More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3112 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3112  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
505 aa  1032    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.817588  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3603  extracellular solute-binding protein  38.37 
 
 
507 aa  362  9e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.721238 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3824  extracellular solute-binding protein  37.7 
 
 
524 aa  359  7e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.41836 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  38.37 
 
 
506 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2267  extracellular solute-binding protein  38.45 
 
 
506 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.18358  normal  0.347756 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4381  extracellular solute-binding protein  36.68 
 
 
510 aa  333  3e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.582693  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2974  extracellular solute-binding protein  37.42 
 
 
530 aa  333  3e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3653  extracellular solute-binding protein family 5  37.01 
 
 
513 aa  333  5e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0310608  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4734  extracellular solute-binding protein  35.18 
 
 
521 aa  320  3e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676308  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3630  extracellular solute-binding protein family 5  36.04 
 
 
514 aa  309  6.999999999999999e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3507  extracellular solute-binding protein family 5  34.21 
 
 
510 aa  299  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.224944  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 
505 aa  186  9e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 
528 aa  177  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 
535 aa  177  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  29.12 
 
 
509 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  30.56 
 
 
535 aa  172  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  32.4 
 
 
526 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 
535 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  29.56 
 
 
516 aa  164  3e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.75 
 
 
532 aa  161  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  26.26 
 
 
533 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.39 
 
 
534 aa  160  4e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  28.65 
 
 
520 aa  156  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  26.01 
 
 
533 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 
528 aa  154  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  30.46 
 
 
520 aa  152  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  27.65 
 
 
565 aa  150  6e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.1 
 
 
530 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  30.87 
 
 
519 aa  146  7.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.44 
 
 
520 aa  146  9e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 
521 aa  143  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  27.7 
 
 
520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0504  ABC transporter substrate-binding protein  27.35 
 
 
531 aa  142  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.325614  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2758  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 
524 aa  141  3e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2497  extracellular solute-binding protein family 5  26.99 
 
 
528 aa  140  3.9999999999999997e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0778602 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3787  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 
531 aa  139  8.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.216169  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  28.26 
 
 
529 aa  139  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.53 
 
 
542 aa  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  26.33 
 
 
512 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  26.33 
 
 
512 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  26.33 
 
 
512 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  26.33 
 
 
512 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 
517 aa  138  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  29.71 
 
 
517 aa  138  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  26.18 
 
 
512 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  26.03 
 
 
521 aa  137  5e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.29 
 
 
535 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 
495 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.4 
 
 
521 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  26.5 
 
 
531 aa  136  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  26.75 
 
 
532 aa  136  8e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  26.03 
 
 
521 aa  136  9e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.03 
 
 
521 aa  136  9e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  26.03 
 
 
521 aa  136  9e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 
521 aa  136  9e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  25.54 
 
 
537 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  27.07 
 
 
535 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  27.07 
 
 
535 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  27.07 
 
 
535 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.07 
 
 
535 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.07 
 
 
535 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0088  4-phytase  26.64 
 
 
535 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  27.44 
 
 
515 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.64 
 
 
535 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  26.64 
 
 
535 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.07 
 
 
535 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  27.07 
 
 
535 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  29.57 
 
 
514 aa  134  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 
520 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 
520 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 
528 aa  134  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.68 
 
 
541 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
528 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  26.57 
 
 
520 aa  134  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.53 
 
 
520 aa  134  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
520 aa  134  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 
520 aa  134  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  25.49 
 
 
528 aa  134  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  27.93 
 
 
520 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  30.03 
 
 
516 aa  133  6.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 
520 aa  133  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.33 
 
 
510 aa  133  7.999999999999999e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  26.88 
 
 
544 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  30.48 
 
 
493 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1769  extracellular solute-binding protein family 5  26.92 
 
 
589 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0975  putative dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.18 
 
 
520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.124849  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0324  putative ABC transporter substrate-binding protein  26.18 
 
 
520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1359  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  26.18 
 
 
520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.442837  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0238  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  26.18 
 
 
520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1853  putative binding protein YliB  26.18 
 
 
520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1768  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  26.18 
 
 
520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.852283  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0402  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  26.18 
 
 
520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  28.99 
 
 
595 aa  131  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 
512 aa  131  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.97 
 
 
526 aa  130  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  25.85 
 
 
527 aa  130  7.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3737  extracellular solute-binding protein  30.05 
 
 
517 aa  130  8.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0244  extracellular solute-binding protein family 5  25.48 
 
 
575 aa  129  9.000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.794885  normal  0.536815 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5265  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.86 
 
 
515 aa  129  9.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.154423  normal  0.0706788 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  26.74 
 
 
527 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>