109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3036 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3036  sulfonate ABC transporter, periplamic sulfonate-binding protein  100 
 
 
338 aa  679    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3594  NMT1/THI5-like domain-containing protein  54.71 
 
 
340 aa  358  6e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0408  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  55.88 
 
 
438 aa  347  1e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0469  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  55.59 
 
 
340 aa  345  8e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7504  ABC transporter substrate-binding protein  35.28 
 
 
333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.776958 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0490  NMT1/THI5 like domain protein  28.27 
 
 
355 aa  112  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0785  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.36 
 
 
333 aa  67  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.299641  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0798  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  27.12 
 
 
333 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0882  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.12 
 
 
333 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00238227  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4546  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.12 
 
 
333 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0574771  normal  0.650232 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0638  ABC transporter, substrate-binding protein  27.12 
 
 
333 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0644  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.12 
 
 
333 aa  65.1  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0805  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.12 
 
 
333 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5096200000000002e-46 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0694  ABC transporter substrate-binding protein  27.12 
 
 
333 aa  63.5  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0638  ABC transporter, substrate-binding protein  26.78 
 
 
333 aa  63.5  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0728  ABC transporter substrate-binding protein  27.12 
 
 
333 aa  63.5  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.245129  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0844  ABC transporter substrate-binding protein  26.3 
 
 
345 aa  62.8  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.317801 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0615  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.44 
 
 
333 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1814  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.17 
 
 
322 aa  57.4  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.641284  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0167  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  24.93 
 
 
385 aa  57.4  0.0000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0354  NMT1/THI5 like domain protein  22.19 
 
 
316 aa  57  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2789  NLPA lipoprotein  24.36 
 
 
360 aa  53.9  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  29.28 
 
 
343 aa  53.9  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0288  NMT1/THI5 like domain protein  24.89 
 
 
327 aa  53.5  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.133462  hitchhiker  0.0000957197 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  30.52 
 
 
349 aa  52.8  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2659  NMT1/THI5 like domain protein  24.68 
 
 
324 aa  52.8  0.000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000535056  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0833  ABC transporter, substrate binding protein  27.19 
 
 
335 aa  52.4  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  30.77 
 
 
349 aa  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1185  ABC transporter, substrate binding protein  26.34 
 
 
331 aa  51.6  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.987715  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.41 
 
 
338 aa  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  31.05 
 
 
345 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  28.36 
 
 
349 aa  51.6  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3293  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  29.21 
 
 
315 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3147  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.46 
 
 
344 aa  50.8  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2283  NLPA lipoprotein  27.5 
 
 
341 aa  51.2  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000054697  unclonable  0.00000000025197 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2597  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.11 
 
 
326 aa  50.8  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0591189  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1255  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.67 
 
 
326 aa  50.4  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.113577  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1647  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  24.68 
 
 
324 aa  49.7  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
347 aa  48.9  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0306  twin-arginine translocation pathway signal  29.07 
 
 
331 aa  48.9  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3667  hypothetical protein  24.7 
 
 
335 aa  49.3  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.175481  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.32 
 
 
345 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0451  NMT1/THI5 like domain protein  26.58 
 
 
349 aa  48.9  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  normal  0.0280986 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0466  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  27.53 
 
 
330 aa  48.9  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.53 
 
 
345 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  28.37 
 
 
328 aa  48.1  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5471  ABC transporter substrate binding protein (aliphatic sulfonate)  26.95 
 
 
321 aa  48.1  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5799  twin-arginine translocation pathway signal  29.93 
 
 
349 aa  47.8  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1926  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  26.67 
 
 
328 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0900124  normal  0.764974 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2564  putative ABC transporter, periplasmic subunit  31.51 
 
 
334 aa  47.8  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.365629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0266  NMT1/THI5 like domain protein  30.41 
 
 
334 aa  47.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.312265  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3936  NMT1/THI5 like domain protein  25.3 
 
 
336 aa  47  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.541401  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  34.34 
 
 
364 aa  46.6  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  34.34 
 
 
337 aa  46.2  0.0008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  34.34 
 
 
337 aa  46.2  0.0009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2224  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  29.06 
 
 
327 aa  46.2  0.0009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000000455762  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  34.34 
 
 
337 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4058  twin-arginine translocation pathway signal  28.88 
 
 
329 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 
347 aa  45.8  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2079  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.87 
 
 
342 aa  45.4  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  27.54 
 
 
371 aa  45.8  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  34.34 
 
 
337 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  34.34 
 
 
337 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  34.34 
 
 
337 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  34.34 
 
 
337 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3878  membrane lipoprotein lipid attachment site  22.9 
 
 
339 aa  45.4  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0212  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  20.56 
 
 
306 aa  45.4  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5608  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  21.11 
 
 
327 aa  45.8  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.88884 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0405  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  28.95 
 
 
331 aa  45.4  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0105  NMT1/THI5 like domain protein  26.82 
 
 
314 aa  45.8  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.318497  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1186  taurine ABC transporter, taurine-binding protein  27.75 
 
 
319 aa  45.4  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.217841  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 
340 aa  45.1  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2098  NMT1/THI5 like domain protein  39.73 
 
 
359 aa  45.1  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.23 
 
 
346 aa  45.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0815  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  25.86 
 
 
326 aa  44.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3083  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  22.18 
 
 
328 aa  44.7  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.261971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4434  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.15 
 
 
322 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5664  hypothetical protein  31.88 
 
 
372 aa  45.1  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1089  taurine ABC transporter, taurine-binding protein  27.75 
 
 
319 aa  45.4  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5871  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.15 
 
 
322 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.146779 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5419  NMT1/THI5 like domain protein  24.79 
 
 
345 aa  44.7  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1222  NMT1/THI5 like domain protein  23.33 
 
 
360 aa  44.7  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3932  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  24.15 
 
 
349 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0335865  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1606  NLPA lipoprotein  24.78 
 
 
297 aa  44.7  0.003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.712538  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0670  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  24.88 
 
 
328 aa  44.3  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0360642 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0667  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.71 
 
 
329 aa  44.3  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4165  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.15 
 
 
331 aa  44.3  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0994431  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3647  NMT1/THI5 like domain protein  23.83 
 
 
336 aa  44.3  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1920  NMT1/THI5 like domain protein  28.04 
 
 
344 aa  44.3  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2622  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  27.1 
 
 
341 aa  44.3  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000404129  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.72 
 
 
915 aa  43.9  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1444  NMT1/THI5-like protein  31.43 
 
 
318 aa  43.9  0.004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.477186 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30470  putative periplasmic aliphatic sulfonate-binding protein  28.5 
 
 
314 aa  43.5  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 
336 aa  43.5  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  27.45 
 
 
332 aa  43.5  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0878  hypothetical protein  28.92 
 
 
329 aa  43.5  0.006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0057402  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30510  ABC transporter periplasmic aliphatic sulfonate-binding protein  28.21 
 
 
320 aa  43.1  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.846388  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  28.31 
 
 
344 aa  43.1  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1529  putative substrate-binding component of ABC transporter  29.14 
 
 
348 aa  43.1  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1430  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.96 
 
 
314 aa  43.1  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>