More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5403 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5403  hypothetical protein  100 
 
 
329 aa  664    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164568  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2701  NMT1/THI5-like domain-containing protein  54.23 
 
 
331 aa  361  1e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4102  NMT1/THI5-like domain-containing protein  51.83 
 
 
336 aa  343  2.9999999999999997e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000394257 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1138  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.39 
 
 
345 aa  123  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.847412  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1093  twin-arginine translocation pathway signal  29.34 
 
 
346 aa  123  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3959  NMT1/THI5 like domain protein  32.18 
 
 
344 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0392  twin-arginine translocation pathway signal  27.84 
 
 
352 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00263227 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2129  hypothetical protein  29.25 
 
 
341 aa  113  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1097  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.67 
 
 
362 aa  111  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.93236 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1861  NMT1/THI5 like domain protein  29.8 
 
 
339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7652  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  26.33 
 
 
332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422947  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3755  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.51 
 
 
335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1486  NMT1/THI5 like domain protein  24.41 
 
 
355 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1395  NMT1/THI5 like domain-containing protein  30.29 
 
 
339 aa  107  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.311199 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0619  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  28.98 
 
 
336 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1084  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  26.38 
 
 
340 aa  104  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1136  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.89 
 
 
351 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  24.04 
 
 
328 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3110  twin-arginine translocation pathway signal  27.92 
 
 
346 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0955  hypothetical protein  25.8 
 
 
349 aa  99  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0622  NMT1/THI5 like domain protein  25 
 
 
338 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2975  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.37 
 
 
336 aa  97.1  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.459543  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3508  twin-arginine translocation pathway signal  27.27 
 
 
342 aa  96.3  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.276709  normal  0.0987839 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0925  NMT1/THI5 like domain protein  28.03 
 
 
311 aa  96.3  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0676609  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1941  NMT1/THI5 family protein  30.28 
 
 
337 aa  95.1  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000780337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3607  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.28 
 
 
351 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3878  membrane lipoprotein lipid attachment site  24.84 
 
 
339 aa  92.4  9e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4269  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.8 
 
 
341 aa  91.7  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.933987  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3737  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  25.68 
 
 
353 aa  92.4  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0457967  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6283  NMT1/THI5 like domain protein  27.6 
 
 
381 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0940  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  25.81 
 
 
335 aa  90.9  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3969  NMT1/THI5 like domain protein  28.69 
 
 
346 aa  90.9  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0791999  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2599  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  26.16 
 
 
335 aa  90.5  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0436  NMT1/THI5 like protein  27.72 
 
 
316 aa  90.1  4e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0451  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.72 
 
 
316 aa  90.1  4e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4359  twin-arginine translocation pathway signal  26.62 
 
 
331 aa  88.6  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2117  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  25.7 
 
 
342 aa  85.9  9e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2349  NMT1/THI5 like domain protein  25.71 
 
 
333 aa  85.5  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0799  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.04 
 
 
336 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3417  NMT1/THI5 like domain protein  29.27 
 
 
332 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0280  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.26 
 
 
322 aa  83.2  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  28.12 
 
 
375 aa  82.8  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3091  hypothetical protein  26.64 
 
 
362 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.972235 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3563  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.16 
 
 
322 aa  82  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.087558  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1642  NMT1/THI5 like domain protein  24.31 
 
 
338 aa  81.6  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.377547  normal  0.604576 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0909  NMT1/THI5 like domain protein  27.52 
 
 
311 aa  81.6  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0643839  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0615  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.77 
 
 
333 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0785  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.25 
 
 
333 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.299641  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3120  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 
340 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0204  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.89 
 
 
322 aa  79.7  0.00000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
915 aa  79.7  0.00000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3812  NMT1/THI5 like domain protein  25.67 
 
 
365 aa  79.7  0.00000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_004310  BR0213  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.89 
 
 
322 aa  79.7  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0798  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  25.87 
 
 
333 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0638  ABC transporter, substrate-binding protein  25.87 
 
 
333 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0882  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.87 
 
 
333 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00238227  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0805  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.87 
 
 
333 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5096200000000002e-46 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4546  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.87 
 
 
333 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0574771  normal  0.650232 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0638  ABC transporter, substrate-binding protein  25.87 
 
 
333 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4595  NMT1/THI5 like domain protein  23.34 
 
 
323 aa  78.2  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2680  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  26.78 
 
 
353 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4578  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.02 
 
 
335 aa  77.4  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3755  twin-arginine translocation pathway signal  24.1 
 
 
344 aa  77.8  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.698144  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3667  hypothetical protein  25.17 
 
 
335 aa  77  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.175481  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0036  NlpA lipoprotein  25 
 
 
323 aa  76.6  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0694  ABC transporter substrate-binding protein  25.48 
 
 
333 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0728  ABC transporter substrate-binding protein  25.48 
 
 
333 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.245129  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0893  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.71 
 
 
346 aa  75.9  0.0000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  0.0747701 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1642  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  26.12 
 
 
335 aa  75.5  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.456194  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3655  NLPA lipoprotein  25.48 
 
 
311 aa  75.1  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.59768  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  25.68 
 
 
357 aa  75.5  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0371  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.1 
 
 
332 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3125  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.26 
 
 
311 aa  75.5  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2065  NMT1/THI5 like domain protein  25.7 
 
 
327 aa  75.1  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.411496  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0644  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.1 
 
 
333 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0489  hypothetical protein  26.24 
 
 
315 aa  74.7  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.701098  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2330  NMT1/THI5 like domain-containing protein  28.19 
 
 
314 aa  74.3  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2868  NMT1/THI5 like domain protein  23.36 
 
 
364 aa  74.7  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.51119  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4165  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.35 
 
 
331 aa  73.9  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0994431  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.2 
 
 
342 aa  73.2  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.67 
 
 
344 aa  73.2  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0815  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  26.88 
 
 
326 aa  73.2  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3204  membrane lipoprotein lipid attachment site  25 
 
 
336 aa  72.8  0.000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0443411  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  31.48 
 
 
326 aa  72.8  0.000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1075  NMT1/THI5 like domain-containing protein  24.57 
 
 
325 aa  71.6  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.469481 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2052  NMT1/THI5 like domain protein  25.77 
 
 
340 aa  71.2  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.196348  normal  0.0508257 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3456  hypothetical protein  34.09 
 
 
336 aa  70.9  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  28.36 
 
 
323 aa  70.5  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0038  NMT1/THI5 like domain protein  36.21 
 
 
336 aa  70.1  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4758  NMT1/THI5 like domain protein  23.89 
 
 
328 aa  69.7  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.622953  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6030  putative ABC transporter, substrate binding protein  27.62 
 
 
329 aa  69.3  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0670  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  24.9 
 
 
328 aa  68.9  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0360642 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0392  NMT1/THI5 like domain protein  24.92 
 
 
351 aa  68.9  0.0000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0306  twin-arginine translocation pathway signal  26.21 
 
 
331 aa  68.6  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0706  putative secreted protein  24.66 
 
 
345 aa  68.9  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1579  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.59 
 
 
342 aa  67.8  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00570901  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  25.18 
 
 
360 aa  67.4  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1097  NMT1/THI5 like domain protein  23.82 
 
 
322 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0236053  normal  0.472572 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3748  ABC transporter, substrate binding protein  24.26 
 
 
339 aa  67  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1934  NLPA lipoprotein  24.39 
 
 
329 aa  66.6  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>