More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2167 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  100 
 
 		 367 aa  728    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  78.67 
 
 		 361 aa  585  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  78.39 
 
 		 361 aa  570  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  76.71 
 
 		 364 aa  548  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  70.79 
 
 		 360 aa  493  9.999999999999999e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  72.44 
 
 		 361 aa  494  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  70.42 
 
 		 358 aa  486  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  70.45 
 
 		 367 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  55.15 
 
 		 363 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  55.49 
 
 		 363 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  56.7 
 
 		 363 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  56.45 
 
 		 364 aa  359  5e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  48.46 
 
 		 355 aa  342  4e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  47.55 
 
 		 368 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  47.27 
 
 		 366 aa  331  1e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  47.27 
 
 		 366 aa  330  3e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  49.72 
 
 		 387 aa  322  6e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  50.96 
 
 		 364 aa  320  3e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  50.43 
 
 		 365 aa  318  6e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  49.16 
 
 		 369 aa  318  9e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  47.99 
 
 		 351 aa  318  1e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  51.98 
 
 		 363 aa  317  3e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  51.69 
 
 		 363 aa  315  9e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1133  inner-membrane translocator  49.3 
 
 		 359 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458901 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  49.58 
 
 		 369 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2446  inner-membrane translocator  50.14 
 
 		 357 aa  312  6.999999999999999e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2136  inner-membrane translocator  49.01 
 
 		 368 aa  310  4e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334815  normal  0.348757 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2377  inner-membrane translocator  48.46 
 
 		 369 aa  309  5e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2499  inner-membrane translocator  48.73 
 
 		 369 aa  308  6.999999999999999e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.958191  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  46.88 
 
 		 355 aa  306  4.0000000000000004e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  49.44 
 
 		 362 aa  305  7e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  48.19 
 
 		 368 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2146  inner-membrane translocator  51.82 
 
 		 362 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.387266  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  49.86 
 
 		 365 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  47.35 
 
 		 368 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1356  inner-membrane translocator  50.72 
 
 		 354 aa  302  5.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  49.29 
 
 		 369 aa  302  6.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  49.42 
 
 		 350 aa  301  9e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3902  inner-membrane translocator  46.84 
 
 		 383 aa  300  3e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0796  inner-membrane translocator  46.74 
 
 		 364 aa  298  9e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511311  normal  0.608951 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  47.61 
 
 		 361 aa  297  2e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1037  inner-membrane translocator  47.56 
 
 		 360 aa  296  4e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  46.24 
 
 		 360 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  46.46 
 
 		 360 aa  291  9e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2991  inner-membrane translocator  47.08 
 
 		 366 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183315 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1484  inner-membrane translocator  46.09 
 
 		 370 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0529848 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1004  ABC transporter, inner membrane subunit  47.65 
 
 		 362 aa  286  4e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  47.03 
 
 		 360 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  47.61 
 
 		 361 aa  285  9e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3456  inner-membrane translocator  47.03 
 
 		 361 aa  282  8.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0696875 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1065  inner-membrane translocator  47.37 
 
 		 362 aa  281  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1062  inner-membrane translocator  46.81 
 
 		 362 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5004  inner-membrane translocator  47.84 
 
 		 357 aa  276  6e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  45.58 
 
 		 360 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  41.67 
 
 		 373 aa  251  1e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1764  inner-membrane translocator  46.02 
 
 		 356 aa  250  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.382109  normal  0.473467 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6463  inner-membrane translocator  40 
 
 		 366 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.665184  normal  0.388851 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4467  inner-membrane translocator  40.06 
 
 		 366 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.187489 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  38.32 
 
 		 364 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  40.8 
 
 		 355 aa  215  9e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.93 
 
 		 355 aa  213  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  37.98 
 
 		 354 aa  208  1e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  36.6 
 
 		 347 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  33.88 
 
 		 359 aa  194  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.89 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 357 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  36.62 
 
 		 349 aa  191  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  33.05 
 
 		 349 aa  191  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  33.91 
 
 		 365 aa  190  4e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 347 aa  186  7e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 354 aa  184  3e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0766  inner-membrane translocator  32.37 
 
 		 366 aa  176  5e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.286695  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 349 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  33.14 
 
 		 358 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.83 
 
 		 360 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  34.92 
 
 		 347 aa  171  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 371 aa  169  5e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 347 aa  169  9e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  41.2 
 
 		 365 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 352 aa  166  9e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 371 aa  164  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 352 aa  160  3e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  30.95 
 
 		 357 aa  159  9e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4621  putative ABC transporter (permease protein)  33.43 
 
 		 369 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  29.8 
 
 		 349 aa  152  8e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5418  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  33.33 
 
 		 348 aa  152  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0748326  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  31.81 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  27.7 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  27.99 
 
 		 365 aa  149  5e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  31.52 
 
 		 349 aa  149  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  31.81 
 
 		 391 aa  148  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  29.29 
 
 		 362 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3577  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3150  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 361 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.35673 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 344 aa  143  4e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 338 aa  143  5e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1003  inner-membrane translocator  31.09 
 
 		 369 aa  143  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  29.7 
 
 		 442 aa  142  9e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0858  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  29.83 
 
 		 355 aa  142  9e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0996  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 451 aa  142  9e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>