255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0622 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0622  NMT1/THI5 like domain protein  100 
 
 
338 aa  682    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3110  twin-arginine translocation pathway signal  32.22 
 
 
346 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3120  twin-arginine translocation pathway signal  29.46 
 
 
340 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2975  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  32.79 
 
 
336 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.459543  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2599  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  34.03 
 
 
335 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0940  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  34.03 
 
 
335 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4102  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.13 
 
 
336 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000394257 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3755  NMT1/THI5-like domain-containing protein  30.52 
 
 
335 aa  127  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0392  twin-arginine translocation pathway signal  31.46 
 
 
352 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00263227 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1395  NMT1/THI5 like domain-containing protein  29.93 
 
 
339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.311199 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2701  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.62 
 
 
331 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3607  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.56 
 
 
351 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0955  hypothetical protein  29.55 
 
 
349 aa  112  9e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1097  NMT1/THI5-like domain-containing protein  30.74 
 
 
362 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.93236 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1084  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  27.11 
 
 
340 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1941  NMT1/THI5 family protein  29.71 
 
 
337 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000780337 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  29.51 
 
 
357 aa  106  6e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1486  NMT1/THI5 like domain protein  28.77 
 
 
355 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1861  NMT1/THI5 like domain protein  25.4 
 
 
339 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0619  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  25.21 
 
 
336 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3878  membrane lipoprotein lipid attachment site  26.36 
 
 
339 aa  100  5e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4269  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.74 
 
 
341 aa  99.8  6e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.933987  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1093  twin-arginine translocation pathway signal  31.01 
 
 
346 aa  98.6  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5403  hypothetical protein  25 
 
 
329 aa  97.4  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164568  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1136  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.89 
 
 
351 aa  96.3  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3969  NMT1/THI5 like domain protein  26.11 
 
 
346 aa  95.9  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0791999  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0027  twin-arginine translocation pathway signal  28.49 
 
 
365 aa  94.4  3e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7652  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  25.17 
 
 
332 aa  93.6  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422947  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.09 
 
 
1075 aa  93.2  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.62 
 
 
344 aa  92  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3737  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  26.81 
 
 
353 aa  92  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0457967  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2117  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  30.8 
 
 
342 aa  90.5  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.63 
 
 
1238 aa  89.4  9e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.46 
 
 
915 aa  89  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5692  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.39 
 
 
360 aa  88.2  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0638  ABC transporter, substrate-binding protein  28.86 
 
 
333 aa  87.8  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2129  hypothetical protein  30.85 
 
 
341 aa  87.8  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3755  twin-arginine translocation pathway signal  24.75 
 
 
344 aa  87  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.698144  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0392  NMT1/THI5 like domain protein  28.74 
 
 
351 aa  86.7  5e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0615  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.84 
 
 
333 aa  86.7  6e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1138  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.34 
 
 
345 aa  86.7  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.847412  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0638  ABC transporter, substrate-binding protein  28.52 
 
 
333 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0805  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.52 
 
 
333 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5096200000000002e-46 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0882  putative ABC transporter, substrate-binding protein  29.19 
 
 
333 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00238227  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4546  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.19 
 
 
333 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0574771  normal  0.650232 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0798  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  28.19 
 
 
333 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0644  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.19 
 
 
333 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4595  NMT1/THI5 like domain protein  26.05 
 
 
323 aa  85.9  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13660  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  29.41 
 
 
349 aa  85.1  0.000000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  27.08 
 
 
360 aa  84.3  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0694  ABC transporter substrate-binding protein  28.19 
 
 
333 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  27.69 
 
 
674 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0728  ABC transporter substrate-binding protein  28.19 
 
 
333 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.245129  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6283  NMT1/THI5 like domain protein  26.71 
 
 
381 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0785  putative ABC transporter, substrate-binding protein  29.59 
 
 
333 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.299641  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3959  NMT1/THI5 like domain protein  26.92 
 
 
344 aa  83.2  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  26.06 
 
 
328 aa  82.8  0.000000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2733  NMT1/THI5 like domain protein  27.36 
 
 
349 aa  82.4  0.000000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.546218  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  23.48 
 
 
375 aa  82  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1579  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.79 
 
 
342 aa  82.4  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00570901  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  25.07 
 
 
856 aa  81.6  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3508  twin-arginine translocation pathway signal  24.26 
 
 
342 aa  80.1  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.276709  normal  0.0987839 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0893  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.72 
 
 
346 aa  79  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  0.0747701 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  23.96 
 
 
1065 aa  77.8  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  28.63 
 
 
686 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  27.54 
 
 
593 aa  77  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.51 
 
 
342 aa  75.9  0.0000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2868  NMT1/THI5 like domain protein  26.52 
 
 
364 aa  75.9  0.0000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.51119  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3667  hypothetical protein  27.03 
 
 
335 aa  75.5  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.175481  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0451  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.78 
 
 
316 aa  74.7  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0436  NMT1/THI5 like protein  24.78 
 
 
316 aa  74.7  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2101  NMT1/THI5 like domain protein  26.98 
 
 
327 aa  74.3  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  25.27 
 
 
330 aa  73.9  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0260  perplasmic binding protein of ABC transporter  25.59 
 
 
373 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  23.36 
 
 
794 aa  74.3  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0570  perplasmic binding protein of ABC transporter  25.75 
 
 
374 aa  73.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.288854  normal  0.233067 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1302  NMT1/THI5 like domain protein  28.57 
 
 
364 aa  73.6  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0447941  normal  0.757819 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4165  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.21 
 
 
331 aa  73.2  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0994431  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  26.41 
 
 
778 aa  72.8  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  24.73 
 
 
721 aa  72.8  0.000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3812  NMT1/THI5 like domain protein  27.47 
 
 
365 aa  72.8  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1717  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.69 
 
 
322 aa  72.8  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2098  NMT1/THI5 like domain protein  25 
 
 
359 aa  72.4  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4359  twin-arginine translocation pathway signal  24.4 
 
 
331 aa  72.4  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2680  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  26.37 
 
 
353 aa  72  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2036  NMT1/THI5 like domain protein  25.69 
 
 
322 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.415947  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0471  NMT1/THI5 like domain protein  23.95 
 
 
380 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.886983  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2205  ABC transporter substrate-binding protein  22.01 
 
 
324 aa  70.9  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0121  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  25.76 
 
 
356 aa  70.1  0.00000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  26.86 
 
 
354 aa  70.1  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0706  putative secreted protein  24.83 
 
 
345 aa  70.1  0.00000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1097  NMT1/THI5 like domain protein  24.56 
 
 
322 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0236053  normal  0.472572 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1089  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.65 
 
 
352 aa  69.3  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4758  NMT1/THI5 like domain protein  23.79 
 
 
328 aa  69.3  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.622953  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1444  NMT1/THI5-like protein  24.14 
 
 
318 aa  67.4  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.477186 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2699  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.23 
 
 
335 aa  67.4  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.428468  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0655  NMT1/THI5-like protein  25 
 
 
350 aa  67.8  0.0000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4256  NMT1/THI5 like domain protein  24.11 
 
 
351 aa  66.6  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0797632  normal  0.637243 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2012  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.76 
 
 
343 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452501  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3204  membrane lipoprotein lipid attachment site  27.04 
 
 
336 aa  66.6  0.0000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0443411  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>