More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3456 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3456  inner-membrane translocator  100 
 
 		 361 aa  699    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0696875 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  74.15 
 
 		 351 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2136  inner-membrane translocator  75.92 
 
 		 368 aa  502  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334815  normal  0.348757 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1133  inner-membrane translocator  77.05 
 
 		 359 aa  496  1e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458901 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3902  inner-membrane translocator  74.36 
 
 		 383 aa  495  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2446  inner-membrane translocator  75.07 
 
 		 357 aa  485  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1037  inner-membrane translocator  73.45 
 
 		 360 aa  482  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1484  inner-membrane translocator  73.73 
 
 		 370 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0529848 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  68.93 
 
 		 387 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5004  inner-membrane translocator  74.72 
 
 		 357 aa  453  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  60.85 
 
 		 362 aa  408  1e-113  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2377  inner-membrane translocator  62.22 
 
 		 369 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  60.51 
 
 		 369 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  61.36 
 
 		 369 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0796  inner-membrane translocator  59.43 
 
 		 364 aa  400  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511311  normal  0.608951 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1004  ABC transporter, inner membrane subunit  60.11 
 
 		 362 aa  392  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2499  inner-membrane translocator  57.95 
 
 		 369 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.958191  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1062  inner-membrane translocator  58.82 
 
 		 362 aa  382  1e-105  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1065  inner-membrane translocator  58.82 
 
 		 362 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  52.84 
 
 		 369 aa  343  2e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  55.81 
 
 		 364 aa  340  2e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  51.82 
 
 		 368 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  51.26 
 
 		 368 aa  339  5e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  50.57 
 
 		 363 aa  332  6e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1356  inner-membrane translocator  55.65 
 
 		 354 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  48.32 
 
 		 368 aa  324  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  49.45 
 
 		 366 aa  322  7e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  51.16 
 
 		 350 aa  322  8e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  49.17 
 
 		 366 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  51.82 
 
 		 363 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  48.08 
 
 		 364 aa  318  1e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  48.43 
 
 		 363 aa  315  8e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  46.63 
 
 		 361 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  46.91 
 
 		 361 aa  309  4e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  50.71 
 
 		 355 aa  308  6.999999999999999e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  44.51 
 
 		 355 aa  301  8.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  47.29 
 
 		 360 aa  301  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  47.03 
 
 		 367 aa  298  1e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  48.03 
 
 		 361 aa  297  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  47.31 
 
 		 358 aa  296  3e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  50.14 
 
 		 365 aa  295  7e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  47.88 
 
 		 367 aa  293  4e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  51.71 
 
 		 364 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  48.49 
 
 		 365 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  50.46 
 
 		 363 aa  281  2e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2991  inner-membrane translocator  48.15 
 
 		 366 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183315 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  51.4 
 
 		 363 aa  280  4e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  47.66 
 
 		 360 aa  279  5e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  45.15 
 
 		 360 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  44.88 
 
 		 360 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  46.28 
 
 		 361 aa  273  4.0000000000000004e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6463  inner-membrane translocator  48.85 
 
 		 366 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.665184  normal  0.388851 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2146  inner-membrane translocator  49.44 
 
 		 362 aa  272  6e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.387266  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  45.66 
 
 		 361 aa  269  7e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4467  inner-membrane translocator  47.7 
 
 		 366 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.187489 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  44.6 
 
 		 360 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1764  inner-membrane translocator  46.78 
 
 		 356 aa  242  7.999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.382109  normal  0.473467 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  37.75 
 
 		 373 aa  228  2e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.57 
 
 		 360 aa  196  6e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 355 aa  196  8.000000000000001e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  35.83 
 
 		 364 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.94 
 
 		 355 aa  192  9e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 354 aa  186  5e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  38.74 
 
 		 358 aa  181  2e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 357 aa  177  2e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 347 aa  173  5e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  39.8 
 
 		 365 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 365 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 347 aa  169  7e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  35.85 
 
 		 352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  27.43 
 
 		 359 aa  160  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  32.02 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  34.7 
 
 		 349 aa  156  6e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  30.2 
 
 		 349 aa  155  8e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  33.24 
 
 		 349 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 349 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  31.05 
 
 		 347 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  30.9 
 
 		 365 aa  152  8.999999999999999e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 344 aa  152  1e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 344 aa  152  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0766  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.286695  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  31.71 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  31.17 
 
 		 352 aa  149  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  31.01 
 
 		 371 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1003  inner-membrane translocator  30.56 
 
 		 369 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  37.41 
 
 		 471 aa  145  1e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  30.31 
 
 		 344 aa  145  1e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 357 aa  144  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  31.75 
 
 		 347 aa  143  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  29.51 
 
 		 357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3577  inner-membrane translocator  32.1 
 
 		 360 aa  140  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3100  inner-membrane translocator  74.19 
 
 		 114 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.195902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4234  inner-membrane translocator  32.77 
 
 		 397 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4849  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 383 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5657  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  31.87 
 
 		 392 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.348277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  28.06 
 
 		 365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  28.36 
 
 		 365 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  29.36 
 
 		 391 aa  132  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>