More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1977 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  93.21 
 
 		 369 aa  654    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  100 
 
 		 369 aa  719    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2377  inner-membrane translocator  97.56 
 
 		 369 aa  687    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0796  inner-membrane translocator  76.45 
 
 		 364 aa  550  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511311  normal  0.608951 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2499  inner-membrane translocator  78.03 
 
 		 369 aa  543  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.958191  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  60.34 
 
 		 387 aa  410  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  59.66 
 
 		 351 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1133  inner-membrane translocator  60.51 
 
 		 359 aa  392  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458901 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2446  inner-membrane translocator  60.8 
 
 		 357 aa  390  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3456  inner-membrane translocator  61.36 
 
 		 361 aa  388  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0696875 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3902  inner-membrane translocator  59.26 
 
 		 383 aa  385  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2136  inner-membrane translocator  58.4 
 
 		 368 aa  384  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334815  normal  0.348757 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  59.61 
 
 		 362 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1037  inner-membrane translocator  58.97 
 
 		 360 aa  377  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1484  inner-membrane translocator  59.26 
 
 		 370 aa  369  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0529848 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5004  inner-membrane translocator  59.89 
 
 		 357 aa  364  2e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1004  ABC transporter, inner membrane subunit  57.67 
 
 		 362 aa  362  5.0000000000000005e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  53.17 
 
 		 368 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  52.88 
 
 		 368 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1062  inner-membrane translocator  57.95 
 
 		 362 aa  356  3.9999999999999996e-97  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1065  inner-membrane translocator  57.95 
 
 		 362 aa  355  1e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  54.73 
 
 		 369 aa  351  1e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  51.69 
 
 		 368 aa  348  1e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  50.84 
 
 		 366 aa  345  5e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  54.06 
 
 		 364 aa  345  1e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  50.28 
 
 		 366 aa  342  5e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  48.15 
 
 		 355 aa  337  1.9999999999999998e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  52.72 
 
 		 350 aa  335  5e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1356  inner-membrane translocator  55.24 
 
 		 354 aa  323  3e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  49.3 
 
 		 364 aa  323  4e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  48.44 
 
 		 361 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  53.06 
 
 		 365 aa  317  3e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  48.16 
 
 		 361 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  49.58 
 
 		 367 aa  313  1.9999999999999998e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  52.71 
 
 		 355 aa  311  1e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  48.58 
 
 		 363 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  52.66 
 
 		 365 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  48.42 
 
 		 363 aa  300  4e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  47.16 
 
 		 360 aa  299  6e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  48.01 
 
 		 361 aa  298  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6463  inner-membrane translocator  48.91 
 
 		 366 aa  295  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.665184  normal  0.388851 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  46.88 
 
 		 358 aa  292  5e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2991  inner-membrane translocator  49.72 
 
 		 366 aa  292  5e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183315 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4467  inner-membrane translocator  49.43 
 
 		 366 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.187489 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  46.57 
 
 		 363 aa  289  6e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  46.5 
 
 		 360 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  46.22 
 
 		 360 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  47.46 
 
 		 367 aa  280  3e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  45.68 
 
 		 360 aa  279  7e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  46.5 
 
 		 361 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  44.57 
 
 		 361 aa  264  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  46.22 
 
 		 360 aa  251  1e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2146  inner-membrane translocator  46.07 
 
 		 362 aa  248  1e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.387266  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  46.93 
 
 		 363 aa  248  1e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  47.04 
 
 		 364 aa  247  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  47.66 
 
 		 363 aa  247  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  39.03 
 
 		 373 aa  230  3e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1764  inner-membrane translocator  44.54 
 
 		 356 aa  229  4e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.382109  normal  0.473467 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 364 aa  204  3e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 365 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  37.39 
 
 		 358 aa  192  7e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.73 
 
 		 355 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 354 aa  181  1e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  35.16 
 
 		 352 aa  181  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 359 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 357 aa  179  7e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 365 aa  176  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  34.57 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 347 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 347 aa  172  5.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.04 
 
 		 360 aa  172  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  32.46 
 
 		 371 aa  166  5e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.86 
 
 		 347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  32.28 
 
 		 349 aa  163  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  34.55 
 
 		 349 aa  161  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 349 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0766  inner-membrane translocator  28.75 
 
 		 366 aa  158  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.286695  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  35.55 
 
 		 349 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0996  inner-membrane translocator  35.89 
 
 		 451 aa  155  1e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  31.44 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 349 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  32.63 
 
 		 338 aa  152  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1003  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 369 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  29.86 
 
 		 365 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  32.46 
 
 		 371 aa  148  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  29.19 
 
 		 344 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  28.11 
 
 		 362 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  29.19 
 
 		 344 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  28.62 
 
 		 365 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  27.78 
 
 		 365 aa  143  4e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  29.76 
 
 		 357 aa  142  7e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  28.83 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5335  inner-membrane translocator  34.34 
 
 		 349 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0634  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 365 aa  139  6e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000284112 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  34.28 
 
 		 471 aa  137  2e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  30.51 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>