241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3118 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3118  phage integrase  100 
 
 		 210 aa  432  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2267  phage integrase family protein  75.24 
 
 		 210 aa  332  2e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.783329  normal  0.401703 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2590  hypothetical protein  69.42 
 
 		 210 aa  303  1.0000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020859 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2339  integrase family protein  65.64 
 
 		 210 aa  283  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020288 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3208  phage integrase family protein  63.59 
 
 		 204 aa  263  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0839313  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3034  integrase family protein  59.49 
 
 		 206 aa  252  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0811  Phage integrase  58.08 
 
 		 208 aa  252  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5964  Phage integrase  56.78 
 
 		 208 aa  251  6e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2386  integrase family protein  57 
 
 		 208 aa  250  9.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0772  integrase family protein  57.58 
 
 		 209 aa  248  5e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6236  integrase family protein  56.72 
 
 		 207 aa  246  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0119  integrase family protein  56.06 
 
 		 209 aa  241  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3791  phage integrase family site specific recombinase  57.14 
 
 		 208 aa  241  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4790  integrase family protein  55.56 
 
 		 209 aa  241  6e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1729  phage integrase family protein  56.5 
 
 		 207 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.425016  normal  0.48456 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6093  integrase family protein  56.86 
 
 		 210 aa  239  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.61747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5291  integrase family protein  56.86 
 
 		 210 aa  239  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6083  integrase family protein  56.86 
 
 		 210 aa  239  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3357  integrase family protein  55.56 
 
 		 209 aa  238  5e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.276444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0791  integrase family protein  54.55 
 
 		 209 aa  237  9e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.334688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0217  phage integrase family protein  56.92 
 
 		 200 aa  231  7.000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3817  integrase family protein  54.36 
 
 		 210 aa  230  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.736864  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0658  phage integrase protein  54.55 
 
 		 210 aa  224  7e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2569  phage integrase family protein  51.28 
 
 		 198 aa  212  2.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0769947 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1287  integrase family protein  52.94 
 
 		 203 aa  211  4.9999999999999996e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1978  phage integrase family protein  56 
 
 		 238 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00595062 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2062  phage integrase family site specific recombinase  50.26 
 
 		 198 aa  211  7e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2164  phage integrase family protein  48.47 
 
 		 198 aa  205  5e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06813  integrase  48.96 
 
 		 197 aa  201  6e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1123  phage integrase family protein  47.45 
 
 		 198 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1181  phage integrase family protein  47.45 
 
 		 198 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.820562  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3899  phage integrase family protein  47.45 
 
 		 198 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1950  phage integrase family protein  49.22 
 
 		 197 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827298  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0824  phage integrase family protein  50.26 
 
 		 197 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.917981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3467  integrase family protein  50.26 
 
 		 197 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4474  integrase family protein  52.31 
 
 		 198 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0261  putative tyrosine recombinase XerD  53.99 
 
 		 175 aa  191  9e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0251  phage integrase family protein  48.7 
 
 		 198 aa  190  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.705292 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4334  phage integrase family protein  50.64 
 
 		 173 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3446  phage integrase family protein  45.21 
 
 		 163 aa  139  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.993422  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0365  hypothetical protein  67.5 
 
 		 103 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1167  hypothetical protein  70.51 
 
 		 78 aa  115  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1166  hypothetical protein  63.51 
 
 		 76 aa  102  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0153  phage integrase family site specific recombinase  44.62 
 
 		 141 aa  101  7e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.246008  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0790  hypothetical protein  52.17 
 
 		 130 aa  98.2  8e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.517667  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0280  phage integrase family site specific recombinase  64.62 
 
 		 66 aa  92.8  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2576  hypothetical protein  59.15 
 
 		 89 aa  91.7  7e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6970  hypothetical protein  55.17 
 
 		 88 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0001  site-specific recombinase  28.26 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.149945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2613  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  29.78 
 
 		 180 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.301879  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3599  integrase family protein  28.73 
 
 		 180 aa  63.2  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.616601  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1165  integrase family protein  26.01 
 
 		 187 aa  62  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4009  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  30.19 
 
 		 180 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010724  Nther_2955  integrase family protein  25.95 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.819146  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3453  integrase family protein  28.41 
 
 		 189 aa  60.1  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.590005  normal  0.791222 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3590  integrase family protein  28.25 
 
 		 189 aa  60.5  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  0.0592429  n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5345  integrase family protein  27.74 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0998  phage integrase family protein  26.79 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00570052  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1368  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  30 
 
 		 180 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.358053 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2711  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  29.22 
 
 		 180 aa  58.2  0.00000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0042219  normal  0.247582 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0652  DNA integration/recombination/invertion protein  25.97 
 
 		 180 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2240  integrase family protein  26.19 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000448435  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2232  integrase family protein  26.19 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.394376  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0174  integrase family protein  23.12 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00273109  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  27.01 
 
 		 303 aa  55.8  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0409  Phage integrase  25.31 
 
 		 317 aa  55.1  0.0000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.383536  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  24.58 
 
 		 301 aa  53.9  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  28.95 
 
 		 303 aa  53.9  0.000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1255  integrase family protein  27.59 
 
 		 186 aa  53.5  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  26.62 
 
 		 319 aa  53.9  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0577  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  24.29 
 
 		 180 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3811  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  25.79 
 
 		 180 aa  52.8  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0141622  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0377  integrase family protein  29.61 
 
 		 186 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000239772 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4099  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  25.79 
 
 		 169 aa  52.8  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1590  phage integrase family site specific recombinase  26.11 
 
 		 182 aa  52.8  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A08  integrase  25.62 
 
 		 195 aa  52.8  0.000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  28.21 
 
 		 373 aa  52.8  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6962  integrase family protein  37.8 
 
 		 327 aa  52.4  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3451  integrase family protein  23.12 
 
 		 186 aa  52  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0127606  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  25.49 
 
 		 302 aa  52  0.000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4591  integrase family protein  27.81 
 
 		 316 aa  52  0.000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000000427706  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0815  integrase family protein  25.31 
 
 		 183 aa  51.6  0.000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1007  site-specific recombinase  25.31 
 
 		 183 aa  51.6  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.22552e-63 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.22 
 
 		 298 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  26.22 
 
 		 298 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  26.22 
 
 		 298 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.22 
 
 		 298 aa  51.2  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0017  prophage integration/recombination/invertion protein  26.83 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000444728  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3470  integrase family protein  28.85 
 
 		 182 aa  51.2  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.22 
 
 		 298 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.22 
 
 		 298 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.22 
 
 		 298 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  28.75 
 
 		 321 aa  50.8  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.22 
 
 		 298 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3517  phage integrase family protein  27.74 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 304 aa  50.4  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.61 
 
 		 298 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2230  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  27.33 
 
 		 180 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4392  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  26.54 
 
 		 180 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  27.85 
 
 		 332 aa  50.1  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>