224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1493 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 
328 aa  671    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.140791  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1374  NMT1/THI5 like domain protein  87.23 
 
 
329 aa  569  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.353892  normal  0.853253 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  75.61 
 
 
330 aa  518  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3461  ABC transporter substrate binding protein (nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate)  72.81 
 
 
330 aa  496  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0179  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  75.08 
 
 
326 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1812  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  75.08 
 
 
326 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.661868  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1466  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  75.4 
 
 
326 aa  490  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0343  NMT1/THI5-like domain-containing protein  75.39 
 
 
332 aa  488  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.010021  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6030  putative ABC transporter, substrate binding protein  70.21 
 
 
329 aa  485  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  72.26 
 
 
329 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2049  NMT1/THI5 like domain protein  72.61 
 
 
334 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  70.09 
 
 
326 aa  460  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  71.43 
 
 
334 aa  457  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2699  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  66.57 
 
 
335 aa  456  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.428468  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3456  hypothetical protein  63.22 
 
 
336 aa  426  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  64.6 
 
 
323 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3043  NMT1/THI5 like domain protein  63.41 
 
 
323 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0038  NMT1/THI5 like domain protein  62.88 
 
 
336 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4039  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  40.43 
 
 
343 aa  238  1e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24150  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  37.58 
 
 
382 aa  203  3e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.481096  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1437  NMT1/THI5 like domain protein  36.62 
 
 
378 aa  192  8e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.608485 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2098  NMT1/THI5 like domain protein  38.01 
 
 
359 aa  191  2e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2205  ABC transporter substrate-binding protein  37.58 
 
 
324 aa  186  5e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1528  ABC transporter substrate-binding protein  36.82 
 
 
357 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1882  NMT1/THI5 like domain-containing protein  37.03 
 
 
361 aa  179  4e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.4783 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2024  NMT1/THI5 like domain protein  36.62 
 
 
344 aa  170  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2573  NMT1/THI5 like domain protein  35 
 
 
385 aa  168  1e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.946083 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0856  hypothetical protein  34.42 
 
 
342 aa  143  5e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.028683  normal  0.870914 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1033  hypothetical protein  32.57 
 
 
342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.152767  normal  0.375545 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1583  NMT1/THI5 like domain protein  29.77 
 
 
338 aa  129  6e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.78687 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  30.74 
 
 
674 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.84 
 
 
1075 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  28.57 
 
 
375 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 
915 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  27.86 
 
 
778 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  26.8 
 
 
1065 aa  106  5e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.49 
 
 
1238 aa  106  5e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  31.46 
 
 
686 aa  105  9e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2979  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.05 
 
 
323 aa  101  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.15 
 
 
1004 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2101  NMT1/THI5 like domain protein  34.03 
 
 
327 aa  97.1  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.34 
 
 
1004 aa  95.9  9e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  27.04 
 
 
821 aa  94  3e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  26.4 
 
 
330 aa  91.3  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2117  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  29.82 
 
 
342 aa  89.7  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0280  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.99 
 
 
322 aa  89.4  8e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0925  NMT1/THI5 like domain protein  27.27 
 
 
311 aa  88.6  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0676609  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.48 
 
 
344 aa  87.8  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0694  ABC transporter substrate-binding protein  26.59 
 
 
333 aa  86.3  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0728  ABC transporter substrate-binding protein  26.59 
 
 
333 aa  86.3  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.245129  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  28.03 
 
 
348 aa  85.5  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0213  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.5 
 
 
322 aa  84.3  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3755  twin-arginine translocation pathway signal  26.27 
 
 
344 aa  84.7  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.698144  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  27.66 
 
 
354 aa  84.3  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2868  NMT1/THI5 like domain protein  26.71 
 
 
364 aa  84.7  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.51119  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  25.2 
 
 
593 aa  84.3  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0615  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.69 
 
 
333 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0785  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.05 
 
 
333 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.299641  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0204  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.5 
 
 
322 aa  84.3  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  27.6 
 
 
775 aa  83.6  0.000000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3213  ABC transporter, periplasmic binding component-related protein  28.51 
 
 
342 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.357764  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0882  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.49 
 
 
333 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00238227  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3667  hypothetical protein  25.3 
 
 
335 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.175481  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0798  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  26.19 
 
 
333 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0638  ABC transporter, substrate-binding protein  25.67 
 
 
333 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  26.64 
 
 
856 aa  82.4  0.000000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4546  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.19 
 
 
333 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0574771  normal  0.650232 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2040  NMT1/THI5 like domain protein  29.34 
 
 
328 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  0.44049 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0805  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.67 
 
 
333 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5096200000000002e-46 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0638  ABC transporter, substrate-binding protein  25.79 
 
 
333 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3812  NMT1/THI5 like domain protein  29.39 
 
 
365 aa  81.3  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0306  twin-arginine translocation pathway signal  25.76 
 
 
331 aa  81.6  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3204  membrane lipoprotein lipid attachment site  28.69 
 
 
336 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0443411  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0644  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.19 
 
 
333 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4165  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.31 
 
 
331 aa  80.5  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0994431  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3655  NLPA lipoprotein  26.36 
 
 
311 aa  80.1  0.00000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.59768  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4758  NMT1/THI5 like domain protein  28.15 
 
 
328 aa  80.1  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.622953  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1861  NMT1/THI5 like domain protein  26.15 
 
 
339 aa  79.3  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2591  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.03 
 
 
337 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329095 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  28.68 
 
 
360 aa  79  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2012  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.81 
 
 
343 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452501  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  27.16 
 
 
721 aa  77.4  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1721  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.51 
 
 
328 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.768998  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1265  ABC transporter periplasmic-binding protein  27.8 
 
 
314 aa  77.4  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147763 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3120  twin-arginine translocation pathway signal  27.17 
 
 
340 aa  77  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1678  NMT1/THI5 like domain protein  27.8 
 
 
338 aa  76.6  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00877169  normal  0.68258 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0619  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  26.23 
 
 
336 aa  76.6  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1934  NLPA lipoprotein  26.59 
 
 
329 aa  76.6  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0667  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.2 
 
 
329 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0670  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.2 
 
 
328 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0360642 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1222  NMT1/THI5 like domain protein  25.82 
 
 
360 aa  74.3  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  27 
 
 
794 aa  74.7  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2065  NMT1/THI5 like domain protein  26.34 
 
 
327 aa  75.1  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.411496  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0027  twin-arginine translocation pathway signal  25.58 
 
 
365 aa  73.9  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0436  NMT1/THI5 like protein  28.3 
 
 
316 aa  74.3  0.000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0451  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.3 
 
 
316 aa  74.3  0.000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3755  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.79 
 
 
335 aa  73.6  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  24.9 
 
 
328 aa  73.9  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1642  NMT1/THI5 like domain protein  25 
 
 
338 aa  73.9  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.377547  normal  0.604576 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.91 
 
 
342 aa  73.6  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>