More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3577 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3577  inner-membrane translocator  100 
 
 		 360 aa  678    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2657  inner-membrane translocator  77.9 
 
 		 354 aa  442  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.142958  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  63.53 
 
 		 349 aa  358  9e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4428  inner-membrane translocator  71.31 
 
 		 359 aa  327  2.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.395958 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3991  inner-membrane translocator  67.89 
 
 		 363 aa  323  4e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.091087  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  54.29 
 
 		 347 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  50.86 
 
 		 347 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  51 
 
 		 347 aa  303  3.0000000000000004e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  51.7 
 
 		 349 aa  301  9e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  54 
 
 		 347 aa  300  4e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  51.14 
 
 		 349 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  51.43 
 
 		 349 aa  298  1e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  57.14 
 
 		 347 aa  296  4e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  52 
 
 		 349 aa  294  2e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  48.72 
 
 		 349 aa  286  2.9999999999999996e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5335  inner-membrane translocator  51.42 
 
 		 349 aa  260  3e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  39.03 
 
 		 373 aa  211  1e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0935  inner-membrane translocator  58.39 
 
 		 352 aa  195  9e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.562532  normal  0.401757 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 364 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  34.73 
 
 		 366 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 357 aa  187  2e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  34.45 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.7 
 
 		 355 aa  179  8e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 368 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  39.34 
 
 		 352 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  33.99 
 
 		 365 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  34.19 
 
 		 363 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 364 aa  170  5e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 363 aa  169  8e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 365 aa  169  9e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  34.55 
 
 		 360 aa  168  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  30.4 
 
 		 355 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 364 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  31.52 
 
 		 354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 363 aa  166  8e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 360 aa  165  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  32.6 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 361 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  32.77 
 
 		 355 aa  162  7e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 354 aa  162  9e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  33.04 
 
 		 357 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  32.5 
 
 		 360 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  32.97 
 
 		 361 aa  161  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 369 aa  160  3e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  31.86 
 
 		 368 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  34.65 
 
 		 365 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  33.05 
 
 		 360 aa  160  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2991  inner-membrane translocator  34.65 
 
 		 366 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183315 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 364 aa  159  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  31.86 
 
 		 368 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  31.82 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 361 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  33.24 
 
 		 363 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 361 aa  156  4e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  36.06 
 
 		 371 aa  156  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 350 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  33.72 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2146  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 362 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.387266  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 351 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  31.32 
 
 		 361 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  33.52 
 
 		 362 aa  153  5e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 371 aa  152  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1004  ABC transporter, inner membrane subunit  32.76 
 
 		 362 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  32.77 
 
 		 358 aa  151  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6463  inner-membrane translocator  33.52 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.665184  normal  0.388851 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1065  inner-membrane translocator  33.05 
 
 		 362 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.91 
 
 		 360 aa  149  6e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0008  ABC transporter, permease protein, putative  34.58 
 
 		 359 aa  149  8e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 365 aa  149  8e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2078  inner-membrane translocator  37.18 
 
 		 350 aa  149  8e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0200136 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5657  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  33.99 
 
 		 392 aa  149  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.348277  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1062  inner-membrane translocator  32.48 
 
 		 362 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4443  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 363 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  32.77 
 
 		 367 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1178  inner-membrane translocator  32.49 
 
 		 356 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  31.76 
 
 		 365 aa  147  3e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2070  inner-membrane translocator  34.44 
 
 		 348 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  32.69 
 
 		 369 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1077  inner-membrane translocator  31.99 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  32.21 
 
 		 365 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3628  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0766  inner-membrane translocator  30.06 
 
 		 366 aa  144  3e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.286695  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4467  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 366 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.187489 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 365 aa  144  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  29.63 
 
 		 387 aa  142  9e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  32.21 
 
 		 369 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4475  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 375 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.973671 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 355 aa  142  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2377  inner-membrane translocator  32.21 
 
 		 369 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 338 aa  140  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1245  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.138626 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4234  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 397 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 344 aa  140  3e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  29.44 
 
 		 359 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3656  inner-membrane translocator  33.14 
 
 		 365 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.106074 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  33.05 
 
 		 357 aa  140  4.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1148  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 354 aa  139  6e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1787  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 354 aa  139  6e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1764  inner-membrane translocator  34.72 
 
 		 356 aa  139  6e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.382109  normal  0.473467 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>