226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1173 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1173  NMT1/THI5 like domain protein  100 
 
 
335 aa  673    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0956705  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0799  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.66 
 
 
336 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0893  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.19 
 
 
346 aa  109  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  0.0747701 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.48 
 
 
915 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.18 
 
 
344 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2034  NMT1/THI5 like domain protein  27.92 
 
 
347 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.599976  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.15 
 
 
342 aa  103  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  28.72 
 
 
330 aa  102  9e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1717  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.55 
 
 
322 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  26.03 
 
 
893 aa  99  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1097  NMT1/THI5 like domain protein  27.21 
 
 
322 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0236053  normal  0.472572 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0306  twin-arginine translocation pathway signal  27.24 
 
 
331 aa  96.7  5e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0834  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.93 
 
 
336 aa  96.3  7e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.576945  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3563  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.04 
 
 
322 aa  95.9  8e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.087558  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  30.27 
 
 
357 aa  95.5  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  25.24 
 
 
775 aa  94.7  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  24.42 
 
 
674 aa  93.2  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2036  NMT1/THI5 like domain protein  29.06 
 
 
322 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.415947  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3687  ABC transporter substrate-binding protein  28.4 
 
 
351 aa  91.3  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3667  hypothetical protein  28.2 
 
 
335 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.175481  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.76 
 
 
1075 aa  90.1  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3213  ABC transporter, periplasmic binding component-related protein  27.74 
 
 
342 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.357764  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5201  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.04 
 
 
345 aa  89.4  7e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2979  NMT1/THI5-like domain-containing protein  32.14 
 
 
323 aa  89  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.44 
 
 
1004 aa  89.4  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1861  NMT1/THI5 like domain protein  28.63 
 
 
339 aa  88.6  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0570  perplasmic binding protein of ABC transporter  25.95 
 
 
374 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.288854  normal  0.233067 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  28 
 
 
375 aa  88.6  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.26 
 
 
1238 aa  88.2  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2591  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.9 
 
 
337 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329095 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  26.74 
 
 
686 aa  87.4  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4359  twin-arginine translocation pathway signal  28.1 
 
 
331 aa  86.7  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  26.47 
 
 
778 aa  85.9  9e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3117  NMT1/THI5 like domain protein  27.31 
 
 
331 aa  85.1  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.3456  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  25.35 
 
 
721 aa  85.5  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4758  NMT1/THI5 like domain protein  27.35 
 
 
328 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.622953  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.76 
 
 
1004 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  21.4 
 
 
821 aa  84  0.000000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0471  NMT1/THI5 like domain protein  25.69 
 
 
380 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.886983  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0706  putative secreted protein  25.69 
 
 
345 aa  84  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1262  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.08 
 
 
326 aa  83.6  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal  0.0156923 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4165  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.27 
 
 
331 aa  84  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0994431  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  20.2 
 
 
794 aa  83.6  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1162  NMT1/THI5 like domain protein  27.21 
 
 
344 aa  83.6  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.139454 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0027  twin-arginine translocation pathway signal  28.46 
 
 
365 aa  83.6  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3143  perplasmic binding protein of ABC transporter  26.47 
 
 
351 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.786011  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7482  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.64 
 
 
329 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.061073  normal  0.0687655 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0260  perplasmic binding protein of ABC transporter  24.13 
 
 
373 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0619  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  26.54 
 
 
336 aa  81.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  23.5 
 
 
354 aa  81.3  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2762  membrane lipoprotein lipid attachment site  27.97 
 
 
347 aa  81.6  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3874  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.2 
 
 
336 aa  80.1  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.196748  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1437  NMT1/THI5 like domain protein  28.52 
 
 
378 aa  79.7  0.00000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.608485 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1089  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.09 
 
 
352 aa  79.7  0.00000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3549  ABC transporter substrate-binding protein  24.03 
 
 
339 aa  79.3  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2012  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.08 
 
 
343 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452501  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0646  ABC transporter, substrate-binding protein  31.56 
 
 
311 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.714673  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1579  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.78 
 
 
342 aa  77.8  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00570901  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2299  ABC transporter, substrate-binding protein  31.56 
 
 
311 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0813032 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5136  NMT1/THI5 like domain protein  25.1 
 
 
342 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3959  NMT1/THI5 like domain protein  27.8 
 
 
344 aa  78.2  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1302  NMT1/THI5 like domain protein  28.9 
 
 
364 aa  78.2  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0447941  normal  0.757819 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1678  NMT1/THI5 like domain protein  26.2 
 
 
338 aa  77.4  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00877169  normal  0.68258 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0670  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  25.97 
 
 
328 aa  77.4  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0360642 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  22.6 
 
 
593 aa  76.3  0.0000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  24.36 
 
 
348 aa  76.3  0.0000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1093  NMT1/THI5 like domain protein  26.09 
 
 
328 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000718314  normal  0.110975 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2573  NMT1/THI5 like domain protein  29.37 
 
 
385 aa  75.1  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.946083 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3508  twin-arginine translocation pathway signal  26.85 
 
 
342 aa  75.5  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.276709  normal  0.0987839 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0667  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.4 
 
 
329 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1384  permease protein of ABC transporter  27.17 
 
 
333 aa  75.1  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.178302  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  20.94 
 
 
856 aa  74.7  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1583  NMT1/THI5 like domain protein  26.28 
 
 
338 aa  74.3  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.78687 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0955  hypothetical protein  27.48 
 
 
349 aa  73.9  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2868  NMT1/THI5 like domain protein  24.57 
 
 
364 aa  73.9  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.51119  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2052  NMT1/THI5 like domain protein  28.93 
 
 
340 aa  73.6  0.000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.196348  normal  0.0508257 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0425  perplasmic binding protein of ABC transporter  25.83 
 
 
341 aa  73.2  0.000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2049  NMT1/THI5 like domain protein  27.85 
 
 
334 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2024  NMT1/THI5 like domain protein  23.97 
 
 
344 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3456  hypothetical protein  37.69 
 
 
336 aa  72.8  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2388  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.1 
 
 
348 aa  72.4  0.000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.6 
 
 
329 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4663  NMT1/THI5 like domain protein  24.18 
 
 
338 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.679325 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2733  NMT1/THI5 like domain protein  27.61 
 
 
349 aa  72  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.546218  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2701  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.02 
 
 
331 aa  72.4  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  29.15 
 
 
334 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  19.93 
 
 
1065 aa  71.2  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0570  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.24 
 
 
339 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262601  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5692  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.18 
 
 
360 aa  70.9  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0622  NMT1/THI5 like domain protein  24.07 
 
 
338 aa  70.9  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3091  hypothetical protein  24.93 
 
 
362 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.972235 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2297  NMT1/THI5 like domain protein  26.6 
 
 
312 aa  69.7  0.00000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1471  permease protein of ABC transporter  25.75 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2129  hypothetical protein  26.62 
 
 
341 aa  69.7  0.00000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2040  NMT1/THI5 like domain protein  25.08 
 
 
328 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  0.44049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1138  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.79 
 
 
345 aa  68.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.847412  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24150  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  26.15 
 
 
382 aa  68.9  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.481096  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  26.37 
 
 
328 aa  68.2  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1265  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.21 
 
 
314 aa  68.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147763 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0586  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  32.82 
 
 
309 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.891954  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>