More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3110 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3110  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
346 aa  703    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3120  twin-arginine translocation pathway signal  61.18 
 
 
340 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0622  NMT1/THI5 like domain protein  32.17 
 
 
338 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0619  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  34.48 
 
 
336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1861  NMT1/THI5 like domain protein  33.2 
 
 
339 aa  147  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0392  twin-arginine translocation pathway signal  32.22 
 
 
352 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00263227 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1093  twin-arginine translocation pathway signal  29.74 
 
 
346 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1486  NMT1/THI5 like domain protein  28.81 
 
 
355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3607  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.53 
 
 
351 aa  119  7e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3755  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.97 
 
 
335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1395  NMT1/THI5 like domain-containing protein  33.74 
 
 
339 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.311199 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1097  NMT1/THI5-like domain-containing protein  32.13 
 
 
362 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.93236 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7652  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  28.04 
 
 
332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422947  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4578  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.98 
 
 
335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1138  NMT1/THI5-like domain-containing protein  30 
 
 
345 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.847412  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2129  hypothetical protein  28.53 
 
 
341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4269  NMT1/THI5-like domain-containing protein  30.04 
 
 
341 aa  107  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.933987  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  27.65 
 
 
360 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3959  NMT1/THI5 like domain protein  30.77 
 
 
344 aa  106  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3417  NMT1/THI5 like domain protein  27.22 
 
 
332 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  31.28 
 
 
357 aa  101  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 
915 aa  101  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  27.67 
 
 
328 aa  100  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3878  membrane lipoprotein lipid attachment site  28.29 
 
 
339 aa  100  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2975  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  30.08 
 
 
336 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.459543  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2599  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  30.36 
 
 
335 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5403  hypothetical protein  27.92 
 
 
329 aa  100  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164568  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  32.31 
 
 
354 aa  99.8  6e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0940  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  29.96 
 
 
335 aa  97.8  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.98 
 
 
342 aa  95.5  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0038  NMT1/THI5 like domain protein  28.83 
 
 
336 aa  94.4  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.84 
 
 
344 aa  93.6  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  28.21 
 
 
674 aa  92.8  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4102  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.4 
 
 
336 aa  92.8  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000394257 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0815  NMT1/THI5 like domain protein  28.11 
 
 
321 aa  91.3  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.645027 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  27.33 
 
 
348 aa  90.9  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2117  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  25.45 
 
 
342 aa  90.9  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2701  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.73 
 
 
331 aa  90.5  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5201  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.56 
 
 
345 aa  89.4  8e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3091  hypothetical protein  24.92 
 
 
362 aa  89.4  9e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.972235 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1941  NMT1/THI5 family protein  26.4 
 
 
337 aa  87.8  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000780337 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2979  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.26 
 
 
323 aa  86.7  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4256  NMT1/THI5 like domain protein  27.51 
 
 
351 aa  86.7  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0797632  normal  0.637243 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.59 
 
 
1238 aa  84  0.000000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  26.94 
 
 
775 aa  82.8  0.000000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0436  NMT1/THI5 like protein  26.13 
 
 
316 aa  82  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0451  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.13 
 
 
316 aa  82  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  27.95 
 
 
778 aa  82  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1642  NMT1/THI5 like domain protein  28 
 
 
338 aa  82  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.377547  normal  0.604576 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.11 
 
 
1075 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0027  twin-arginine translocation pathway signal  28.51 
 
 
365 aa  81.3  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0925  NMT1/THI5 like domain protein  26.99 
 
 
311 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0676609  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  30.54 
 
 
330 aa  80.5  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1075  NMT1/THI5 like domain-containing protein  24.91 
 
 
325 aa  80.5  0.00000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.469481 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2205  ABC transporter substrate-binding protein  24.83 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3667  hypothetical protein  25 
 
 
335 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.175481  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  24.09 
 
 
330 aa  79.7  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6283  NMT1/THI5 like domain protein  27.57 
 
 
381 aa  79.3  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0893  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.38 
 
 
346 aa  77.4  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  0.0747701 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  22.29 
 
 
856 aa  77  0.0000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  23.91 
 
 
375 aa  76.6  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0955  hypothetical protein  22.29 
 
 
349 aa  76.3  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3936  NMT1/THI5 like domain protein  29.44 
 
 
336 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.541401  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  23.83 
 
 
593 aa  75.9  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0036  NlpA lipoprotein  26.46 
 
 
323 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3508  twin-arginine translocation pathway signal  27.21 
 
 
342 aa  74.7  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.276709  normal  0.0987839 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0489  hypothetical protein  26 
 
 
315 aa  74.3  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.701098  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1466  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.65 
 
 
326 aa  73.9  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6053  NMT1/THI5 like domain protein  22.85 
 
 
323 aa  73.9  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.184042  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1579  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.69 
 
 
342 aa  73.6  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00570901  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2733  NMT1/THI5 like domain protein  26.35 
 
 
349 aa  73.6  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.546218  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3755  twin-arginine translocation pathway signal  24.83 
 
 
344 aa  73.2  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.698144  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0644  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.86 
 
 
333 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.77 
 
 
329 aa  72.8  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0798  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  23.23 
 
 
333 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0306  twin-arginine translocation pathway signal  25.98 
 
 
331 aa  72.4  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4546  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.53 
 
 
333 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0574771  normal  0.650232 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0882  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.53 
 
 
333 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00238227  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0638  ABC transporter, substrate-binding protein  23.53 
 
 
333 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0805  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.53 
 
 
333 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5096200000000002e-46 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2762  membrane lipoprotein lipid attachment site  26.86 
 
 
347 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3098  hypothetical protein  27.04 
 
 
364 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.616034 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2049  NMT1/THI5 like domain protein  26.06 
 
 
334 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4359  twin-arginine translocation pathway signal  27.41 
 
 
331 aa  71.6  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4165  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.96 
 
 
331 aa  70.9  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0994431  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0638  ABC transporter, substrate-binding protein  23.2 
 
 
333 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1444  NMT1/THI5-like protein  25.84 
 
 
318 aa  70.9  0.00000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.477186 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0694  ABC transporter substrate-binding protein  23.53 
 
 
333 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0667  NMT1/THI5-like domain-containing protein  22.47 
 
 
329 aa  70.5  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0785  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.53 
 
 
333 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.299641  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0728  ABC transporter substrate-binding protein  23.53 
 
 
333 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.245129  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2065  NMT1/THI5 like domain protein  22.04 
 
 
327 aa  70.5  0.00000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.411496  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1302  NMT1/THI5 like domain protein  28.44 
 
 
364 aa  70.5  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0447941  normal  0.757819 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  25.76 
 
 
334 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3461  ABC transporter substrate binding protein (nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate)  27.1 
 
 
330 aa  70.5  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6030  putative ABC transporter, substrate binding protein  28.39 
 
 
329 aa  70.1  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3204  membrane lipoprotein lipid attachment site  24.12 
 
 
336 aa  70.1  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0443411  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3655  NLPA lipoprotein  24.15 
 
 
311 aa  70.1  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.59768  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3647  NMT1/THI5 like domain protein  28.19 
 
 
336 aa  70.1  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0615  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.58 
 
 
333 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>