More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2748 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 340 aa  687    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  72.93 
 
 		 349 aa  488  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  72.93 
 
 		 349 aa  487  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  71.66 
 
 		 349 aa  478  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  68.91 
 
 		 347 aa  466  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  68.91 
 
 		 347 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  68.34 
 
 		 349 aa  461  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  64.38 
 
 		 344 aa  434  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  68.22 
 
 		 345 aa  432  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  70.25 
 
 		 345 aa  433  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  69.94 
 
 		 345 aa  432  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  63.69 
 
 		 348 aa  410  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  57.91 
 
 		 371 aa  386  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  52.49 
 
 		 344 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.66 
 
 		 346 aa  353  2e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  52.24 
 
 		 346 aa  353  2e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  50.16 
 
 		 361 aa  347  1e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2648  putative signal peptide protein  51.12 
 
 		 353 aa  344  1e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00493903 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  55.87 
 
 		 338 aa  336  3.9999999999999995e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0589  putative signal peptide protein  50 
 
 		 355 aa  328  7e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.66482  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  48.18 
 
 		 332 aa  322  4e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  45.67 
 
 		 346 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  44.78 
 
 		 346 aa  285  7e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1431  extracellular solute-binding protein  48.22 
 
 		 332 aa  281  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1057  extracellular solute-binding protein family 3  48.54 
 
 		 332 aa  280  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227515  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  43.49 
 
 		 340 aa  270  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  45.31 
 
 		 341 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  45.13 
 
 		 342 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  42.51 
 
 		 341 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  43.41 
 
 		 340 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  41.64 
 
 		 333 aa  260  3e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  44.66 
 
 		 336 aa  257  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  42.26 
 
 		 334 aa  249  4e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  42.26 
 
 		 334 aa  249  4e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5343  putative ABC transporter, substrate-binding protein  40.13 
 
 		 337 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5063  putative ABC transporter, substrate-binding protein  39.47 
 
 		 337 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3602  conserved hypothetical signal peptide protein  35.74 
 
 		 349 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3391  putative signal peptide protein  35.89 
 
 		 328 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3280  putative signal peptide protein  35.74 
 
 		 349 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1529  putative substrate-binding component of ABC transporter  35.95 
 
 		 348 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3327  ABC transporter substrate binding protein  38.36 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4038  NMT1/THI5 like domain protein  35.56 
 
 		 356 aa  209  6e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3512  NMT1/THI5-like domain-containing protein  34.63 
 
 		 345 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3116  ABC transporter, substrate-binding protein  36.34 
 
 		 336 aa  206  4e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3118  ABC transporter, substrate-binding protein  36.71 
 
 		 336 aa  205  8e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  35.97 
 
 		 364 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  35.97 
 
 		 337 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  35.64 
 
 		 337 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  35.64 
 
 		 337 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  35.64 
 
 		 337 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  35.64 
 
 		 337 aa  203  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  35.64 
 
 		 337 aa  203  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  34.63 
 
 		 337 aa  202  6e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4035  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  34.65 
 
 		 339 aa  200  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0036  NMT1/THI5-like domain-containing protein  34.98 
 
 		 334 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3959  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.98 
 
 		 336 aa  199  5e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3218  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  34.95 
 
 		 334 aa  198  9e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.732027 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0495  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.66 
 
 		 339 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0952  putative substrate-binding component of ABC transporter  35.48 
 
 		 332 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0791916  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0053  NMT1/THI5-like domain-containing protein  33.98 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0035  NMT1/THI5-like domain-containing protein  33.66 
 
 		 334 aa  189  8e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0026  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.66 
 
 		 334 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0036  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.66 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0034  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.66 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5603  ABC transporter substrate-binding protein  27.33 
 
 		 376 aa  126  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.939883 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0229  NMT1/THI5 like domain protein  27.36 
 
 		 391 aa  105  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4555  NMT1/THI5 like domain protein  25.65 
 
 		 337 aa  93.6  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2575  hypothetical protein  27.73 
 
 		 336 aa  91.3  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.225151  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0337  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.62 
 
 		 335 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4901  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.96 
 
 		 335 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2645  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.76 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4613  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.24 
 
 		 335 aa  85.9  9e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4675  ABC transporter substrate-binding protein  27.54 
 
 		 338 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4514  ABC transporter, substrate-binding protein  27.24 
 
 		 335 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4533  ABC transporter, substrate-binding protein  27.6 
 
 		 335 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3454  ABC transporter, substrate-binding protein  26.09 
 
 		 334 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4921  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.24 
 
 		 335 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4900  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.81 
 
 		 335 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2293  membrane lipoprotein lipid attachment site  24.57 
 
 		 336 aa  82  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34300  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  32.78 
 
 		 319 aa  82.4  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1836  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transport systems, periplasmic component  26.57 
 
 		 340 aa  82  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11510  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  28.69 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000048144  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5036  ABC transporter substrate-binding protein  27.24 
 
 		 325 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.647768  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2782  ABC transporter substrate-binding protein  26.58 
 
 		 332 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4935  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  26.94 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1814  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  30.2 
 
 		 322 aa  80.1  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.641284  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0878  hypothetical protein  26.75 
 
 		 329 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0057402  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1134  NMT1/THI5 like domain protein  28.05 
 
 		 365 aa  77  0.0000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.334038 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1820  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  31.03 
 
 		 327 aa  77  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6455  ABC transporter substrate-binding protein  30.08 
 
 		 314 aa  75.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.871345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1144  NMT1/THI5 like domain protein  27.6 
 
 		 357 aa  74.7  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34350  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  28.24 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2720  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 		 325 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40070  periplasmic sulfonate-binding protein of ABC transporter  28.44 
 
 		 320 aa  72.8  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1430  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.15 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3294  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  27.39 
 
 		 328 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2969  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  26.48 
 
 		 321 aa  72.4  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381415  normal  0.757286 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1047  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 		 322 aa  72  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2622  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  25.86 
 
 		 341 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000404129  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0183  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  24.91 
 
 		 345 aa  72.4  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>