236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4359 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4359  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 331 aa  665    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4165  NMT1/THI5-like domain-containing protein  77.23 
 
 		 331 aa  503  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0994431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0306  twin-arginine translocation pathway signal  72.62 
 
 		 331 aa  478  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3667  hypothetical protein  73.86 
 
 		 335 aa  441  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.175481  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5692  NMT1/THI5-like domain-containing protein  36.15 
 
 		 360 aa  201  9.999999999999999e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1302  NMT1/THI5 like domain protein  37.87 
 
 		 364 aa  182  6e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0447941  normal  0.757819 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0027  twin-arginine translocation pathway signal  34.97 
 
 		 365 aa  182  1e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2979  NMT1/THI5-like domain-containing protein  32.21 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  35.56 
 
 		 357 aa  166  4e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3508  twin-arginine translocation pathway signal  30.56 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.276709  normal  0.0987839 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  31.85 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  29.15 
 
 		 348 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6283  NMT1/THI5 like domain protein  29.62 
 
 		 381 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.43 
 
 		 915 aa  124  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3755  twin-arginine translocation pathway signal  31.44 
 
 		 344 aa  121  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.698144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  29.55 
 
 		 330 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3812  NMT1/THI5 like domain protein  29.43 
 
 		 365 aa  108  9.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.57 
 
 		 1238 aa  108  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  28.14 
 
 		 593 aa  106  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.76 
 
 		 344 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  26.34 
 
 		 674 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  26.78 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.09 
 
 		 1075 aa  99  9e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.21 
 
 		 1004 aa  95.1  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.21 
 
 		 1004 aa  94.7  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0371  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.51 
 
 		 332 aa  93.6  4e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0492  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  25.29 
 
 		 332 aa  93.2  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4877  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.29 
 
 		 332 aa  92.8  8e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0368  ABC transporter substrate-binding protein  25.29 
 
 		 332 aa  92.4  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0358  ABC transporter, substrate-binding protein  25.29 
 
 		 332 aa  92.4  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0355  ABC transporter, substrate-binding protein  25.29 
 
 		 332 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0494  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.29 
 
 		 332 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0382  ABC transporter substrate-binding protein  25.29 
 
 		 332 aa  92.4  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  28.07 
 
 		 778 aa  92  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0425  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.29 
 
 		 332 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0447  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.9 
 
 		 332 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.81 
 
 		 329 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5403  hypothetical protein  26.62 
 
 		 329 aa  90.9  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164568  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.67 
 
 		 342 aa  89  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  24.57 
 
 		 821 aa  89  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 686 aa  87.8  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0363  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.14 
 
 		 332 aa  87.8  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  29.1 
 
 		 334 aa  87  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  26.41 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.4 
 
 		 330 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0893  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.54 
 
 		 346 aa  84  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  0.0747701 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2049  NMT1/THI5 like domain protein  28.22 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2034  NMT1/THI5 like domain protein  27.64 
 
 		 347 aa  83.2  0.000000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.599976  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5201  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.52 
 
 		 345 aa  83.2  0.000000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3043  NMT1/THI5 like domain protein  25.88 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  21.12 
 
 		 856 aa  82.4  0.000000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1173  NMT1/THI5 like domain protein  28.1 
 
 		 335 aa  82  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0956705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1717  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.12 
 
 		 322 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3120  twin-arginine translocation pathway signal  25.86 
 
 		 340 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0878  NMT1/THI5 like domain protein  26.06 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000508636  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1374  NMT1/THI5 like domain protein  25.93 
 
 		 329 aa  80.9  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.353892  normal  0.853253 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2036  NMT1/THI5 like domain protein  26.49 
 
 		 322 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.415947  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  28.29 
 
 		 328 aa  80.1  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3549  ABC transporter substrate-binding protein  24.22 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  23.83 
 
 		 360 aa  79.7  0.00000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1162  NMT1/THI5 like domain protein  26.42 
 
 		 344 aa  79.3  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.139454 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3110  twin-arginine translocation pathway signal  27.41 
 
 		 346 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  26.41 
 
 		 721 aa  77.8  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0622  NMT1/THI5 like domain protein  24.4 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1097  NMT1/THI5 like domain protein  25.76 
 
 		 322 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0236053  normal  0.472572 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1152  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.64 
 
 		 340 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0038  NMT1/THI5 like domain protein  26.77 
 
 		 336 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3417  NMT1/THI5 like domain protein  26.77 
 
 		 332 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0615  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.68 
 
 		 333 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3091  hypothetical protein  26.77 
 
 		 362 aa  77  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.972235 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1678  NMT1/THI5 like domain protein  24.23 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00877169  normal  0.68258 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7630  hypothetical protein  28.43 
 
 		 363 aa  77  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.958132  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4663  NMT1/THI5 like domain protein  24.41 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.679325 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 893 aa  76.6  0.0000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6053  NMT1/THI5 like domain protein  27.07 
 
 		 323 aa  75.9  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.184042  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0798  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  23.05 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  26.4 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4546  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.31 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0574771  normal  0.650232 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0343  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.17 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.010021  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0882  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.39 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00238227  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0638  ABC transporter, substrate-binding protein  23.31 
 
 		 333 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0805  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.31 
 
 		 333 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5096200000000002e-46 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0644  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.39 
 
 		 333 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  21.84 
 
 		 794 aa  73.9  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6030  putative ABC transporter, substrate binding protein  25.47 
 
 		 329 aa  73.9  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0638  ABC transporter, substrate-binding protein  23.31 
 
 		 333 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1262  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.32 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal  0.0156923 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0785  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.31 
 
 		 333 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.299641  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1941  NMT1/THI5 family protein  28.97 
 
 		 337 aa  73.6  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000780337 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3655  NLPA lipoprotein  26.27 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.59768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2975  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.2 
 
 		 336 aa  73.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.459543  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0694  ABC transporter substrate-binding protein  23.31 
 
 		 333 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0331  perplasmic binding protein of ABC transporter  25.17 
 
 		 344 aa  73.2  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.18125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0728  ABC transporter substrate-binding protein  23.31 
 
 		 333 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.245129  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2701  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.55 
 
 		 331 aa  73.2  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3461  ABC transporter substrate binding protein (nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate)  24.07 
 
 		 330 aa  72.8  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2065  NMT1/THI5 like domain protein  23.57 
 
 		 327 aa  72  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.411496  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4758  NMT1/THI5 like domain protein  25 
 
 		 328 aa  72.4  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.622953  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1089  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.81 
 
 		 352 aa  71.6  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4102  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.13 
 
 		 336 aa  71.2  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000394257 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>