84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3068 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3068  hypothetical protein  100 
 
 		 261 aa  527  1e-149  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.893095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2660  hypothetical protein  45.54 
 
 		 265 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.857145  normal  0.753629 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1000  hypothetical protein  45.54 
 
 		 265 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0225  hypothetical protein  43.19 
 
 		 265 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0437  hypothetical protein  40.38 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3897  hypothetical protein  36.55 
 
 		 269 aa  182  6e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.222076 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3082  hypothetical protein  40.91 
 
 		 269 aa  174  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0669434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  41.88 
 
 		 709 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  41.88 
 
 		 709 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6267  hypothetical protein  34.66 
 
 		 301 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.38552  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0982  hypothetical protein  37.5 
 
 		 277 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.809906  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6934  hypothetical protein  38.97 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0682  hypothetical protein  44.64 
 
 		 290 aa  104  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4349  hypothetical protein  35.46 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6967  hypothetical protein  35.51 
 
 		 279 aa  102  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3551  hypothetical protein  28.89 
 
 		 280 aa  101  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.957801  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4503  hypothetical protein  36.17 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.217777 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0787  hypothetical protein  36.17 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3407  thiol:disulfide interchange protein DsbD  34.29 
 
 		 703 aa  100  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.325788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2753  hypothetical protein  36.22 
 
 		 280 aa  97.1  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.152909  normal  0.694513 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0758  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  38.24 
 
 		 702 aa  96.3  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3200  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.45 
 
 		 685 aa  94  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.32 
 
 		 734 aa  93.6  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2595  hypothetical protein  33.82 
 
 		 287 aa  91.3  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3058  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  40.21 
 
 		 715 aa  91.3  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3686  putative suppressor for copper-sensitivity B  36.13 
 
 		 702 aa  90.9  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141878  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0479  hypothetical protein  36.65 
 
 		 266 aa  89  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.384164  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0484  ribosomal protein S7  36.02 
 
 		 266 aa  88.6  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5139  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.13 
 
 		 700 aa  87  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0593  hypothetical protein  36.88 
 
 		 266 aa  87  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  30.08 
 
 		 703 aa  85.9  6e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0752  hypothetical protein  35 
 
 		 267 aa  85.5  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.912911  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  29.32 
 
 		 703 aa  84.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1256  hypothetical protein  36.73 
 
 		 316 aa  84.7  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3005  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.33 
 
 		 683 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.123614  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2043  thiol-disulfide interchange protein-like protein  30.59 
 
 		 701 aa  82.8  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.476424  normal  0.478834 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.02 
 
 		 703 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.02 
 
 		 703 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.02 
 
 		 703 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3550  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  32.5 
 
 		 710 aa  82  0.000000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0114  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.02 
 
 		 703 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.453155  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3350  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.54 
 
 		 678 aa  79.7  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  38.38 
 
 		 628 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  38.38 
 
 		 628 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  38.38 
 
 		 628 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.08 
 
 		 709 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  38.38 
 
 		 628 aa  79  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  38.38 
 
 		 628 aa  79  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0531  hypothetical protein  35.58 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0717  hypothetical protein  29.31 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.365683 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.46 
 
 		 704 aa  77.8  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681901 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0660  hypothetical protein  31.09 
 
 		 287 aa  75.5  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.125463 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0618  hypothetical protein  31.67 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.922972 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0408  hypothetical protein  27.74 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1068  hypothetical protein  29.94 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1843  thiol-disulfide interchange protein DsbD precursor-like protein  31.43 
 
 		 713 aa  70.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  32.04 
 
 		 692 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  32.04 
 
 		 715 aa  69.3  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  31.75 
 
 		 748 aa  68.6  0.00000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  31.25 
 
 		 724 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  34.95 
 
 		 725 aa  67.4  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  34.26 
 
 		 726 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0242  hypothetical protein  28.57 
 
 		 169 aa  66.6  0.0000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  30.3 
 
 		 738 aa  66.2  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0846  hypothetical protein  30.65 
 
 		 171 aa  64.7  0.000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.244689  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4691  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.71 
 
 		 738 aa  63.5  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.937324 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.67 
 
 		 715 aa  63.9  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4075  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.77 
 
 		 686 aa  62.8  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2160  hypothetical protein  36 
 
 		 708 aa  62.4  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  26.9 
 
 		 724 aa  61.6  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.45 
 
 		 738 aa  62  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.72 
 
 		 738 aa  60.5  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2713  thiol:disulfide interchange protein  31.58 
 
 		 689 aa  56.6  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0730  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.81 
 
 		 717 aa  56.2  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.17 
 
 		 725 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0884  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  31.96 
 
 		 692 aa  54.3  0.000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25686  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.92 
 
 		 755 aa  53.1  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0587  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.95 
 
 		 798 aa  53.1  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  26.45 
 
 		 698 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0567  glucan 1,4-alpha-glucosidase  27.17 
 
 		 696 aa  52  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0442457  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  28.66 
 
 		 745 aa  52  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.39 
 
 		 686 aa  50.4  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.2 
 
 		 734 aa  49.7  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0542  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.7 
 
 		 686 aa  48.1  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>