More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2059 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  100 
 
 		 363 aa  709    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  77.84 
 
 		 363 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  77.01 
 
 		 363 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  54.93 
 
 		 361 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  54.65 
 
 		 361 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  55.49 
 
 		 367 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  54.8 
 
 		 360 aa  370  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  55.93 
 
 		 361 aa  369  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  52.34 
 
 		 364 aa  366  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  54.8 
 
 		 358 aa  365  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  56.32 
 
 		 364 aa  367  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  57.79 
 
 		 363 aa  364  1e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2146  inner-membrane translocator  59.72 
 
 		 362 aa  364  1e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.387266  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  57.51 
 
 		 363 aa  363  3e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  54.8 
 
 		 367 aa  350  2e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  52.22 
 
 		 366 aa  349  3e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  52.22 
 
 		 366 aa  349  4e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  54.96 
 
 		 364 aa  345  6e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  50.14 
 
 		 368 aa  336  5e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  48.56 
 
 		 351 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  50.14 
 
 		 387 aa  325  1e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2446  inner-membrane translocator  51.43 
 
 		 357 aa  320  3e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3456  inner-membrane translocator  50.57 
 
 		 361 aa  318  1e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0696875 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  51.57 
 
 		 365 aa  315  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  50.87 
 
 		 369 aa  316  5e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  47.38 
 
 		 355 aa  313  1.9999999999999998e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1484  inner-membrane translocator  49.58 
 
 		 370 aa  314  1.9999999999999998e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0529848 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3902  inner-membrane translocator  48.56 
 
 		 383 aa  314  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1133  inner-membrane translocator  50 
 
 		 359 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458901 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1356  inner-membrane translocator  52.72 
 
 		 354 aa  312  4.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2136  inner-membrane translocator  48.56 
 
 		 368 aa  310  2.9999999999999997e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334815  normal  0.348757 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1037  inner-membrane translocator  48.71 
 
 		 360 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  48.42 
 
 		 369 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  51.28 
 
 		 365 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2377  inner-membrane translocator  48.42 
 
 		 369 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0796  inner-membrane translocator  46.31 
 
 		 364 aa  298  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511311  normal  0.608951 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  46.31 
 
 		 355 aa  298  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5004  inner-membrane translocator  50.29 
 
 		 357 aa  295  7e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  47.31 
 
 		 360 aa  295  1e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2991  inner-membrane translocator  49 
 
 		 366 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183315 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  47.03 
 
 		 360 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  45.45 
 
 		 368 aa  293  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  46.57 
 
 		 362 aa  292  5e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  47.14 
 
 		 369 aa  291  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  47.46 
 
 		 361 aa  290  3e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  45.05 
 
 		 368 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1004  ABC transporter, inner membrane subunit  46.07 
 
 		 362 aa  288  8e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  46.74 
 
 		 360 aa  288  8e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2499  inner-membrane translocator  46.88 
 
 		 369 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.958191  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1062  inner-membrane translocator  45.66 
 
 		 362 aa  282  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1065  inner-membrane translocator  45.66 
 
 		 362 aa  280  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  48.29 
 
 		 360 aa  280  3e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  45.51 
 
 		 350 aa  277  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  43.66 
 
 		 373 aa  273  2.0000000000000002e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  45.89 
 
 		 361 aa  273  5.000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1764  inner-membrane translocator  46.72 
 
 		 356 aa  261  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.382109  normal  0.473467 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6463  inner-membrane translocator  42.02 
 
 		 366 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.665184  normal  0.388851 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4467  inner-membrane translocator  41.24 
 
 		 366 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.187489 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  39.06 
 
 		 364 aa  236  6e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.89 
 
 		 360 aa  228  9e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 354 aa  217  2.9999999999999998e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  36.6 
 
 		 355 aa  215  8e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.88 
 
 		 355 aa  212  7.999999999999999e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 357 aa  207  3e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  32.46 
 
 		 359 aa  198  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  36.53 
 
 		 347 aa  197  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  37.39 
 
 		 354 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 365 aa  190  4e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  41.61 
 
 		 365 aa  189  5.999999999999999e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.83 
 
 		 347 aa  186  7e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  33.14 
 
 		 349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  35.48 
 
 		 349 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  32.29 
 
 		 347 aa  183  5.0000000000000004e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 358 aa  182  6e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  37.27 
 
 		 347 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 352 aa  182  1e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 371 aa  179  9e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 349 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  32.92 
 
 		 352 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 349 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  32.19 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  31.66 
 
 		 357 aa  168  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0766  inner-membrane translocator  34.57 
 
 		 366 aa  166  5.9999999999999996e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.286695  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1003  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  32.22 
 
 		 365 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 371 aa  161  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5335  inner-membrane translocator  32.46 
 
 		 349 aa  160  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4621  putative ABC transporter (permease protein)  36.56 
 
 		 369 aa  160  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 357 aa  159  7e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4234  inner-membrane translocator  32.68 
 
 		 397 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 344 aa  156  6e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  28.15 
 
 		 365 aa  155  9e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 442 aa  155  1e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4143  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 382 aa  154  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  28.74 
 
 		 365 aa  155  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2078  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 350 aa  152  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0200136 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1245  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 350 aa  151  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.138626 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4347  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 380 aa  151  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536253  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>