More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1198 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  100 
 
 
349 aa  709    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  92.84 
 
 
349 aa  665    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  91.4 
 
 
349 aa  659    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  84.42 
 
 
347 aa  546  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  83.23 
 
 
347 aa  544  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  68.84 
 
 
340 aa  480  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  72.84 
 
 
345 aa  475  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  73.9 
 
 
345 aa  471  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  73.9 
 
 
345 aa  471  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  66.87 
 
 
349 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  63.95 
 
 
344 aa  451  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  63.21 
 
 
348 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  57.86 
 
 
371 aa  396  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  56.67 
 
 
344 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  54.94 
 
 
346 aa  376  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  55.26 
 
 
346 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  49.68 
 
 
361 aa  329  3e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  53.58 
 
 
338 aa  326  3e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2648  putative signal peptide protein  49.85 
 
 
353 aa  324  1e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00493903 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0589  putative signal peptide protein  45.11 
 
 
355 aa  310  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.66482  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  45.32 
 
 
346 aa  294  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  45.2 
 
 
332 aa  293  2e-78  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  44.74 
 
 
346 aa  293  3e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  44.44 
 
 
340 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1057  extracellular solute-binding protein family 3  47.25 
 
 
332 aa  266  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227515  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1431  extracellular solute-binding protein  45.98 
 
 
332 aa  265  7e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  44.66 
 
 
341 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  44.05 
 
 
340 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  44.16 
 
 
342 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  42.72 
 
 
341 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  41.14 
 
 
333 aa  252  7e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  43.69 
 
 
336 aa  241  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  39.7 
 
 
334 aa  239  5e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  39.7 
 
 
334 aa  239  5e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5063  putative ABC transporter, substrate-binding protein  41.12 
 
 
337 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3391  putative signal peptide protein  38.41 
 
 
328 aa  231  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5343  putative ABC transporter, substrate-binding protein  40.79 
 
 
337 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1529  putative substrate-binding component of ABC transporter  38.07 
 
 
348 aa  229  4e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3280  putative signal peptide protein  37.24 
 
 
349 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3602  conserved hypothetical signal peptide protein  36.66 
 
 
349 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3116  ABC transporter, substrate-binding protein  39.21 
 
 
336 aa  226  3e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3327  ABC transporter substrate binding protein  40.2 
 
 
303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4038  NMT1/THI5 like domain protein  38.39 
 
 
356 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3118  ABC transporter, substrate-binding protein  40.2 
 
 
336 aa  224  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3959  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.28 
 
 
336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4035  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  37.95 
 
 
339 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0036  NMT1/THI5-like domain-containing protein  37.95 
 
 
334 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0495  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.93 
 
 
339 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106589  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  38.61 
 
 
337 aa  215  7e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  38.61 
 
 
337 aa  215  8e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  38.61 
 
 
364 aa  215  8e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  38.61 
 
 
337 aa  215  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  38.61 
 
 
337 aa  215  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  38.61 
 
 
337 aa  215  8e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  38.61 
 
 
337 aa  215  8e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3218  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.5 
 
 
334 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.732027 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  38.94 
 
 
337 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3512  NMT1/THI5-like domain-containing protein  33.43 
 
 
345 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0053  NMT1/THI5-like domain-containing protein  37.17 
 
 
334 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0036  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.84 
 
 
334 aa  206  7e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0034  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.84 
 
 
334 aa  206  7e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0035  NMT1/THI5-like domain-containing protein  36.51 
 
 
334 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0026  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.51 
 
 
334 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0952  putative substrate-binding component of ABC transporter  36.09 
 
 
332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0791916  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5603  ABC transporter substrate-binding protein  29.81 
 
 
376 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.939883 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0229  NMT1/THI5 like domain protein  26.23 
 
 
391 aa  105  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2575  hypothetical protein  26.8 
 
 
336 aa  89.4  9e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.225151  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4555  NMT1/THI5 like domain protein  25.61 
 
 
337 aa  88.2  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1836  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transport systems, periplasmic component  26.52 
 
 
340 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34300  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  30.04 
 
 
319 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11510  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  27.56 
 
 
336 aa  85.5  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000048144  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1814  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.03 
 
 
322 aa  84.3  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.641284  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2964  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  27.69 
 
 
340 aa  83.6  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.512211  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2172  putative nitrate transporter component, nrtA  30.35 
 
 
460 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.210639  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3742  twin-arginine translocation pathway signal  28.01 
 
 
467 aa  75.5  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1047  extracellular solute-binding protein  31.95 
 
 
322 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1642  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  35.68 
 
 
335 aa  74.3  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.456194  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1430  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.63 
 
 
314 aa  74.3  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2622  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  28.29 
 
 
341 aa  73.6  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000404129  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  34.59 
 
 
343 aa  73.2  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2645  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  28.99 
 
 
320 aa  73.2  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5414  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  26.55 
 
 
326 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.445951  hitchhiker  0.00207004 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0964  putative nitrate transporter component  25.09 
 
 
486 aa  72  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.511943 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2293  membrane lipoprotein lipid attachment site  23.69 
 
 
336 aa  72.4  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1134  NMT1/THI5 like domain protein  29.6 
 
 
365 aa  72.4  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.334038 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  30.63 
 
 
450 aa  72.4  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0405  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  28.17 
 
 
331 aa  72  0.00000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0997  ABC transporter nitrate-binding protein  28.46 
 
 
457 aa  71.6  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2107  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  27.73 
 
 
529 aa  71.6  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.287431  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1144  NMT1/THI5 like domain protein  28.05 
 
 
357 aa  71.2  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144377  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2206  putative nitrate transporter component, NrtA  26.43 
 
 
457 aa  71.2  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0337  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.98 
 
 
335 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1483  ABC transporter substrate-binding protein  26.24 
 
 
330 aa  71.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0266  NMT1/THI5 like domain protein  28.82 
 
 
334 aa  71.2  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.312265  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5012  ABC transporter substrate-binding protein  31.88 
 
 
343 aa  70.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3487  putative nitrate transporter component, nrtA  27.43 
 
 
464 aa  70.5  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1820  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.29 
 
 
327 aa  70.5  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0292  ABC transporter nitrate-binding protein  27.2 
 
 
451 aa  69.7  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30550  putative periplasmic aliphatic sulfonate-binding protein  26.96 
 
 
319 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2720  extracellular solute-binding protein  29.76 
 
 
325 aa  69.7  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>