More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3902 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3902  inner-membrane translocator  100 
 
 		 383 aa  744    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  81.32 
 
 		 351 aa  570  1e-161  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1133  inner-membrane translocator  84.12 
 
 		 359 aa  568  1e-161  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2136  inner-membrane translocator  81.9 
 
 		 368 aa  549  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334815  normal  0.348757 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1484  inner-membrane translocator  82.02 
 
 		 370 aa  544  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0529848 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2446  inner-membrane translocator  83.33 
 
 		 357 aa  543  1e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1037  inner-membrane translocator  81.56 
 
 		 360 aa  538  9.999999999999999e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5004  inner-membrane translocator  77.59 
 
 		 357 aa  507  9.999999999999999e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3456  inner-membrane translocator  74.36 
 
 		 361 aa  478  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0696875 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  64.2 
 
 		 387 aa  427  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  59.15 
 
 		 369 aa  391  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0796  inner-membrane translocator  58.19 
 
 		 364 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511311  normal  0.608951 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2377  inner-membrane translocator  59.32 
 
 		 369 aa  391  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  59.04 
 
 		 369 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2499  inner-membrane translocator  56.74 
 
 		 369 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.958191  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  57.39 
 
 		 362 aa  381  1e-105  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1004  ABC transporter, inner membrane subunit  57.1 
 
 		 362 aa  365  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  52.85 
 
 		 369 aa  362  5.0000000000000005e-99  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  57.02 
 
 		 364 aa  361  1e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1062  inner-membrane translocator  55.11 
 
 		 362 aa  356  2.9999999999999997e-97  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1065  inner-membrane translocator  54.55 
 
 		 362 aa  354  2e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  51.25 
 
 		 368 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  50.55 
 
 		 368 aa  352  7e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  51.3 
 
 		 350 aa  344  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  50 
 
 		 368 aa  340  2e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1356  inner-membrane translocator  56.29 
 
 		 354 aa  338  7e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  49.14 
 
 		 366 aa  332  5e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  49.14 
 
 		 366 aa  332  9e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  50.28 
 
 		 363 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  48.04 
 
 		 363 aa  316  5e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  47.41 
 
 		 361 aa  315  8e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  46.84 
 
 		 361 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  50.86 
 
 		 365 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  44.38 
 
 		 355 aa  313  2.9999999999999996e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  45.94 
 
 		 364 aa  313  4.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  50.29 
 
 		 355 aa  312  6.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  46.07 
 
 		 363 aa  306  6e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  51.15 
 
 		 365 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  46.84 
 
 		 367 aa  303  4.0000000000000003e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  46.52 
 
 		 360 aa  300  3e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  46.52 
 
 		 358 aa  297  2e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  47.16 
 
 		 361 aa  294  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2991  inner-membrane translocator  47.53 
 
 		 366 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183315 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  48.14 
 
 		 367 aa  293  3e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6463  inner-membrane translocator  49.71 
 
 		 366 aa  293  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.665184  normal  0.388851 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  46.56 
 
 		 360 aa  286  5e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  46.56 
 
 		 360 aa  286  5e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4467  inner-membrane translocator  48.37 
 
 		 366 aa  280  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.187489 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  46.69 
 
 		 360 aa  279  7e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  45.15 
 
 		 361 aa  277  2e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  47.03 
 
 		 360 aa  276  6e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  45.2 
 
 		 361 aa  275  1.0000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  49.57 
 
 		 363 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  49 
 
 		 363 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1764  inner-membrane translocator  47.62 
 
 		 356 aa  272  7e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.382109  normal  0.473467 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  50.32 
 
 		 364 aa  272  9e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2146  inner-membrane translocator  48.06 
 
 		 362 aa  259  4e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.387266  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  38.9 
 
 		 373 aa  230  3e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.46 
 
 		 355 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 364 aa  199  7.999999999999999e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.94 
 
 		 360 aa  194  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  35.98 
 
 		 355 aa  193  6e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  37.92 
 
 		 358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 365 aa  183  6e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 354 aa  181  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  36.29 
 
 		 354 aa  181  2e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 357 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  33.05 
 
 		 347 aa  181  2.9999999999999997e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  39.3 
 
 		 365 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 347 aa  172  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  29.86 
 
 		 359 aa  172  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  35.9 
 
 		 352 aa  169  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  34.19 
 
 		 347 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 349 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  33.14 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  32.95 
 
 		 371 aa  159  8e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  37.64 
 
 		 357 aa  158  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1003  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 369 aa  157  4e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  33.05 
 
 		 347 aa  157  4e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  30.97 
 
 		 349 aa  157  4e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0766  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 366 aa  153  4e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.286695  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3100  inner-membrane translocator  81.72 
 
 		 114 aa  152  7e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.195902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  31.55 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 344 aa  149  6e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0996  inner-membrane translocator  35 
 
 		 451 aa  149  7e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0634  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 365 aa  149  7e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000284112 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  27.7 
 
 		 365 aa  149  9e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4234  inner-membrane translocator  32.95 
 
 		 397 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  26.87 
 
 		 365 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 344 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 344 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 371 aa  145  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  36.9 
 
 		 471 aa  145  1e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  31.18 
 
 		 352 aa  144  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  30.06 
 
 		 365 aa  144  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  32.29 
 
 		 347 aa  142  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4621  putative ABC transporter (permease protein)  34.12 
 
 		 369 aa  142  9e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4475  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 375 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.973671 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>