More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1417 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  100 
 
 		 364 aa  723    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  77.75 
 
 		 361 aa  565  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  76.71 
 
 		 367 aa  553  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  76.9 
 
 		 361 aa  547  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  71.71 
 
 		 360 aa  497  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  71.43 
 
 		 358 aa  491  9.999999999999999e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  71.99 
 
 		 361 aa  493  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  73.58 
 
 		 367 aa  491  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  54.62 
 
 		 364 aa  361  1e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  53.12 
 
 		 363 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  52.34 
 
 		 363 aa  353  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  52.86 
 
 		 363 aa  349  5e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  47.69 
 
 		 355 aa  346  3e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  49.29 
 
 		 387 aa  325  6e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  46.57 
 
 		 366 aa  325  1e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  51.42 
 
 		 362 aa  323  3e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  46.29 
 
 		 366 aa  323  4e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  46 
 
 		 368 aa  323  4e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  48.55 
 
 		 369 aa  322  5e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  48.31 
 
 		 355 aa  314  1.9999999999999998e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2136  inner-membrane translocator  48.56 
 
 		 368 aa  313  2.9999999999999996e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334815  normal  0.348757 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  46.4 
 
 		 351 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2499  inner-membrane translocator  46.94 
 
 		 369 aa  312  6.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.958191  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  49.58 
 
 		 369 aa  311  7.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  50.42 
 
 		 364 aa  311  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1356  inner-membrane translocator  50.86 
 
 		 354 aa  311  1e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1133  inner-membrane translocator  48.7 
 
 		 359 aa  310  2e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458901 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2377  inner-membrane translocator  49.01 
 
 		 369 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  48.87 
 
 		 368 aa  309  4e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  50.88 
 
 		 350 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  50.42 
 
 		 363 aa  308  6.999999999999999e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  48.02 
 
 		 368 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2446  inner-membrane translocator  48.86 
 
 		 357 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1004  ABC transporter, inner membrane subunit  49.17 
 
 		 362 aa  306  3e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0796  inner-membrane translocator  45.74 
 
 		 364 aa  306  3e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511311  normal  0.608951 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  50.14 
 
 		 363 aa  306  3e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  45.48 
 
 		 365 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1037  inner-membrane translocator  47.13 
 
 		 360 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  47.44 
 
 		 360 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  47.44 
 
 		 360 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3902  inner-membrane translocator  46.11 
 
 		 383 aa  301  8.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1065  inner-membrane translocator  48.89 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1062  inner-membrane translocator  48.61 
 
 		 362 aa  299  4e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  47.59 
 
 		 369 aa  298  8e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  47.73 
 
 		 360 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  48.02 
 
 		 361 aa  297  2e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2146  inner-membrane translocator  49.44 
 
 		 362 aa  295  7e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.387266  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  45.58 
 
 		 365 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2991  inner-membrane translocator  46.57 
 
 		 366 aa  288  7e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183315 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3456  inner-membrane translocator  47.79 
 
 		 361 aa  286  4e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0696875 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  45.83 
 
 		 361 aa  285  1.0000000000000001e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1484  inner-membrane translocator  45.85 
 
 		 370 aa  283  2.0000000000000002e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0529848 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5004  inner-membrane translocator  47.69 
 
 		 357 aa  281  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  45.87 
 
 		 360 aa  277  2e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1764  inner-membrane translocator  45.3 
 
 		 356 aa  257  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.382109  normal  0.473467 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  42.65 
 
 		 373 aa  256  5e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  41.69 
 
 		 364 aa  255  9e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6463  inner-membrane translocator  42.21 
 
 		 366 aa  249  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.665184  normal  0.388851 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4467  inner-membrane translocator  42.21 
 
 		 366 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.187489 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  36.89 
 
 		 359 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  37.84 
 
 		 355 aa  210  3e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.16 
 
 		 355 aa  199  7e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  36.53 
 
 		 354 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 365 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  35.06 
 
 		 347 aa  195  9e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 349 aa  194  3e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  34.18 
 
 		 347 aa  192  6e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  37.29 
 
 		 349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0766  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 366 aa  187  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.286695  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 357 aa  186  8e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 352 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  35.06 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.92 
 
 		 360 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 349 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 371 aa  180  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  32.96 
 
 		 358 aa  179  9e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  36.19 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 352 aa  172  6.999999999999999e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  34.76 
 
 		 354 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 357 aa  172  7.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  34.34 
 
 		 371 aa  169  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 347 aa  168  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  33.05 
 
 		 349 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  29.97 
 
 		 349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  33.05 
 
 		 349 aa  167  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 344 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 362 aa  163  3e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  34.57 
 
 		 338 aa  162  7e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5418  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  34.7 
 
 		 348 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0748326  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  30.38 
 
 		 365 aa  159  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  32.14 
 
 		 344 aa  157  2e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  32.14 
 
 		 344 aa  157  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 442 aa  156  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4621  putative ABC transporter (permease protein)  32.93 
 
 		 369 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  28.53 
 
 		 365 aa  155  1e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 391 aa  154  2.9999999999999998e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1003  inner-membrane translocator  34.08 
 
 		 369 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  28.53 
 
 		 365 aa  153  4e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2078  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 350 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0200136 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>