  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3656  inner-membrane translocator  33.43 
 
 
365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.106074 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  32.11 
 
 
365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  33.33 
 
 
471 aa  137  4e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0297  inner-membrane translocator  30.9 
 
 
388 aa  136  5e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000082551  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  32.69 
 
 
344 aa  135  8e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07940  nucleoside ABC transporter membrane protein  34.34 
 
 
427 aa  135  8e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1411  sugar ABC transporter, permease protein  32.53 
 
 
352 aa  135  8e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.222594  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3888  sugar ABC transporter, permease protein  32.02 
 
 
352 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.253623  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4193  inner-membrane translocator  35.83 
 
 
426 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1022  inner-membrane translocator  36.36 
 
 
454 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  31.82 
 
 
365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  33 
 
 
364 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2441  inner-membrane translocator  32.01 
 
 
352 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0141444  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0505  inner-membrane translocator  31.62 
 
 
363 aa  133  5e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  32.04 
 
 
442 aa  132  6.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0157  inner-membrane translocator  37.3 
 
 
370 aa  132  9e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.700557  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0144  inner-membrane translocator  29.76 
 
 
400 aa  130  3e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1787  inner-membrane translocator  31.18 
 
 
354 aa  130  3e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1148  inner-membrane translocator  31.18 
 
 
354 aa  130  3e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  30.77 
 
 
357 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3531  ABC transporter, permease  32.01 
 
 
352 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3549  ABC transporter permease  32.01 
 
 
352 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.224274  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3802  sugar ABC transporter, permease protein  32.01 
 
 
352 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000174596 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3824  sugar ABC transporter, permease protein  32.01 
 
 
352 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3837  sugar ABC transporter, permease protein  32.01 
 
 
352 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000164763  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1139  inner-membrane translocator  36.59 
 
 
417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2036  inner-membrane translocator  30.88 
 
 
403 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0826  inner-membrane translocator  36.29 
 
 
414 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.632593 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1678  inner-membrane translocator  33.12 
 
 
365 aa  127  2.0000000000000002e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0992  inner-membrane translocator  36.7 
 
 
342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1212  inner-membrane translocator  34.8 
 
 
462 aa  127  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000448619 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3628  inner-membrane translocator  30.25 
 
 
343 aa  126  7e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1948  ABC transporter, permease protein  32.27 
 
 
365 aa  125  1e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.476576  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0858  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  28.53 
 
 
355 aa  124  2e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3947  inner-membrane translocator  37.72 
 
 
408 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0070874 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  30.79 
 
 
352 aa  124  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0474  inner-membrane translocator  30.29 
 
 
334 aa  123  6e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  unclonable  0.000000132511  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2257  inner-membrane translocator  31.83 
 
 
409 aa  122  8e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3175  inner-membrane translocator  32.49 
 
 
379 aa  122  9e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.390246  normal  0.626931 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1453  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  29.38 
 
 
364 aa  122  9.999999999999999e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  30.85 
 
 
357 aa  122  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25740  nucleoside ABC transporter membrane protein  35.27 
 
 
419 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.718562  normal  0.424748 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1183  inner-membrane translocator  34.1 
 
 
340 aa  120  3e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.555245 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0809  inner-membrane translocator  33.73 
 
 
437 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2945  inner-membrane translocator  33.82 
 
 
415 aa  117  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000485003 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  29.54 
 
 
367 aa  116  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  31.32 
 
 
347 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  29.97 
 
 
360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2602  inner-membrane translocator  31.8 
 
 
350 aa  114  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.815607  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3177  inner-membrane translocator  33.44 
 
 
358 aa  114  3e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.290387  normal  0.329303 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  33.91 
 
 
365 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  32.64 
 
 
349 aa  112  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>