238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0392 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0392  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
352 aa  718    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00263227 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1097  NMT1/THI5-like domain-containing protein  70.67 
 
 
362 aa  481  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.93236 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3959  NMT1/THI5 like domain protein  73.07 
 
 
344 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1093  twin-arginine translocation pathway signal  68.22 
 
 
346 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1138  NMT1/THI5-like domain-containing protein  67.41 
 
 
345 aa  439  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.847412  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2129  hypothetical protein  64.58 
 
 
341 aa  434  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1395  NMT1/THI5 like domain-containing protein  50.63 
 
 
339 aa  294  2e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.311199 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3755  NMT1/THI5-like domain-containing protein  44.69 
 
 
335 aa  252  5.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2599  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  44.04 
 
 
335 aa  239  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0940  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  42.94 
 
 
335 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2975  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  43.23 
 
 
336 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.459543  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3969  NMT1/THI5 like domain protein  39.17 
 
 
346 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0791999  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1136  NMT1/THI5-like domain-containing protein  36.98 
 
 
351 aa  205  9e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1941  NMT1/THI5 family protein  39.17 
 
 
337 aa  202  6e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000780337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3607  NMT1/THI5-like domain-containing protein  35.62 
 
 
351 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1084  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  34.91 
 
 
340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3737  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  30.95 
 
 
353 aa  170  3e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0457967  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2680  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  30.84 
 
 
353 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0955  hypothetical protein  30.21 
 
 
349 aa  156  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2701  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.93 
 
 
331 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3110  twin-arginine translocation pathway signal  32.22 
 
 
346 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3120  twin-arginine translocation pathway signal  29.02 
 
 
340 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0622  NMT1/THI5 like domain protein  31.07 
 
 
338 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5403  hypothetical protein  27.84 
 
 
329 aa  120  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164568  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4102  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.55 
 
 
336 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000394257 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1486  NMT1/THI5 like domain protein  26.43 
 
 
355 aa  110  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4269  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.87 
 
 
341 aa  107  4e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.933987  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3878  membrane lipoprotein lipid attachment site  28.01 
 
 
339 aa  102  9e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.46 
 
 
344 aa  102  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4595  NMT1/THI5 like domain protein  26.81 
 
 
323 aa  101  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7652  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  24.68 
 
 
332 aa  97.4  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422947  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1861  NMT1/THI5 like domain protein  24.63 
 
 
339 aa  96.3  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  28.39 
 
 
674 aa  93.6  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0619  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  25.91 
 
 
336 aa  93.6  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2349  NMT1/THI5 like domain protein  25.31 
 
 
333 aa  92.8  9e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.21 
 
 
1238 aa  91.7  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.28 
 
 
342 aa  91.3  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  24.35 
 
 
778 aa  87  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5201  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.33 
 
 
345 aa  86.3  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.36 
 
 
915 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.2 
 
 
1075 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  24.91 
 
 
686 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  22.75 
 
 
775 aa  82  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  23.02 
 
 
375 aa  76.6  0.0000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2388  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.21 
 
 
348 aa  75.9  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  26.59 
 
 
328 aa  75.1  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  24.79 
 
 
593 aa  72  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2762  membrane lipoprotein lipid attachment site  29.95 
 
 
347 aa  72  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  25.37 
 
 
357 aa  71.6  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  25.09 
 
 
856 aa  70.9  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0815  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  26.37 
 
 
326 aa  70.9  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1579  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.62 
 
 
342 aa  70.9  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00570901  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4526  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.26 
 
 
336 aa  70.5  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.600337  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0038  NMT1/THI5 like domain protein  25.48 
 
 
336 aa  70.1  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  26.02 
 
 
323 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3461  ABC transporter substrate binding protein (nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate)  24.74 
 
 
330 aa  68.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1583  NMT1/THI5 like domain protein  24.8 
 
 
338 aa  68.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.78687 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6283  NMT1/THI5 like domain protein  25.28 
 
 
381 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3667  hypothetical protein  24.41 
 
 
335 aa  67.8  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.175481  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3117  NMT1/THI5 like domain protein  24.18 
 
 
331 aa  67  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.3456  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  24.23 
 
 
354 aa  66.6  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  26.01 
 
 
348 aa  66.6  0.0000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1075  NMT1/THI5 like domain-containing protein  26.19 
 
 
325 aa  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.469481 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0878  NMT1/THI5 like domain protein  24.26 
 
 
339 aa  65.5  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000508636  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2979  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.06 
 
 
323 aa  64.7  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  24.9 
 
 
330 aa  65.1  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.32 
 
 
330 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6053  NMT1/THI5 like domain protein  23.14 
 
 
323 aa  64.7  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.184042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.59 
 
 
1004 aa  63.5  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3812  NMT1/THI5 like domain protein  28.11 
 
 
365 aa  63.5  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2573  NMT1/THI5 like domain protein  22.91 
 
 
385 aa  63.5  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.946083 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4513  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.3 
 
 
335 aa  63.2  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0893  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.17 
 
 
346 aa  63.2  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  0.0747701 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0815  NMT1/THI5 like domain protein  25.88 
 
 
321 aa  62.4  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.645027 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3043  NMT1/THI5 like domain protein  25.79 
 
 
323 aa  62  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30906  predicted protein  24.28 
 
 
339 aa  61.6  0.00000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.407472  normal  0.0307188 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0666  NMT1/THI5 like domain protein  21.55 
 
 
359 aa  61.2  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08009  thiamine biosynthesis protein (Eurofung)  25.73 
 
 
341 aa  60.8  0.00000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.504438  normal  0.187766 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  24.64 
 
 
326 aa  60.8  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0925  NMT1/THI5 like domain protein  25.17 
 
 
311 aa  61.2  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0676609  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1717  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.18 
 
 
322 aa  60.5  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1097  NMT1/THI5 like domain protein  24.82 
 
 
322 aa  60.5  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0236053  normal  0.472572 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  26.3 
 
 
343 aa  60.1  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2052  NMT1/THI5 like domain protein  23.56 
 
 
340 aa  59.7  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.196348  normal  0.0508257 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.22 
 
 
1004 aa  59.7  0.00000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2101  NMT1/THI5 like domain protein  23.58 
 
 
327 aa  59.7  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3508  twin-arginine translocation pathway signal  24.53 
 
 
342 aa  59.7  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.276709  normal  0.0987839 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2516  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  24.18 
 
 
336 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.445481  normal  0.551196 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0343  NMT1/THI5-like domain-containing protein  22.95 
 
 
332 aa  59.3  0.00000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.010021  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1461  hypothetical protein  23.63 
 
 
314 aa  58.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3755  twin-arginine translocation pathway signal  22.09 
 
 
344 aa  58.5  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.698144  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3563  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.57 
 
 
322 aa  58.9  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.087558  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3125  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.73 
 
 
311 aa  58.9  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1528  ABC transporter substrate-binding protein  21.86 
 
 
357 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0670  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.12 
 
 
328 aa  58.9  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0360642 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1522  hypothetical protein  22.04 
 
 
314 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0667  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.1 
 
 
329 aa  58.2  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  24.38 
 
 
821 aa  57.8  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1934  NLPA lipoprotein  24.09 
 
 
329 aa  57.8  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0027  twin-arginine translocation pathway signal  25.2 
 
 
365 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>