223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4165 on replicon NC_009959
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009959  Dshi_4165  NMT1/THI5-like domain-containing protein  100 
 
 
331 aa  665    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0994431  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0306  twin-arginine translocation pathway signal  80.72 
 
 
331 aa  543  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4359  twin-arginine translocation pathway signal  77.68 
 
 
331 aa  486  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3667  hypothetical protein  73.48 
 
 
335 aa  455  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.175481  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5692  NMT1/THI5-like domain-containing protein  36.91 
 
 
360 aa  205  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2979  NMT1/THI5-like domain-containing protein  33.74 
 
 
323 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0027  twin-arginine translocation pathway signal  36.92 
 
 
365 aa  191  1e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1302  NMT1/THI5 like domain protein  38.54 
 
 
364 aa  182  6e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0447941  normal  0.757819 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  35.74 
 
 
357 aa  171  2e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3508  twin-arginine translocation pathway signal  32.21 
 
 
342 aa  149  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.276709  normal  0.0987839 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6283  NMT1/THI5 like domain protein  29.97 
 
 
381 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  32.4 
 
 
354 aa  137  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  27.3 
 
 
348 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3755  twin-arginine translocation pathway signal  30.77 
 
 
344 aa  126  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.698144  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.5 
 
 
915 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  29.27 
 
 
674 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  29.55 
 
 
330 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3812  NMT1/THI5 like domain protein  27.95 
 
 
365 aa  103  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.13 
 
 
1238 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.51 
 
 
1075 aa  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  28 
 
 
375 aa  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  29.69 
 
 
686 aa  95.9  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  27.1 
 
 
593 aa  95.5  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.31 
 
 
344 aa  94.7  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  28.17 
 
 
778 aa  94  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.81 
 
 
1004 aa  92.8  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.73 
 
 
1004 aa  92.4  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.88 
 
 
329 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  28.62 
 
 
334 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2049  NMT1/THI5 like domain protein  28.78 
 
 
334 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.07 
 
 
330 aa  88.2  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.83 
 
 
342 aa  87.4  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2599  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  28.03 
 
 
335 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0940  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  28.72 
 
 
335 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  23.94 
 
 
821 aa  84  0.000000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3120  twin-arginine translocation pathway signal  26.23 
 
 
340 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  25.76 
 
 
323 aa  82.4  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3043  NMT1/THI5 like domain protein  26.59 
 
 
323 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1374  NMT1/THI5 like domain protein  26.11 
 
 
329 aa  81.3  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.353892  normal  0.853253 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5201  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.78 
 
 
345 aa  80.5  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  23.55 
 
 
1065 aa  80.1  0.00000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2975  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.4 
 
 
336 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.459543  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0893  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.35 
 
 
346 aa  79.3  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  0.0747701 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3461  ABC transporter substrate binding protein (nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate)  24.51 
 
 
330 aa  79.3  0.00000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3549  ABC transporter substrate-binding protein  26.96 
 
 
339 aa  79  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6030  putative ABC transporter, substrate binding protein  23.83 
 
 
329 aa  78.2  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  22.14 
 
 
856 aa  77.4  0.0000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1173  NMT1/THI5 like domain protein  27.84 
 
 
335 aa  77.4  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0956705  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0179  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  32.9 
 
 
326 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1812  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  32.9 
 
 
326 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.661868  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3110  twin-arginine translocation pathway signal  28.57 
 
 
346 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.09 
 
 
328 aa  76.6  0.0000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.140791  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1678  NMT1/THI5 like domain protein  27.78 
 
 
338 aa  76.6  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00877169  normal  0.68258 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6053  NMT1/THI5 like domain protein  27.47 
 
 
323 aa  75.9  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.184042  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1941  NMT1/THI5 family protein  27.87 
 
 
337 aa  75.9  0.0000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000780337 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5403  hypothetical protein  26.41 
 
 
329 aa  75.9  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164568  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0343  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.24 
 
 
332 aa  75.5  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.010021  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  27.38 
 
 
721 aa  74.7  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4663  NMT1/THI5 like domain protein  28.29 
 
 
338 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.679325 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  25.75 
 
 
360 aa  74.7  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3655  NLPA lipoprotein  29.41 
 
 
311 aa  74.7  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.59768  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  28.35 
 
 
326 aa  74.7  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4758  NMT1/THI5 like domain protein  26.46 
 
 
328 aa  74.3  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.622953  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0038  NMT1/THI5 like domain protein  25.28 
 
 
336 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0371  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.19 
 
 
332 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  22.34 
 
 
794 aa  73.9  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0622  NMT1/THI5 like domain protein  24.21 
 
 
338 aa  73.2  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  26.07 
 
 
893 aa  73.2  0.000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3091  hypothetical protein  26.4 
 
 
362 aa  72.8  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.972235 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0615  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.07 
 
 
333 aa  72.4  0.000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2699  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.1 
 
 
335 aa  72  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.428468  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  26.52 
 
 
328 aa  72  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0909  NMT1/THI5 like domain protein  28.43 
 
 
311 aa  72.4  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0643839  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1717  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.5 
 
 
322 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2034  NMT1/THI5 like domain protein  25.93 
 
 
347 aa  71.6  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.599976  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1466  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  31.61 
 
 
326 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2036  NMT1/THI5 like domain protein  25.9 
 
 
322 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.415947  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0036  NlpA lipoprotein  31.68 
 
 
323 aa  70.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0363  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.7 
 
 
332 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0492  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  23.9 
 
 
332 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0447  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.9 
 
 
332 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4877  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.9 
 
 
332 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0494  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.9 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0368  ABC transporter substrate-binding protein  23.9 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0358  ABC transporter, substrate-binding protein  23.9 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0355  ABC transporter, substrate-binding protein  23.9 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0382  ABC transporter substrate-binding protein  23.9 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0425  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.9 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1162  NMT1/THI5 like domain protein  26.36 
 
 
344 aa  69.3  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.139454 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0638  ABC transporter, substrate-binding protein  24 
 
 
333 aa  69.3  0.00000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0798  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  23.64 
 
 
333 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1097  NMT1/THI5 like domain protein  25.1 
 
 
322 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0236053  normal  0.472572 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0882  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24 
 
 
333 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00238227  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4102  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.84 
 
 
336 aa  68.6  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000394257 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0638  ABC transporter, substrate-binding protein  23.64 
 
 
333 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0331  perplasmic binding protein of ABC transporter  25.93 
 
 
344 aa  68.6  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.18125  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0805  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.64 
 
 
333 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5096200000000002e-46 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4546  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.64 
 
 
333 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0574771  normal  0.650232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7482  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.67 
 
 
329 aa  68.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.061073  normal  0.0687655 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1262  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.33 
 
 
326 aa  68.2  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal  0.0156923 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>