More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5273 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  100 
 
 		 349 aa  675    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  82.81 
 
 		 349 aa  551  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  83.09 
 
 		 349 aa  552  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5335  inner-membrane translocator  82.81 
 
 		 349 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  71.06 
 
 		 347 aa  472  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  59.31 
 
 		 347 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  58.45 
 
 		 349 aa  351  1e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  54.47 
 
 		 349 aa  331  9e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  50.43 
 
 		 347 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  50.14 
 
 		 347 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  50.29 
 
 		 349 aa  302  6.000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  52.83 
 
 		 347 aa  292  6e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3577  inner-membrane translocator  51.43 
 
 		 360 aa  286  4e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2657  inner-membrane translocator  52.29 
 
 		 354 aa  271  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.142958  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3991  inner-membrane translocator  54.24 
 
 		 363 aa  258  8e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.091087  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4428  inner-membrane translocator  54.21 
 
 		 359 aa  235  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.395958 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0935  inner-membrane translocator  55.33 
 
 		 352 aa  226  6e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.562532  normal  0.401757 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 373 aa  215  8e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 355 aa  203  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  35.01 
 
 		 364 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 357 aa  195  1e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 365 aa  195  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  35.26 
 
 		 369 aa  194  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 360 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  34.28 
 
 		 360 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 354 aa  187  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  34.5 
 
 		 352 aa  186  4e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  31.5 
 
 		 368 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 344 aa  184  1.0000000000000001e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  34.29 
 
 		 360 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 355 aa  184  3e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.92 
 
 		 360 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 365 aa  183  5.0000000000000004e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 364 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 363 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 344 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 364 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  34.14 
 
 		 354 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  32.96 
 
 		 360 aa  179  8e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.65 
 
 		 355 aa  175  8e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  31.21 
 
 		 366 aa  175  9e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 363 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  31.21 
 
 		 366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 338 aa  174  2.9999999999999996e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 357 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 351 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  33.05 
 
 		 363 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 363 aa  173  5e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 361 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3628  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 343 aa  172  9e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 365 aa  172  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1077  inner-membrane translocator  31.21 
 
 		 360 aa  170  3e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  32.66 
 
 		 365 aa  171  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  32.29 
 
 		 367 aa  169  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  32 
 
 		 360 aa  169  7e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  33.85 
 
 		 361 aa  169  8e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  34.98 
 
 		 369 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 364 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 361 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  36.8 
 
 		 358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  31.27 
 
 		 361 aa  166  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  32 
 
 		 358 aa  166  5.9999999999999996e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  34.68 
 
 		 369 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3656  inner-membrane translocator  38.23 
 
 		 365 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.106074 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2377  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 369 aa  165  9e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 371 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  32.95 
 
 		 365 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2991  inner-membrane translocator  34.07 
 
 		 366 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183315 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0796  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 364 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511311  normal  0.608951 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  31.91 
 
 		 363 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  31.82 
 
 		 387 aa  161  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  30.59 
 
 		 361 aa  161  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  32.36 
 
 		 350 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  31.74 
 
 		 368 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 355 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  33.05 
 
 		 368 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1764  inner-membrane translocator  35.85 
 
 		 356 aa  159  7e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.382109  normal  0.473467 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1356  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 354 aa  158  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1133  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 359 aa  158  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458901 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2602  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 350 aa  157  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.815607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2146  inner-membrane translocator  36.56 
 
 		 362 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.387266  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  29.31 
 
 		 367 aa  156  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  31.8 
 
 		 391 aa  156  6e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  33.12 
 
 		 365 aa  156  6e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  30.33 
 
 		 359 aa  155  7e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  31.79 
 
 		 442 aa  155  7e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2070  inner-membrane translocator  32.91 
 
 		 348 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6463  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.665184  normal  0.388851 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0144  inner-membrane translocator  27.89 
 
 		 400 aa  155  1e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1178  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 356 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 362 aa  154  2e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1037  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3175  inner-membrane translocator  36.26 
 
 		 379 aa  154  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.390246  normal  0.626931 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  31.55 
 
 		 362 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3902  inner-membrane translocator  33.14 
 
 		 383 aa  154  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4146  inner-membrane translocator  38.9 
 
 		 366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4621  putative ABC transporter (permease protein)  34.63 
 
 		 369 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986028 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>