More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5418 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5418  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  100 
 
 		 348 aa  674    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0748326  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2078  inner-membrane translocator  62.68 
 
 		 350 aa  378  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0200136 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1245  inner-membrane translocator  60.98 
 
 		 350 aa  363  2e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.138626 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3150  inner-membrane translocator  55.98 
 
 		 361 aa  360  3e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.35673 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 373 aa  230  4e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  37.6 
 
 		 364 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  31.9 
 
 		 359 aa  178  1e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.28 
 
 		 360 aa  177  3e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 364 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  36.92 
 
 		 352 aa  170  4e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  31.81 
 
 		 361 aa  165  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  34.57 
 
 		 358 aa  162  7e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  33.33 
 
 		 367 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 361 aa  159  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 357 aa  159  6e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  31.52 
 
 		 361 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  33.43 
 
 		 358 aa  159  8e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  33.81 
 
 		 360 aa  157  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  33.52 
 
 		 360 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  33.52 
 
 		 360 aa  157  4e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 367 aa  156  4e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 391 aa  155  8e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.08 
 
 		 355 aa  155  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  34.64 
 
 		 354 aa  152  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  34.36 
 
 		 365 aa  151  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 355 aa  150  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  31.81 
 
 		 362 aa  150  3e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  33.15 
 
 		 360 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  33.63 
 
 		 352 aa  149  5e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0527  inner-membrane translocator  38.67 
 
 		 378 aa  149  7e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  33.53 
 
 		 357 aa  149  8e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  33.33 
 
 		 365 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  36.06 
 
 		 364 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  40 
 
 		 354 aa  147  3e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  31.43 
 
 		 351 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  33.75 
 
 		 371 aa  143  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  32.39 
 
 		 369 aa  143  4e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 355 aa  143  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  32.76 
 
 		 363 aa  143  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  32.51 
 
 		 387 aa  142  9e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  32.33 
 
 		 344 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  30.62 
 
 		 360 aa  141  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  35.2 
 
 		 349 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 355 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3656  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 365 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.106074 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  30.59 
 
 		 361 aa  139  7e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  32.94 
 
 		 357 aa  139  7.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3628  inner-membrane translocator  33.46 
 
 		 343 aa  139  8.999999999999999e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4347  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 380 aa  139  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 366 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1154  inner-membrane translocator  31.42 
 
 		 367 aa  137  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.426445  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 363 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 371 aa  136  5e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  31.74 
 
 		 361 aa  136  5e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0766  inner-membrane translocator  31.53 
 
 		 366 aa  135  7.000000000000001e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.286695  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3902  inner-membrane translocator  33.05 
 
 		 383 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2377  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 369 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1133  inner-membrane translocator  33.72 
 
 		 359 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458901 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1580  inner-membrane translocator  31.44 
 
 		 372 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0212662  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  35.27 
 
 		 365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  33.05 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  32.13 
 
 		 350 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  32.42 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2446  inner-membrane translocator  34.58 
 
 		 357 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  33.14 
 
 		 368 aa  133  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  33.14 
 
 		 368 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4621  putative ABC transporter (permease protein)  32.62 
 
 		 369 aa  132  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0634  inner-membrane translocator  30.97 
 
 		 365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000284112 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0996  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 451 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2136  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 368 aa  130  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334815  normal  0.348757 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1299  ABC transporter inner-membrane translocator  31.67 
 
 		 377 aa  130  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2602  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 350 aa  129  6e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.815607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  33.12 
 
 		 349 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  37.1 
 
 		 365 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2499  inner-membrane translocator  29.65 
 
 		 369 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.958191  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  37.21 
 
 		 347 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  30.29 
 
 		 363 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  34.44 
 
 		 347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3585  ABC transporter inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 376 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1003  inner-membrane translocator  29.02 
 
 		 369 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 363 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  30.4 
 
 		 344 aa  126  6e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 364 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 349 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 363 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0637  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 377 aa  124  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0809  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 437 aa  124  3e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1077  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  27.98 
 
 		 362 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0796  inner-membrane translocator  28.1 
 
 		 364 aa  123  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511311  normal  0.608951 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  31.94 
 
 		 471 aa  123  6e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  31.25 
 
 		 369 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  33.54 
 
 		 349 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>