More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5056 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  100 
 
 		 363 aa  706    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  80.06 
 
 		 363 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  77.01 
 
 		 363 aa  520  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  56.7 
 
 		 361 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  56.41 
 
 		 361 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  56.7 
 
 		 367 aa  371  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  59.54 
 
 		 364 aa  366  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  58.51 
 
 		 361 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  62.07 
 
 		 363 aa  364  1e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  62.07 
 
 		 363 aa  364  1e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  55.97 
 
 		 360 aa  363  2e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2146  inner-membrane translocator  61.3 
 
 		 362 aa  362  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.387266  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  55.68 
 
 		 358 aa  356  2.9999999999999997e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  52.57 
 
 		 364 aa  355  5e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  55.21 
 
 		 367 aa  352  8.999999999999999e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  56.15 
 
 		 364 aa  350  2e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  52.54 
 
 		 387 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  50.14 
 
 		 351 aa  339  4e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2446  inner-membrane translocator  53.87 
 
 		 357 aa  335  5e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1133  inner-membrane translocator  52.81 
 
 		 359 aa  335  5e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458901 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  50.96 
 
 		 366 aa  332  4e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  51.23 
 
 		 366 aa  332  5e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  50.7 
 
 		 368 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3902  inner-membrane translocator  51.15 
 
 		 383 aa  326  3e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2136  inner-membrane translocator  51.29 
 
 		 368 aa  325  8.000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334815  normal  0.348757 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1037  inner-membrane translocator  51.43 
 
 		 360 aa  323  2e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3456  inner-membrane translocator  51.82 
 
 		 361 aa  323  3e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0696875 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  48.58 
 
 		 369 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  51.73 
 
 		 369 aa  321  9.999999999999999e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2377  inner-membrane translocator  48.58 
 
 		 369 aa  318  9e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  48.6 
 
 		 369 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1484  inner-membrane translocator  50.28 
 
 		 370 aa  312  4.999999999999999e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0529848 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1356  inner-membrane translocator  52 
 
 		 354 aa  311  1e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  47.9 
 
 		 368 aa  311  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5004  inner-membrane translocator  54.34 
 
 		 357 aa  310  2.9999999999999997e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  51.82 
 
 		 365 aa  309  5e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  47.62 
 
 		 368 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  46.13 
 
 		 355 aa  308  6.999999999999999e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0796  inner-membrane translocator  47.18 
 
 		 364 aa  306  3e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511311  normal  0.608951 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  49 
 
 		 355 aa  305  9.000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  48.55 
 
 		 350 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2499  inner-membrane translocator  48.03 
 
 		 369 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.958191  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  52.66 
 
 		 365 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  47.06 
 
 		 362 aa  296  4e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1004  ABC transporter, inner membrane subunit  47.58 
 
 		 362 aa  295  8e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2991  inner-membrane translocator  49.86 
 
 		 366 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183315 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  47.22 
 
 		 360 aa  291  1e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1065  inner-membrane translocator  48.15 
 
 		 362 aa  290  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  46.94 
 
 		 360 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1062  inner-membrane translocator  47.86 
 
 		 362 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  48.16 
 
 		 361 aa  288  1e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  46.94 
 
 		 360 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  47.9 
 
 		 360 aa  282  6.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  47.16 
 
 		 361 aa  270  2e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1764  inner-membrane translocator  49.44 
 
 		 356 aa  266  2.9999999999999995e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.382109  normal  0.473467 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  43.54 
 
 		 373 aa  266  5e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4467  inner-membrane translocator  42.54 
 
 		 366 aa  252  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.187489 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6463  inner-membrane translocator  42.09 
 
 		 366 aa  251  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.665184  normal  0.388851 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  39.61 
 
 		 364 aa  230  3e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.41 
 
 		 360 aa  226  4e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  40 
 
 		 354 aa  225  1e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.88 
 
 		 355 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  37.61 
 
 		 355 aa  208  1e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  40.36 
 
 		 354 aa  202  8e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  38.48 
 
 		 357 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  37.27 
 
 		 347 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  32.67 
 
 		 359 aa  199  5e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  35.06 
 
 		 347 aa  199  9e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  37.61 
 
 		 358 aa  196  4.0000000000000005e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 365 aa  193  5e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  39.03 
 
 		 349 aa  192  6e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 349 aa  192  8e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 352 aa  191  1e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  42.38 
 
 		 365 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  40.91 
 
 		 349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  37.27 
 
 		 347 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  37.94 
 
 		 347 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  35.07 
 
 		 349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0766  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 366 aa  184  3e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.286695  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 347 aa  184  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1003  inner-membrane translocator  33.85 
 
 		 369 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  34.68 
 
 		 349 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 371 aa  172  1e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 349 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4849  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 383 aa  169  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5335  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 349 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  31.29 
 
 		 352 aa  165  9e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  30.4 
 
 		 357 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  31.4 
 
 		 365 aa  162  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  30.81 
 
 		 365 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4234  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 397 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3577  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 360 aa  159  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4621  putative ABC transporter (permease protein)  37.8 
 
 		 369 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  33.12 
 
 		 442 aa  159  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4143  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 382 aa  158  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  35.01 
 
 		 371 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4347  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 380 aa  157  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2078  inner-membrane translocator  34.73 
 
 		 350 aa  155  9e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0200136 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  31.76 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5657  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  35.01 
 
 		 392 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.348277  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>