More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2657 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2657  inner-membrane translocator  100 
 
 		 354 aa  677    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.142958  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3577  inner-membrane translocator  77.9 
 
 		 360 aa  480  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  65.81 
 
 		 349 aa  372  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4428  inner-membrane translocator  76.32 
 
 		 359 aa  361  1e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.395958 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3991  inner-membrane translocator  71.71 
 
 		 363 aa  344  1e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.091087  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  53.56 
 
 		 347 aa  326  5e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  50.85 
 
 		 349 aa  317  2e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  54.24 
 
 		 347 aa  316  4e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  52.57 
 
 		 349 aa  315  9e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  51.43 
 
 		 347 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  52.71 
 
 		 349 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  52.42 
 
 		 349 aa  309  4e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  52.12 
 
 		 349 aa  306  3e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  54.52 
 
 		 347 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  57.91 
 
 		 347 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5335  inner-membrane translocator  51.85 
 
 		 349 aa  285  7e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  40.68 
 
 		 373 aa  230  3e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0935  inner-membrane translocator  59.81 
 
 		 352 aa  216  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.562532  normal  0.401757 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  35.91 
 
 		 364 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  37.9 
 
 		 357 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  35.67 
 
 		 360 aa  186  4e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 361 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  33.43 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  36.44 
 
 		 363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  34.93 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 363 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 360 aa  182  9.000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  35.8 
 
 		 354 aa  182  9.000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 366 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 364 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 352 aa  178  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 357 aa  177  2e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  35.11 
 
 		 358 aa  177  3e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.28 
 
 		 360 aa  177  4e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1004  ABC transporter, inner membrane subunit  33.71 
 
 		 362 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 355 aa  176  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 360 aa  175  9e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  36.33 
 
 		 367 aa  175  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  32.29 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  32.02 
 
 		 368 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  34.35 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.22 
 
 		 355 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  34.55 
 
 		 365 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1178  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 356 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1062  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 362 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1065  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 362 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  33.71 
 
 		 362 aa  169  8e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 364 aa  168  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 363 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  32.69 
 
 		 361 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 363 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  32.63 
 
 		 365 aa  166  5.9999999999999996e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  39.36 
 
 		 365 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  35 
 
 		 391 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  33.33 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2070  inner-membrane translocator  34.87 
 
 		 348 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 344 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 365 aa  163  5.0000000000000005e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 344 aa  162  6e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 361 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 367 aa  162  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  33.99 
 
 		 365 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  30.42 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 365 aa  161  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  29.64 
 
 		 387 aa  159  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2991  inner-membrane translocator  34.82 
 
 		 366 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183315 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0766  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 366 aa  159  8e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.286695  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 364 aa  159  8e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 371 aa  159  8e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 338 aa  159  9e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  31.2 
 
 		 361 aa  159  9e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  33.53 
 
 		 355 aa  158  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  31.36 
 
 		 363 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1077  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 360 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  36.61 
 
 		 371 aa  155  8e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  32.58 
 
 		 369 aa  155  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  32.68 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  33.05 
 
 		 369 aa  153  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3560  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 352 aa  153  5e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.317487  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 361 aa  152  8.999999999999999e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5657  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  35.05 
 
 		 392 aa  151  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.348277  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 362 aa  151  2e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4347  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 380 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  34 
 
 		 344 aa  150  3e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4621  putative ABC transporter (permease protein)  34.23 
 
 		 369 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  34 
 
 		 344 aa  150  3e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1764  inner-membrane translocator  35.28 
 
 		 356 aa  150  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.382109  normal  0.473467 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  31.34 
 
 		 355 aa  149  8e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 369 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2078  inner-membrane translocator  39.51 
 
 		 350 aa  149  8e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0200136 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4475  inner-membrane translocator  29.74 
 
 		 375 aa  149  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.973671 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1245  inner-membrane translocator  40.63 
 
 		 350 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.138626 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0008  ABC transporter, permease protein, putative  36.18 
 
 		 359 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 357 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2146  inner-membrane translocator  33.98 
 
 		 362 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.387266  normal  0.486606 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4443  inner-membrane translocator  34.42 
 
 		 363 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3656  inner-membrane translocator  33.53 
 
 		 365 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.106074 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1411  sugar ABC transporter, permease protein  32.2 
 
 		 352 aa  146  5e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.222594  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6463  inner-membrane translocator  32.03 
 
 		 366 aa  146  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.665184  normal  0.388851 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3888  sugar ABC transporter, permease protein  32.2 
 
 		 352 aa  145  9e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.253623  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>